Original title: Porovnání eukaryotních genomů
Translated title: Eucaryotic Genomes Comparison
Authors: Puterová, Janka ; Vogel, Ivan (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2015
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Hlavním motivem pro vznik této diplomové práce byla potřeba kvalitních bioinformatických nástrojů, které slouží na porovnávání genomů a vylepšení jednoho z existujících nástrojů - RepeatExplorer. Práce přináší přehled transposibilních elementů v DNA, existujících nástrojů určených pro identifikaci a analýzu repetic v nasekvenovaných genomech. V práci jsou popsány nedostatky nástroje RepeatExplorer se zaměřením na komparativní analýzu genomů. Byly navrženy a implementovány dvě řešení k odstranění těchto nedostatků. První řešení je určeno na porovnávání dvojic genomů. Princip tohoto řešení je založen na porovnávání podobnosti rozložení pokrytí contigů prostřednictvím Kolmogorov-Smirnova testu, díky čemu víme určiť rozdílné místa v genomech. Druhé řešení, které slouží k porovnávání více genomů, je založeno na metodě mapování readů porovnávaných genomů na contigy referenčního genomu a poskytuje grafy s pokrytím contigů, pomocí kterých víme určit variabilitu repetic. Funkčnost byla ověřena na reálných NGS datech organizmu Silene latifolia. Main motive of this master thesis was the need of good bioinformatics tools for genome comparison and improvement of one of the existing tools - RepeatExplorer. This work offers an overview of transposable elements in DNA, existing tools for identification and analysis of repetitions in sequenced genomes, summary of currently used genome sequencing methods. This work describes shortcomings of RepeatExplorer tool with focus on comparative analysis of genomes. Two solutions to remove these problems were designed and implemented. The first solution is designed for comparing pairs of genomes. The principle of this solution is based on comparison of similarity of distribution of contigs coverages using Kolmogorov-Smirnov test, thanks to which we are able to determine different parts in the genomes.The second solution, which is used to compare multiple genomes, is based on the method of mapping reads from compared genomes to the reference genome contigs and provides contigs coverage graphs, by which we are able to determine the variability of the repeats.Their functionality was verified on real NGS data of organism Silene latifolia.
Keywords: clustering; genomes comparison; LTR; next generation sequencing; NGS; repeat; RepeatExplorer; transposons; LTR; NGS; porovnávání genomů; RepeatExplorer; repetice; sekvenace nové generace; shlukování; transposony

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/64044

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-264943


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses