Original title: Akcelerace algoritmů pro hledání triplexů v DNA sekvencích
Translated title: Acceleration of Algorithms for Triplex Detection in DNA Sequences
Authors: Weiser, Michal ; Lexa, Matej (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2012
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Triplexní formy DNA mají vliv na některé základní buněčné funkce. Informace o jejich umístění v genomech a všech vlivech na funkce organismu přesto nejsou známy. Většina algoritmů pro hledání triplexů neuvažuje důležité vlastnosti a možnost výskytu chyb. Komplexní algoritmy jsou velmi výpočetně náročné. Tato práce navrhuje způsob urychlení algoritmu, který při hledání triplexů uvažuje všechny známé informace. Akcelerací algoritmu pomocí paralelního zpracování technologií CUDA bylo dosaženo až 50-ti násobného zrychlení. Triplex forms of DNA act as main factors of some important cell functions. However, their positions within genome and their effect on cell functions are not known well. Triplex search algorithms often don't consider many of triplexs features and the possibility of occurrence of errors. In the other hand the complexity of full featured algorithms is extremely high. This paper shows the way to speed up the algorithm that considers all known triplex features. Parallel aproach allows due to CUDA technology acceleration up to 50.
Keywords: acceleration; CUDA; DNA; graphic cards; triplex; akcelerace; CUDA; DNA; grafické karty; triplex

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/53578

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-236435


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses