Original title:
Paralelní programování v úlohách molekulární dynamiky
Translated title:
Parallel programming in molecular dynamics simulations
Authors:
Pelikán, Vladimír ; Hora, Petr ; Machová, Anna Document type: Papers Conference/Event: Computational mechanics 2003., Nečtiny (CZ), 2003-11-03 / 2003-11-05
Year:
2003
Language:
cze Abstract:
[cze][eng] Numerické simulace na modelech, které jsou zkoumány v úlohách molekulární dynamiky by byly nemyslitelné bez masivního nasazení tzv. clusterů a jejich programování s využitím některé z paralelních programovacích technik, jakou je kupříkladu MPI ů Message Passing Inerface. Tento příspěvek prezentuje některé výsledky z této oblasti, získané klasickým a paralelním programováním.Molecular dynamics simulation is a well-established technique for modeling complex many-particle systems in diverse areas of physics and chemistry. The computational requirements of simulations of large systems are enormous. They make the use of high-performance parallel computers indispensable and have led to the development of a broad range of advanced algorithms for these machines. We have developed a classical molecular dynamics code in MPI based on Newtonian dynamics.
Keywords:
Message Passing Inerface; molecular dynamics; parallel programming Project no.: CEZ:AV0Z2076919 (CEP), IAA2076201 (CEP) Funding provider: GA AV ČR Host item entry: Výpočtová mechanika 2003 : sborník, ISBN 80-7082-999-0
Institution: Institute of Thermomechanics AS ČR
(web)
Document availability information: Fulltext is available at the institute of the Academy of Sciences. Original record: http://hdl.handle.net/11104/0107995