Original title: Predikce struktury kvadruplexu
Translated title: Prediction of Quadruplex Structure
Authors: Mikula, Adrian ; Lexa, Matej (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2014
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato diplomová práce se zabývá způsobem vyhledávání a predikcí struktury kvadruplexů v sekvencích DNA. Jsou zde vysvětleny související pojmy, které jsou důležité pro pochopení funkcí kvadruplexů, jejich vlastnosti a možnosti geometrického uspořádání. Také jsou zde popsány současné metody, které umožňují vyhledávání a predikci struktur kvadruplexů a to jak fyzikálně-chemické, tak výpočetní. Je zde taky vysvětlen princip molekulárního modelování, který byl použit ve výsledné aplikaci. Součástí této práce je i návrh a popis implementace finálního řešení vyhledávání a predikce struktury kvadruplexů pomocí nástrojů AMBER Tools. This master's thesis focuses on search and structure prediction of quadruplexes in DNA sequences. Thesis also explains related terms that are important for understanding the function, properties and geometry of quadruplexes. Thesis describe physico-chemical and computational current methods, which possible to discover and structure prediction. This paper also explain the principle of molecular modelling, which was used in the final application. Design and implementation of the final algorithm are also part of this thesis.
Keywords: AMBER Tools; DNA; molecular modelling; nucleic acid; potential energy; Quadruplex; secondary structure; transcription; AMBER Tools; DNA; Kvadruplex; molekulární modelování; nukleová kyselina; potenciální energie; sekundární struktura; transkripce

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/53335

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-236092


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses