|
|
Využití numerických reprezentací ve zpracování nukleotidových sekvencí
Košíček, Adam ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Převod sekvencí DNA na vhodnou reprezentaci je důležitou úkolem před samotným započetím analýzy a dalšího zpracování. Hlavním úkolem této práce bylo se seznámit s typy numerických a grafických reprezentací a jejich využitím pro analýzu DNA. Vzhledem k velkému množství metod a postupů, byly do této práce vybrány pouze některé. Některé metody nelze přímo klasifikovat jako numerické nebo grafické, protože obsahují možnost obojí reprezentace. Tyto metody byly zařazeny mezi grafické reprezentace. Pro vybrané metody byly vytvořeny fylogenetické stromy pro porovnání přesnosti. Závěrem práce je zhodnocení získaných výsledků.
|
|
|
Vyhledávání homologních genů pomocí metod zpracování signálů
Kamar, Yana ; Jugas, Robin (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce obsahuje teoretický úvod do molekulární biologie a genetiky na potřebné úrovní, včetně popisu stavby DNA a homologních genů. Jsou popsané pevné a fyzikálně- chemické typy mapování nukleotidů, metody zpracování digitálních signálů. V prostředí MATLAB byli naprogramované numerické reprezentace genů, jmenovitě: rozbalená a kumulovaná fáze, denzitní vektory. S použitím rozbalené fáze a denzitních vektorů s různou délkou bylo uskutečněno vyhledávání CDS úseku v celém genomu pomocí metrických vzdálenosti (euklidovské a canberrské) a korelace. Dále s použitím metrických vzdálenosti byl vyhledán homologní gen v více či méně podobných bakteriálních genomech. Výsledkem je orientační práh vzdálenosti(euklidovské a canberrské) pro nalezení homologních genů v genomech.
|
|
|
Porovnání metod pro konstrukci barevných DNA spektrogramů
Postránecká, Tereza ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Tato práce pojednává o možnostech konstrukce barevných DNA spektrogramů a o vzorech, které z nich detekujeme. Spektrogramy jako nástroje spektrální analýzy nám umožňují současný pohled na lokální frekvence napříč celou nukleotidovou sekvencí. Jsou vhodné pro identifikaci genů či jejich regionů, určování globálních vlastností celých chromozomů, ale také dávají možnost objevit nové dosud neznámé regiony s potenciálním významem. Za účelem takovéto analýzy DNA lze použít techniky číslicového zpracování signálů. Jejich použití však musí předcházet metody konvertování DNA sekvence do numerické reprezentace. Výběr správné numerické reprezentace ovlivní, jak dobře budou dané biologické vlastnosti reflektovány v numerickém zápisu potřebném pro další použití v analýze zpracování signálů.
|
|
|
Grafická reprezentace genomických a proteomických sekvencí
Pražák, Ondřej ; Kolářová, Jana (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Úprava sekvencí DNA a jejich vhodné zobrazení je důležitou součástí analýzy, porovnání a dalšího zpracování. Úkolem této práce je seznámení s vlastnostmi genomických a proteomických sekvencí a nalezení metod pro jejich zobrazení. Z důvodu velkého množství postupů a jejich dělení, je v této práci uvedeno pouze několik zástupců. Všechny metody popsané v textu jsou dle zadání naprogramovány v prostředí Matlab. Pomocí krátkých sekvencí DNA několika živočichů jsou vyzkoušeny a porovnány s originálním výzkumem. Některé metody obsahují, vedle grafického zobrazení, i příklad dalšího zpracování, převážně podobnostní analýza. Závěrem práce je porovnání výsledků analýzy a vybrat nejvhodnější metodu.
|
|
|
Vyhledáváni repetitivní DNA z nukleotidových sekvencí
Moskovská, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
V této práci je rozebrána problematika repetitivních DNA a algoritmů pro vyhledávání tandemových repetic. Tandemové repetice hrají důležitou roli v biologickém průmyslu. Slouží jako genetické markery pro tvoření genetických map, profilů DNA pro určování otcovství a ve forenzní oblasti. Dalším důvodem pro jejich vyhledávání je, že mají za následek několik závažných onemocnění člověka. Algoritmy pro jejich vyhledávání jsou proto předmětem mnoha studií. Algoritmy dělíme do dvou hlavních skupin – algoritmy porovnávající řetězce DNA a algoritmy založené na zpracování numericky reprezentované DNA. Úkolem této bakalářské práce je vybrat si zástupce z každé skupiny, navrhnout jejich realizaci a tu poté také předvést v programovém prostředí Matlab. Výsledkem práce by mělo být porovnání obou programů na základě vybraných kritérií s pomocí několika sekvencí. Těchto několik vybraných sekvencí budou mít za úkol tyto programy zpracovat a výsledky z těchto zpracování budou mezi sebou porovnány.
|
|
|
Vyhledávání homologních genů pomocí metod zpracování signálů
Kamar, Yana ; Jugas, Robin (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce obsahuje teoretický úvod do molekulární biologie a genetiky na potřebné úrovní, včetně popisu stavby DNA a homologních genů. Jsou popsané pevné a fyzikálně- chemické typy mapování nukleotidů, metody zpracování digitálních signálů. V prostředí MATLAB byli naprogramované numerické reprezentace genů, jmenovitě: rozbalená a kumulovaná fáze, denzitní vektory. S použitím rozbalené fáze a denzitních vektorů s různou délkou bylo uskutečněno vyhledávání CDS úseku v celém genomu pomocí metrických vzdálenosti (euklidovské a canberrské) a korelace. Dále s použitím metrických vzdálenosti byl vyhledán homologní gen v více či méně podobných bakteriálních genomech. Výsledkem je orientační práh vzdálenosti(euklidovské a canberrské) pro nalezení homologních genů v genomech.
|
|
|
Využití numerických reprezentací ve zpracování nukleotidových sekvencí
Košíček, Adam ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Převod sekvencí DNA na vhodnou reprezentaci je důležitou úkolem před samotným započetím analýzy a dalšího zpracování. Hlavním úkolem této práce bylo se seznámit s typy numerických a grafických reprezentací a jejich využitím pro analýzu DNA. Vzhledem k velkému množství metod a postupů, byly do této práce vybrány pouze některé. Některé metody nelze přímo klasifikovat jako numerické nebo grafické, protože obsahují možnost obojí reprezentace. Tyto metody byly zařazeny mezi grafické reprezentace. Pro vybrané metody byly vytvořeny fylogenetické stromy pro porovnání přesnosti. Závěrem práce je zhodnocení získaných výsledků.
|
|
|
Vyhledáváni repetitivní DNA z nukleotidových sekvencí
Moskovská, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
V této práci je rozebrána problematika repetitivních DNA a algoritmů pro vyhledávání tandemových repetic. Tandemové repetice hrají důležitou roli v biologickém průmyslu. Slouží jako genetické markery pro tvoření genetických map, profilů DNA pro určování otcovství a ve forenzní oblasti. Dalším důvodem pro jejich vyhledávání je, že mají za následek několik závažných onemocnění člověka. Algoritmy pro jejich vyhledávání jsou proto předmětem mnoha studií. Algoritmy dělíme do dvou hlavních skupin – algoritmy porovnávající řetězce DNA a algoritmy založené na zpracování numericky reprezentované DNA. Úkolem této bakalářské práce je vybrat si zástupce z každé skupiny, navrhnout jejich realizaci a tu poté také předvést v programovém prostředí Matlab. Výsledkem práce by mělo být porovnání obou programů na základě vybraných kritérií s pomocí několika sekvencí. Těchto několik vybraných sekvencí budou mít za úkol tyto programy zpracovat a výsledky z těchto zpracování budou mezi sebou porovnány.
|
|
|
Porovnání metod pro konstrukci barevných DNA spektrogramů
Postránecká, Tereza ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Tato práce pojednává o možnostech konstrukce barevných DNA spektrogramů a o vzorech, které z nich detekujeme. Spektrogramy jako nástroje spektrální analýzy nám umožňují současný pohled na lokální frekvence napříč celou nukleotidovou sekvencí. Jsou vhodné pro identifikaci genů či jejich regionů, určování globálních vlastností celých chromozomů, ale také dávají možnost objevit nové dosud neznámé regiony s potenciálním významem. Za účelem takovéto analýzy DNA lze použít techniky číslicového zpracování signálů. Jejich použití však musí předcházet metody konvertování DNA sekvence do numerické reprezentace. Výběr správné numerické reprezentace ovlivní, jak dobře budou dané biologické vlastnosti reflektovány v numerickém zápisu potřebném pro další použití v analýze zpracování signálů.
|
|
|
Grafická reprezentace genomických a proteomických sekvencí
Pražák, Ondřej ; Kolářová, Jana (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Úprava sekvencí DNA a jejich vhodné zobrazení je důležitou součástí analýzy, porovnání a dalšího zpracování. Úkolem této práce je seznámení s vlastnostmi genomických a proteomických sekvencí a nalezení metod pro jejich zobrazení. Z důvodu velkého množství postupů a jejich dělení, je v této práci uvedeno pouze několik zástupců. Všechny metody popsané v textu jsou dle zadání naprogramovány v prostředí Matlab. Pomocí krátkých sekvencí DNA několika živočichů jsou vyzkoušeny a porovnány s originálním výzkumem. Některé metody obsahují, vedle grafického zobrazení, i příklad dalšího zpracování, převážně podobnostní analýza. Závěrem práce je porovnání výsledků analýzy a vybrat nejvhodnější metodu.
|
host ::
RSS.