|
|
Webový server pro predikci 3D struktury proteinu
Votroubek, Lukáš ; Očenášek, Pavel (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá proteiny, především jejich strukturou a způsoby predikce terciární, neboli 3D, struktury. Predikce terciární struktury je důležitá pro zjištění funkce těchto životně důležitých látek. Využití metod bioinformatiky velice zefektivňuje a zrychluje predikci, protože klasické metody přímého zjišťování struktury z molekuly jsou drahé a pomalé. Na druhou stranu jsou zatím mnohem přesnější. Cílem práce je přiblížit metody používané pro predikci terciární struktury, popsat nástroje, které se používají a možnosti automatické komunikace s nimi. Dále je cílem popsat implementaci serveru, který bude sloužit proteinovým inženýrům pro efektivnější zjišťování informací o terciární struktuře z více nástrojů, aniž by museli zadávat požadavek na každý zvlášť. Také zde budou popsány výsledky testování.
|
|
|
Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů
Plaga, Michal ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem práce je otestování a porovnání offline nástrojů pro predikci struktury proteinů, a následné vytvoření metaprediktoru, který uživateli umožní vybrat vhodný nástroj, podle nastavených parametrů. Testování nástrojů probíhá na základě sady dat proteinů, která vychází z~databáze SCOP a snaží se být co nejvíce vyvážená aby obsahovala proteiny z~různých rodin a mohla tak co nejlépe ohodnotit jednotlivé nástroje. Výsledkem práce je zjištění požadavků na metaprediktor, jaká data a nastavení musí zpracovávat a umožňovat a jakým způsobem bude implementován.
|
|
|
Effects of phosphorylation on 3D conformation of proteins
Tomčalová, Brenda ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Vymětal, Jiří (oponent)
Fosforylace je jedna z nejrozšířenějších proteinových posttranslačních modifikací. Pochopení funkce a regulace fosforylace je významné pro diagnózu a léčbu mnoha onemocnění. Tato práce shrnuje studie analyzující fosforylace pomocí bioinformatických nástrojů na velkých datových souborech. V této práci jsou popsány obecné principy, jak fosforylace ovlivňuje fyzikálně-chemické vlastnosti proteinů. V prvních dvou kapitolách jsou nastíněny evoluční zákonitosti, funkce a regulace proteinových kináz a fosfatáz. Ve třetí kapitole se práce zaměřuje na rozložení fosforylačních míst proteinů napříč různými organizmy (rostlinnými a živočišnými). Poslední kapitola se věnuje shrnutí dnešních poznatků o alosterickém a ortosterickém efektu fosforylace a vlivu fosforylace na 2D a 3D strukturu proteinů.
|
|
|
Template-based RNA tertiary structure prediction
Galvánek, Rastislav ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Jelínek, Jan (oponent)
Práca sa zaoberá návrhom, implementáciou a testovaním nového algoritmu homológnej predikcie terciárnej RNA štruktúry, teda predikcie za pomoci podobnej RNA štruktúry ako vzoru. Zameriava sa na možnosť predikcie dlhých RNA štruktúr v rozumnom čase a dobrej presnosti. Algoritmus je založený na skopírovaní konzervovaných častí štruktúry vzoru a následnom dopredikovaní nekonzervovaných úsekov existujúcim algoritmom typu ab initio. Práca je rozdelená na štyri kapitoly. Prvá obsahuje základné informácie o RNA a o jej význame, druhá popisuje spôsoby predikcie RNA a súčasne dostupné metódy predikcie, v tretej je predstavený algoritmus a vo štvrtej sú vyhodnotené výsledky vyvinutého algoritmu.
|
|
|
Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů
Plaga, Michal ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem práce je otestování a porovnání offline nástrojů pro predikci struktury proteinů, a následné vytvoření metaprediktoru, který uživateli umožní vybrat vhodný nástroj, podle nastavených parametrů. Testování nástrojů probíhá na základě sady dat proteinů, která vychází z~databáze SCOP a snaží se být co nejvíce vyvážená aby obsahovala proteiny z~různých rodin a mohla tak co nejlépe ohodnotit jednotlivé nástroje. Výsledkem práce je zjištění požadavků na metaprediktor, jaká data a nastavení musí zpracovávat a umožňovat a jakým způsobem bude implementován.
|
|
|
Webový server pro predikci 3D struktury proteinu
Votroubek, Lukáš ; Očenášek, Pavel (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá proteiny, především jejich strukturou a způsoby predikce terciární, neboli 3D, struktury. Predikce terciární struktury je důležitá pro zjištění funkce těchto životně důležitých látek. Využití metod bioinformatiky velice zefektivňuje a zrychluje predikci, protože klasické metody přímého zjišťování struktury z molekuly jsou drahé a pomalé. Na druhou stranu jsou zatím mnohem přesnější. Cílem práce je přiblížit metody používané pro predikci terciární struktury, popsat nástroje, které se používají a možnosti automatické komunikace s nimi. Dále je cílem popsat implementaci serveru, který bude sloužit proteinovým inženýrům pro efektivnější zjišťování informací o terciární struktuře z více nástrojů, aniž by museli zadávat požadavek na každý zvlášť. Také zde budou popsány výsledky testování.
|
host ::
RSS.