Original title: Vyhledáváni repetitivní DNA z nukleotidových sekvencí
Translated title: Searching repetitive DNA in nucleotide sequences
Authors: Moskovská, Kateřina ; Provazník, Ivo (referee) ; Kubicová, Vladimíra (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2012
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
V této práci je rozebrána problematika repetitivních DNA a algoritmů pro vyhledávání tandemových repetic. Tandemové repetice hrají důležitou roli v biologickém průmyslu. Slouží jako genetické markery pro tvoření genetických map, profilů DNA pro určování otcovství a ve forenzní oblasti. Dalším důvodem pro jejich vyhledávání je, že mají za následek několik závažných onemocnění člověka. Algoritmy pro jejich vyhledávání jsou proto předmětem mnoha studií. Algoritmy dělíme do dvou hlavních skupin – algoritmy porovnávající řetězce DNA a algoritmy založené na zpracování numericky reprezentované DNA. Úkolem této bakalářské práce je vybrat si zástupce z každé skupiny, navrhnout jejich realizaci a tu poté také předvést v programovém prostředí Matlab. Výsledkem práce by mělo být porovnání obou programů na základě vybraných kritérií s pomocí několika sekvencí. Těchto několik vybraných sekvencí budou mít za úkol tyto programy zpracovat a výsledky z těchto zpracování budou mezi sebou porovnány. This bachelor thesis deals with problem of repetitive DNA and algorithms for searching tandem repeats. Tandem repeats are important for biological industry. They are used as gene marker for creating genetic maps, profiles of DNA for paternity testing and in forensic sphere. Tandem repeats wreak several sever humen illness and it is another reason for their searching. Therefore are algorithms for searching of tandem repeats objects of many studies. We can divided algorithms to two main groups – algorithms based on string matching and algorithms based on digital signal processing. Task of this bachelor thesis is choose one member of each group and propose their implementation and than implement them in program Matlab. Result of this thesis should be comparison both programs. This comparison pass off on the basis of chosen criterion and several sequences. Both program transform these sequences and than can be programs compare.
Keywords: algorithm; expansion of the trinucleotide repeats; Fourier transform; interspred repeats; microsatelites; numerical representation; sliding window; spectrogram; string matching; tandem repeats; algoritmus; expanze trinukleotidů; Fourierova transformace; mikrosatelity; numerická reprezentace; plovoucí okno; porovnávání řetězců; rozptýlené repetice; spektrogram; tandemové repetice

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/12448

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-242937


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses