Original title:
Vývoj a aplikace molekulové dynamiky pro chirální systémy
Translated title:
Development and applications of molecular dynamics for chiral systems
Authors:
Kessler, Jiří ; Bouř, Petr (advisor) ; Fanfrlík, Jindřich (referee) Document type: Master’s theses
Year:
2012
Language:
cze Abstract:
[cze][eng] Souhrn Tato diplomová práce pojednává o molekulárně dynamických simulacích roztoků chirálních látek v chirálních rozpouštědlech. Roztoky se skládaly z 2,2,2-trifluoro-1-fenyletanolu,1- fenyletanolu a 1-fenyletanaminu. Byly zkoumány rozdílnosti v NMR vlastnostech různých kombinací absolutních konfigurací rozpuštěné látky a rozpouštědla. Tyto systémy skutečně vykázaly pro různé kombinace absolutních konfiguraci rozdíly v radiálních distribučních funkcích a zastoupeni konformerů zjištěných pomoci metody WHAM. Tyto zjištěné výsledky zhruba korelovaly s velikostí experimentálních rozdílů NMR posunů. Dále byla v rámci práce vyvinuta metoda selektivního výběru klastrů, která významně snižuje počet klastrů nutných k dosažení konvergované průměrné hodnoty. kličová slova: chiralita, molekulární dynamika, nukleární magnetická rezonanceThe Thesis deals with MD simulations of solutions of chiral solutes in chiral solvents. These solutions consist of 2,2,2-trifluoro-1-phenylethanol, 1-phenylethanol and 1-phenyl- ethanamine.The differences in NMR properties between different combnations of solvent and solute absolute configuration were modeled. Indeed, differences in radial distribution functions and conformer abundances of solute calculated by the WHAM method were found. These results correlated with experimental differences in NMR shifts. Additionally, a method of cluster preselection was developed. It significantly decreased the amount of clusters needed for computations of NMR shieldings and hence the computer time. Keywords: chirality, molecular dynamic, nuclear magnetic resonance
Keywords:
chiral recognition; molecular dynamics; NMR; chirální rozpoznávání; molekulová dynamika; NMR
Institution: Charles University Faculties (theses)
(web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository. Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/45401