Original title: Rekonstrukce opakujících se segmentů DNA
Translated title: Reconstruction of Repetitive DNA Segments
Authors: Bikár, Robert ; Lexa, Matej (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2016
Language: eng
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [eng] [cze]
Hlavní motivací diplomové práce bylo najít vhodný algoritmus, který by vytvořil grafovou reprezentaci NGS sekvenačních dat v lineárním čase. Zvolenou metodou pro reprezentaci je de Bruijnův graf. V další části práce byl navrhnut nástroj, který je schopen transformovat graf do přijatelné podoby pro vykreslování, a dále je schopen odstraňovat chyby, které vznikají při konstrukci grafu. Cílem práce je vytvořit nástroj, který rekonstruuje repetitivní segmenty v DNA. Implementovaný nástroj byl otestován a je schopen identifikovat opakující se segmenty, určit jejich typy, vizualizovat je a sestavit jejich sekvenci na jednodušších genomech s velkou přesnotí. Při použití složitějších genomů, nástroj nalezne pouze fragmenty repetitivních segmentů. The main motivation for master's thesis is to find suitable algorithm that creates a graph representation of NGS sequencing data in linear time. De Bruijn graph was chosen as a method for research. Next, the tool was designed to be able to transform the graph and correct errors created during construction of the graph. The main aim of the thesis is to implement a tool that reconstructs repetitive segments in DNA. Implemented tool was tested and is able to  identify repetitive segments, specify types, visualize them properly and is also able to assemble their sequence with fine accuracy on simpler genomes. When using complex genomes, tool is able to reconstruct only fragments of repetitive segments.
Keywords: bioinformatika; de Bruijnův graf; DNA; DNA satelit; opakující se elementy DNA; transposon; bioinformatics; de Bruijn graph; DNA; DNA satellite; repetitive elements of DNA; transposon

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/61884

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-255392


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses