Original title: Predikce transpozonů v DNA
Translated title: Prediction of Transposons in DNA
Authors: Černohub, Jan ; Vogel, Ivan (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2014
Language: eng
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [eng] [cze]
Cílem práce je seznámení se s problematikou uchovávání informace v DNA, provést rešerši na téma transpozony, bioinformatické nástroje a algoritmy, které jsou používány k jejich detekci v nasekvenovaných genomech a vytvořit tak stručný úvod do obsáhle problematiky, včetně jejího zasazení do kontextu současně probíhajícího výzkumu v dané oblasti. Na základě přehledu stávajících algoritmů a nástrojů pro detekci transpozonů je navržen a implementován nástroj pro hledání tzv. LTR transpozonů. The paper offers brief introduction into DNA with focus on transposable elements also know as transposons and how do they relate to the ongoing research into biology - seen mainly from the bioinformatics point of view. The goal is to research past and concurrent tools and algorithms that were developed for transposon detection in sequenced genomes. Based on the surveyed designs a proposal for long terminal repeat transposons oriented tool is created and implemented.
Keywords: bioinformatika; detekce; DNA; evoluce; LTR; pole suffixů; predikce; retroviry; transpozon; bioinformatics; detection; DNA; evolution; long terminal repeats; LTR; prediction; retro-viruses; suffix array; transposable elements; transposon

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/53273

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-236030


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses