Název: Akcelerace algoritmů pro shlukování tunelů v proteinech
Překlad názvu: Acceleration of Algorithms for Clustering of Tunnels in Proteins
Autoři: Jaroš, Marta ; Vašíček, Zdeněk (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2016
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Práce se zabývá problémem shlukování tunelů z dat získaných molekulární dynamikou proteinů. Tento proces je velmi výpočetně náročný a představuje výzvu pro vědecké komunity. Cílem je najít algoritmus s optimálním poměrem časové a prostorové složitosti. Práce začíná rešerší shlukovacích algoritmů. Rovněž se zabývá způsobem, jak pracovat s velkými datovými sadami, způsobem vizualizace a porovnání výsledků shlukování. Jádro práce představuje návrh řešení tohoto problému s využitím algoritmu Twister Tries . Rozebírá jeho implementační detaily a poskytuje výsledky testování z hlediska kvality výsledků a výpočetní náročnosti. Cílem práce bylo experimentálně ověřit, zda stochastickým algoritmem  Twister Tries dosáhneme stejných výsledků jako s exaktním algoritmem ( average-linkage ). Tento předpoklad se nepovedlo jednoznačně potvrdit. Z poznatků při testování hashovacích funkcí vyplývá, že stejných výsledků jsme schopni dosáhnout i s funkcí, která pracuje na nízkém stupni dimenzionality, avšak v mnohem kratším výpočetním čase. This thesis deals with the clustering of tunnels in data obtained from the protein molecular dynamics simulation. This process is very computationaly intensive and it has been a challenge for scientific communities. The goal is to find such an algorithm with optimal time and space complexity ratio. The research of clustering algorithms, work with huge highdimensional datasets, visualisation and cluster-comparing methods are discussed. The thesis provides a proposal of the solution of this problem using the Twister Tries algorithm. The implementation details are analysed and the testing results of the solution quality and space complexity are provided. The goal of the thesis was to prove that we could achieve the same results with a stochastic algorithm - Twister Tries , as with an exact algorithm ( average-linkage ). This assumption was not confirmed confidently. Another finding of the hashing functions analysis shows that we could obtain the same results of hashing with a low dimensional hashing function but in much better computational time.
Klíčová slova: CAVER.; detekce tunelů; Gilpin; Java; LSH; OptiGrid; Protein; shlukovací algoritmy; Twister Tries; CAVER.; clustering algorithms; Gilpin; Java; LSH; OptiGrid; Protein; tunnel detection; Twister Tries

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/61867

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-255375


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce