Home > Academic theses (ETDs) > Doctoral theses > Analýza exprese genů pro růst a vývoj svaloviny u prasat, studium variability genu IL18 a jeho asociace s užitkovými znaky
Original title:
Analýza exprese genů pro růst a vývoj svaloviny u prasat, studium variability genu IL18 a jeho asociace s užitkovými znaky
Authors:
Chalupová, Pavla Document type: Doctoral theses
Year:
2012
Language:
cze Abstract:
[cze][eng] Práce navazuje na výsledky microarray analýz a zabývá se analýzou diferenciální exprese ve svalové tkáni u prasat. Pomocí kvantitativní real-time RT-PCR byla validována exprese 12 genů (ANXA1, ANXA2, BTG2, CSRP2, DAB2, EMP3, HBEGF, IL18, PRKAR1A, SGCD, SORT1, TGFB2) podílejících se na vývoji a růstu svaloviny u prasat. Byly sledovány rozdíly v expresi ve dvou svalech (m. longissimus lumborum et thoracis a m. biceps femoris) mezi prasetem divokým a českým bílým ušlechtilým, formami lišícími se výrazně v růstu. Všechny studované geny vykazovaly vyšší hladinu exprese u českého bílého ušlechtilého. Za účelem resekvenování a detekce polymorfismů byl vybrán gen IL18, kódující prozánětlivý cytokin interlerukin 18. IL18 byl dříve asociován s tukovým metabolismem, inzulínovou rezistencí a funkcí svalové tkáně. V úsecích pokrývajících exon 2, 4 a 5 bylo nalezeno celkem 40 polymorfismů. Pro dva polymorfismy: ENSSSCG00000015037:g.11237G>A v exonu 2 (MspI) a g.19480G>A v intronu 5--6 (VspI) byla navržena metodika PCR-RFLP a byla zhodnocena asociace s parametry užitkovosti a kvality masa u vybraných populací prasat (n = 344 a 669). Byly nalezeny asociace genu IL18 se znaky růstu, osvalení, ukládání tuku a kvality masa. IL18 by mohl být dalším genem využívaným v MAS u prasat.The work builds on the results of microarray analysis and deals with the analysis of differential expression of muscle tissue in pigs. Using quantitative real-time RT-PCR the expression of 12 genes (ANXA1, ANXA2, BTG2, CSRP2, DAB2, EMP3, HBEGF, IL18, PRKAR1A, SGCD, SORT1, TGFB2) involved in the development and growth of muscle in pigs was validated. Differential expression of two muscles (m. longissimus lumborum et thoracis and m. biceps femoris) between Wild Boar and Czech Large White, which differ significantly in growth, was determined. All genes were overexpressed in Czech Large White. In order to resequencing and polymorphism detection, IL18 gene, encoding proinflammatory cytokine was selected. IL18 was previously associated with lipid metabolism, insulin-resistance and skeletal muscle function. In fragments covering exon 2, 4 and 5 a total of 40 polymorphisms were found. PCR-RFLP methodology was designed for two polymorphisms: ENSSSCG00000015037:g.11237G>A in exon 2 (MspI) and g.19480G>A in intron 5--6 (VspI) and the association analysis with the performance and meat quality traits in selected populations in pigs (n = 344 and 669) was evaluated. IL18 was associated with growth, muscle formation, fat deposition and meat quality traits. IL18 could be potentially useful for MAS in pigs.
Keywords:
genová exprese; geny; prasata
guest ::
