Original title: Predikce sekundární struktury proteinů pomocí celulárního automatu
Translated title: Prediction of the Secondary Structure of Proteins by Cellular Automaton
Authors: Šalanda, Vojtěch ; Vogel, Ivan (referee) ; Bendl, Jaroslav (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2012
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato práce přináší nový přístup k predikci sekundární struktury proteinů. K existujícím přístupům k této problematice zavádí novou metodu, založenou na celulárním automatu a jeho charakteristických vlastnostech. Hlavním cílem práce je zvýšení rychlosti predikce i za cenu mírného snížení její úspěšnosti. Pro nalezení optimálních parametrů běhu celulárního automatu je využito genetického algoritmu s vhodně definovanými genetickými operátory. Dosažené výsledky byly porovnány s výsledky existujících metod. Parametry predikce, se kterými bylo dosaženo nejvyšší úspěšnosti, byly použity ve výpočetním frameworku pro predikci sekundární struktury libovolného analyzovaného proteinu. This thesis presents a new approach to the prediction of the secondary structure of proteins. It employs a new method based on cellular automata and its characteristic properties. The main objective is to increase speed of the prediction even at the cost of slight decrease of overall accuracy. Optimal parameters of cellular automata was found by genetic algorithm using suitable genetic operators. These parameters are incorporated into developed application for prediction. Finally, the results was compared with results of other tools for this purpose.
Keywords: Cellular automata; genetic algorithm; protein.; secondary structure prediction; Celulární automat; genetický algoritmus; predikce sekundární struktury; protein.

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/55121

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-238071


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses