Název: Vícenásobná podobnost RNA struktur
Překlad názvu: Vícenásobná podobnost RNA struktur
Autoři: Szépe, Peter ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Novák, Jiří (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2013
Jazyk: eng
Abstrakt: [eng] [cze]
The work is based on the algorithm SETTER (Secondary Structure Tertiary Structure-based Similarity Algorithm), which is designed to compare the 3D structures of RNA. SETTER in the original version can only compare pairs of RNA, however many applications require real similarity comparison between a set of RNA structures. The main idea used in MultiSETTER is a well-known approach used for multiple sequence alignment, which is based on the Neigbour-Joining method - a method for calculation of the taxonomic tree from distances between taxa - and on pairwise alignment. At each step the closest pair is aligned according to the taxonomic tree. To achieve good results, it was necessary to invent a method that creates a fictive average RNA structure by merging two RNAs that shares the structural characteristics of both RNA. Práce vychází z algoritmu SETTER (SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm), což je určen k porovnání 3D struktur RNA. SETTER v původní verzi umí porovnávat pouze dvojice RNA, nicméně mnoho reálných aplikací vyžaduje přiřazení podobnosti n-tici RNA struktur. Hlavní myšlenkou MultiSETTERu je dobře známý postup používaná pro vícenásobné sekvenční zarovnání, což je založen na metodě Neigbour-Joining - metoda pro kalkulaci taxonomického stromu ze vzdálenosti mezi taxony - a na zarovnání dvojic. V každém kroku zarovnáme nejbližší dvojici podle taxonomického stromu. Pro dosažení dobrého výsledku bylo nezbytné vymyslet metodu, která vytvoří takzvanou průměrnou RNA strukturu z dvou RNA, nesoucí v sobě charakteristické vlastnosti obě struktur.
Klíčová slova: podobnost; RNA; struktura; RNA; similarity; structure

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/61441

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-330715


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce