Original title: Profilování genové exprese na úrovni jednotlivých buněk a kontrola kvality
Translated title: Single cell gene expression profiling and quality control
Authors: Švec, David ; Kubista, Mikael (advisor) ; Beneš, Vladimír (referee) ; Vopálenský, Václav (referee)
Document type: Doctoral theses
Year: 2014
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Profilování genové exprese na úrovni jednotlivých buněk a kontrola kvality David Švec Biotechnologický ústav AV ČR, Laboratoř genové exprese, Praha, Česká republika TATAA Biocenter, Výzkum & vývoj, Göteborg, Švédsko Abstrakt: Profilování genové exprese je velmi důležitý nástroj, který umožňuje získat informaci o výskytu mRNA ve vzorku tkáně či v jednotlivých buňkách. Slouží k charakterizaci typů buněk, stanovení stupně diferenciace i ke studiu jejich patologického stavu na molekulární úrovni. V naší nově založené laboratoři jsme vyvinuli qPCR tomografii s vysokým rozlišením odhalující distribuci maternálních mRNA v rámci jednoho oocytu. Distribuce mRNA v embryu je důležitá pro pochopení následujícího vývoje jedince. Metoda qPCR tomografie kombinuje rozdělení oocytu na desítky řezů a kvantifikaci exprese až padesáti genů v každém vzorku. Toho bylo možné dosáhnout až po optimalizaci protokolu pro vysokokapacitní qPCR instrument BioMark. Další snahou bylo qPCR tomografii doplnit o zobrazení studované tkáně a její výběr pomocí laserové mikrodisekce. Cílem bylo vytvořit první mapu distribuce mRNA desítek nejdůležitějších genů při vývoji myší stoličky v prostoru a čase, která by popsala interakce genů v jednotlivých stádiích, případně ve vybraných buňkách. Dalším úkolem této dizertace je ukázat vývoj... Single cell gene expression profiling and quality control David Švec Institute of Biotechnology AS CR, Laboratory of Gene Expression, Prague, Czech Republic TATAA Biocenter, Research & Development, Gothenburg, Sweden Abstract: Gene expression profiling has become an exceedingly important tool for describing occurence of mRNA in tissue samples and even single cells. Most often we use it for characterization of cell types, degree of differentiation and pathology on a molecular level. In our newly established laboratory, we developed high resolution qPCR tomography to show distribution of tens of maternal mRNAs within a single oocyte. We demonstrated that distribution of mRNAs has an important role in further development of the organism. For high resolution qPCR tomography, where one oocyte is divided in tens of samples and about fifty genes are studied in each sample, we optimized dye based protocol for microfluidic high-throughput platform BioMark. Next step was complementing the molecular profile of tens most important genes with information about histology of each selected tissue section using laser microdissection. As a model we used embryonic development of mouse molar. Our goal was to describe interaction of up to one hundred genes in different stages of development and on the single cell level. This...

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/56876

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-326146


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Doctoral theses