Original title: Vizualizace sekundárních struktur DNA v prostředí R/Bioconductor
Translated title: Visualization of DNA Secondary Structures in R/Bioconductor
Authors: Jaroš, Marta ; Bendl, Jaroslav (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2014
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce se zabývá zobrazovacími technikami sekundárních struktur DNA. Shrnuje a rozebírá některé současné metody vizualizace. Objasňuje problém a jeho význam z hlediska molekulární biologie. Cílem práce je návrh obecného algoritmu pro vizualizaci sekundárních struktur DNA, konkrétně palindromických a triplexových struktur a jeho implementace do prostředí R/Bioconductor. Zaměřuje se zejména na oblast 2D grafického zobrazování zmíněných sekundárních struktur DNA. Výsledkem práce je vytvořená 2D grafická podpora pro softwarové balíčky určené pro prostředí R/Bioconductor, které zabezpečují vyhledávání charakteristických sekvencí palindromů a triplexů v  sekvencích DNA. This bachelors thesis deals with the visualization techniques of the secondary structures of DNA. It summarizes and discusses some of the current methods of visualization. It explains the problem and its importance from the standpoint of molecular biology. The main aim of the work is the design of a generic algorithm for visualization of secondary structures of DNA, specifically palindromes and triplexes, and its implementation into the environment R/Bioconductor. It focuses in particular on the area of 2D graphical imaging of these secondary structures of DNA. The result of the work is 2D visualization support for R/Bioconductors software packages which provide searching of the characteristic sequence of palindromes and triplexes in DNA sequences.
Keywords: 2D; Bioconductor; diagram; DNA; palindrome; R language; secondary structures; triplex; visualization; 2D; Bioconductor; diagram; DNA; jazyk R; palindrom; sekundární struktury; triplex; vizualizace

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/56589

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-239739


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses