Original title: Molekulárně-dynamické simulace komplexů sestávajících z proteinů a nukleových kyselin
Translated title: Molecular dynamics simulations of complexes consisting of proteins and nucleic acids
Authors: Zíma, Vlastimil ; Barvík, Ivan (advisor) ; Jungwirth, Pavel (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2009
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
V rámci diplomová práce byly prostudovány algoritmy numerické integrace. Poté byla provedena důkladná studie aktivních míst polymeras virů HCV a HIV v komplexech s přirozeným substrátem a komplexem, ve kterém byl přistupující nukleosidtrifosfát nahrazen inhibitorem (S)-HMPMGpp resp. (S)-HMPMApp. Následně byla použita metoda ABF pro získání profilů volné energie pro přechod vody a methanu přes rozhraní vody a vakua. Stejná metoda byla na závěr použita pro získání profilu volné energie pro průchod vody, methanu a guanosinu skrz lipidovou dvouvrstvu. At first, numerical integration algorithms was studied. Main objective was a study of active sites of HCV and HIV polymerases in complexes with a natural substrate and in complexes where an approaching nucleosidetriphosphate was replaced with inhibitors (S)-HMPMGpp and (S)-HMPMApp respectively. Further, an ABF method was used to obtain free energy profiles of water and methane molecules passing through a boundary between water and vacuum. Finally, the same method was used to obtain free energy profiles of water, methane and guanosine molecules passing through a lipid bilayer.

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/21120

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-275624


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses