Original title: Studium environmentálních vzorků pomocí pyrosekvenování a vliv intragenomové variability ITS rDNA oblasti na odhady diverzity hub
Translated title: Pyrosequencing analysis of fungal assemblages and the effect of ITS rDNA intragenomic variation on diversity estimates
Authors: Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (advisor) ; Větrovský, Tomáš (referee)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2013
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
ITS region jaderné ribozomální DNA je dnes jeden z nejčastějších houbových barcode markerů. Používá se v environmentálních metagenomických analýzách, při determinaci hub, ale i při studiu jejich fylogeneze. V genomu se rDNA vyskytuje ve formě multikopiových tandemových repetic. Běžným Sangerovým sekvenováním získáme vždy pouze konsenzus repetic, zakrývající většinu možných intragenomových variancí. Stále častěji používané 454 pyrosekvenování odhaluje sekvence jednotlivých kopií. Většina mutací se během jevu zvaného concerted evolution vytrácí. Částečná variabilita v kopiích však zůstává zachována, včetně možných pseudogenů. Vzhledem k častému používání 454 sekvenování u environmentálních studií nejsme schopni tuto variabilitu odlišit od reálné diverzity. Tím pravděpodobně dochází k nadhodnocování skutečné diverzity a mylnému vyhodnocování dalších studií. Práce shrnuje studie zabývající se zjišťováním diverzity hub pomocí 454 sekvenování a zároveň předkládá rešerši současných poznatků o intragenomové variabilitě rDNA coby potenciálním zdroji nepravé diverzity. Doposud chybí experimentální práce, která by se komplexním propojením těchto problematik zabývala. The ITS region of nuclear ribosomal DNA has recently become a frequently studied region for its use as a barcode marker. It is employed in environmental metagenomic analyses, the determination of fungi and in studies of fungal phylogenetics. In genomes, rDNA occurs in the form of large multicopy tandem arrays. Thus common Sanger sequencing leads to a consensus of many copies which in fact conceals most of the potential intragenomic variation. However 454 pyrosequencing reveals the sequence of single copies. Although it is believed that most of the variation among copies is reduced during a process called concerted evolution, some variation might still be conserved, including variation of non-functional pseudogenes. As a consequence, when using 454 pyrosequencing, we are not able to discriminate between this variation and real diversity. This could have a huge impact on the estimation of real diversity as well as on the correct assessment of pyrosequence studies. This thesis reviews current knowledge of intragenomic variation among fungi and summarizes some papers applying pyrosequencing in the research of fungal diversity. At the same time it indicates intragenomic variation as a potential cause of untrue diversity in diversity studies. Up until now there hasn't existed any experimental survey covering...
Keywords: 454 sequencing; fungal diversity; fungi; internal transcribed spacer; intragenomic variation; intraspecific variation; ITS region; pseudogenes; pyrosequencing; 454 sekvenování; diverzita hub; houby; intradruhová variabilita; intragenomová variabilita; ITS oblast; pseudogeny; pyrosekvenování; vnitřní přepisovaný mezerník

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/53551

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-322848


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses