Original title:
Vyhledávání kvadruplexů v DNA sekvencích
Translated title:
Quadruplex Detection in DNA Sequences
Authors:
Sečka, Martin ; Lexa, Matej (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor) Document type: Master’s theses
Year:
2012
Language:
cze Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií Abstract:
[cze][eng]
Tato diplomová práce se zabývá vyhledáváním, vizualizací a filtrací sekvencí potenciálně tvořících kvadruplexy v sekvencích DNA. Ve spolupráci s Biofyzikálním ústavem AV ČR byla za tímto účelem vytvořena webová aplikace, která využívá nový algoritmus pro hledání všech možných umístění kvadruplexů v rámci zadané sekvence. Návrh a implementace tohoto algoritmu jsou také součástí této práce.
This master's thesis focuses on search for sequences potentially forming quadruplexes in DNA sequences, their visualization and filtration. For this purpose a web application was created in cooperation with the Institute of biophysics of Academy of science of Czech republic. This application uses a newly created algorithm able to find all possible formations of quadruplex within given input sequence. Design and implementation of this algorithm are also part of this thesis.
Keywords:
algorithm; DNA; quadruplex; secondary structure; web application; algoritmus; DNA; kvadruplex; sekundární struktura; webová aplikace
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/53723