Original title: Detekce a identifikace virů pomocí sekvenování nové generace (NGS)
Authors: PODRÁBSKÁ, Kateřina
Document type: Master’s theses
Year: 2017
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Sekvenování nové generace je moderní metoda aplikovaná v rostlinné virologii k citlivé detekci již charakterizovaných a nových patogenů bez jejich jakékoliv předešlé znalosti.V této studii byly detekovány tři nové a dva již popsané viry de-novo skládáním single- end čtení z NGS Illumina (Hi-Seq 2500 systém) z celkové poly(A) obohacené RNA nemocného jetele lučního (Trifolium pratense) a indikátorové rostliny tabáku (Nicotiana occidentalis 37B).Kompletní sekvence genomu nového viru Red clover carlavirus A byla určena ze čtení z NGS Illumina,5´,3´RACE, klonováním, RT-PCR a sangerovo sekvenováním.Přítomnost viru Red clover carlavirus A byla také potvrzena v mechanicky inokulovaném tabáku. Next generation sequencing is a modern method applied in plant virology for sensitive detection of previously characterized and novel pathogens without any preceding knowledge of them. In this study three novel and two already described viruses were detected by de novo assembly of Illumina single-end reads ( Hi-Seq 2500 system) from total poly(A) enriched RNA of diseased red clover (Trifolium pratense) and indicator plant (Nicotiana occidentalis 37B). The complete genomic sequence of novel Red clover carlavirus A (RCCA) was determined from Illumina reads, 5´, 3´ RACE, cloning, RT-PCR and Sanger sequencing. The presence of RCCV was also confirmed in mechanically inoculated tobacco plant.
Keywords: bioinformatic analysis; de-novo genome assembly; detection and diagnostic methods in plant virology; next-generation sequencing (Illumina); next-generation sequencing in virology; plant viruses; red clover; Red clover carlavirus A; bioinformatická analýza; de-novo skládání genomu; detekční a diagnostické metody v rostlinné virologii; jetel luční; Red clover carlavirus A; rostlinné viry; sekvenování nové generace (Illumina); sekvenování nové generace ve virologii
Citation: PODRÁBSKÁ, Kateřina. Detekce a identifikace virů pomocí sekvenování nové generace (NGS). České Budějovice, 2017. diplomová práce (Mgr.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Přírodovědecká fakulta

Institution: University of South Bohemia in České Budějovice (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Original record: http://www.jcu.cz/vskp/41063

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-317351


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > University of South Bohemia in České Budějovice
Academic theses (ETDs) > Master’s theses