|
| |
|
| |
|
|
Effects of phosphorylation on 3D conformation of proteins
Tomčalová, Brenda ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Vymětal, Jiří (oponent)
Fosforylace je jedna z nejrozšířenějších proteinových posttranslačních modifikací. Pochopení funkce a regulace fosforylace je významné pro diagnózu a léčbu mnoha onemocnění. Tato práce shrnuje studie analyzující fosforylace pomocí bioinformatických nástrojů na velkých datových souborech. V této práci jsou popsány obecné principy, jak fosforylace ovlivňuje fyzikálně-chemické vlastnosti proteinů. V prvních dvou kapitolách jsou nastíněny evoluční zákonitosti, funkce a regulace proteinových kináz a fosfatáz. Ve třetí kapitole se práce zaměřuje na rozložení fosforylačních míst proteinů napříč různými organizmy (rostlinnými a živočišnými). Poslední kapitola se věnuje shrnutí dnešních poznatků o alosterickém a ortosterickém efektu fosforylace a vlivu fosforylace na 2D a 3D strukturu proteinů.
|
|
|
Computational study of short peptides and miniproteins in different environments
Vymětal, Jiří ; Vondrášek, Jiří (vedoucí práce) ; Svozil, Daniel (oponent) ; Berka, Karel (oponent)
Peptidy, kromě své biologické funkce, představují take důležité modely nesbalených, de- naturovaných nebo nestrukturovaných proteinů. Pobobně důležitými modely pro exper- imentální i teoretické studium sbalování proteinů jsou miniproteiny, jako např. Trp- cage. Chování peptidů i proteinů lze studovat v počítačových simulacích pomocí metod molekulární dynamiky, které umožnují sledovat děje v atomistickém rozlišení. Tyto metody však čelí však dvěma zásadním problémům - přesnosti používaných energetick- ých funkcí a nedostatečnému vzorkování konformačních stavů. V této disertaci jsem se zabýval oběma okruhy problémů. Vliv rozdílných, běžně používných energetických funkcí ("force fields") byl testován na modelu aminokyselinových dipeptidů. Žádná sada parametrů však nedokázala konzis- tentně reprodukovat konformační preference jednotlivých aminokyselin. Výsledky simu- lací byly mezi sebou srovnány a byly hledány příčiny jejich vzájemných odlišností. Abychom odhalili, jakým způsobem různé podmínky ovlivňují konformační stavy peptidů, zkoumali jsme vlastnosti aminokyselin v AAXAA peptidech. Simulace odhalily zásadní rozdíl ve vlivu tepelné a chemické denaturace (močovinou) na charakter a zastoupení konformací peptidů, stejně jako konformačních preferencí jednotlivých aminokyselin. K problematice vzorkování...
|
|
| |
host ::
RSS.