Original title: Molekulární mechanismy rozpoznání regulačního úseku DNA transkripčními faktory z rodiny MADS-BOXU
Translated title: Molecular mechanism of DNA regulatory segment recognition by MADS box family transcription factors
Authors: Profantová, Barbora ; Štěpánek, Josef (advisor) ; Jelínek, Otakar (referee) ; Manfait, Michel (referee)
Document type: Doctoral theses
Year: 2014
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
The thesis deals with physico-chemical properties of the MADS box, binding domain of transcription factors, which are important for the formation of complexes with the DNA regulatory segment bearing the CArG box. The study was performed also on model oligopeptides, selected segments of the MADS box and their analogues with a point mutation. A wide range of spectroscopic techniques was employed, namely absorption, circular dichroism, fluorescence and Raman spectroscopies. Advanced approaches including multivariate methods were used for data processing. The three tyrosines of the MADS box located in amino-acid vicinities of different charge and hydrophobicity, were used as intrinsic spectroscopic probes. The obtained characteristics of the MADS box and its segments structural arrangement, flexibility and acid-base equilibria are the main results of the work. Disertační práce se zabývá fyzikálně-chemickými vlastnostmi vazebné domény MADS box transkripčních faktorů, významnými pro tvorbu komplexů s regulačním segmentem DNA obsahujícím CArG box. Studium probíhalo i na modelových oligopeptidech, vybraných kratších segmentech MADS boxu a jejich analozích s bodovou mutací. Byla využitá široká škála spektroskopických technik, jmenovitě absorpční, fluorescenční a Ramanova spektroskopie a spektroskopie cirkulárního dichroismu. Ke zpracování dat byly použity pokročilé postupy včetně multivariačních metod. Tři tyrosiny MADS boxu, nacházející se v okolí aminokyselin s různým nábojem a hydrofobicitou, byly využity jako vnitřní spektroskopické sondy. Výsledkem práce jsou charakteristiky strukturního uspořádání, flexibility a acidobasických rovnováh MADS boxu a jeho vybraných segmentů.
Keywords: factor analysis; MADS box; optical spectroscopy; protein-DNA interaction; tyrosine; faktorová analýza; interakce protein-DNA; MADS box; optická spektroskopie; tyrosin

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/63378

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-332526


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Doctoral theses