Original title: Optimalizace zarovnání dat z next-generation sekvenování
Translated title: Optimization of the Next-Generation Sequencing Data Alignment
Authors: Šalanda, Vojtěch ; Bendl, Jaroslav (referee) ; Vogel, Ivan (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2014
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato práce přináší optimalizaci nástrojů pro zarovnání sekvenčních čtení, která jsou produktem sekvenačních technik druhé generace. Výsledné zarovnání existujících nástrojů lze ovlivnit různým nastavením parametrů. Za tímto účelem byl vytvořen optimalizační framework, který pomocí algoritmu diferenciální evoluce nalezne optimální nastavení zvolených parametrů. Cílem optimalizace je maximalizace přesnosti zarovnání. Funkčnost frameworku byla ověřena na datových sadách jak reálných, tak generovaných sekvenčních čtení. Díky přesnějšímu zarovnání lze získat přesnější podobu referenční sekvence pro navazující analýzy genetických vlastností. This thesis presents short DNA alignment tools optimization. These short DNA reads are products of next\nobreakdash-generation sequencing technologies. The results produced by existing align\-ment tools can be influenced by various parameters. For this purpose, an optimization framework to find the optimal values of selected parameters was developed. This framework is based on differencial evolution algorithm and its main goal is to maximize the alignment accuracy. The functionality of the framework was tested on both real and generated data sets of short DNA reads. An accurate alignment is crucial for correct prediction of various genetic characteristics.
Keywords: alignment optimization; alignment tools; differential evolution.; Next-generation sequencing; short read; diferenciální evoluce.; optimalizace zarovnání; Sekvenování nové generace (NGS); sekvenční čtení; zarovnávací nástroje

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/53320

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-236077


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses