|
| |
|
|
Metodika detekce virů obilnin a trav pomocí SYBR Green I RT-qPCR
Jarošová, Jana ; Dráb, Tomáš ; Beoni, Eva ; Kumar, Jiban
Čeleď Poaceae je zemědělsky nejdůležitější čeledí rostlin na světě. Čeleď Poaceae je také hostitelem mnoha patogenů včetně více než sta známých druhů virů. Rozložení výskytu jednotlivých druhů virů se liší v závislosti na hostitelích, zeměpisných a jiných podmínkách. Tato metodika poskytuje popis způsobu detekce devíti virů obilnin a trav: virus mozaiky sveřepu (BMV), virus žluté zakrslosti ječmene (BYDV), latentní virus jílku (LoLV), virus nekrotické mozaiky ovsa (ONMV), virus mozaiky jílku (RgMV), půdou přenosný virus mozaiky obilnin (SBCMV), virus skvrnitosti spartiny (SpMV), virus zakrsalosti pšenice (WDV), a virus čárkovité mozaiky pšenice (WSMV) pomocí metody SYBR Green I RT-qPCR.
Plný text:  PDF
|
|
|
Metodika detekce vnitřního genu hrachu setého lektinu pomocí PCR: metodika pro praxi
Vráblík, Aleš ; Hodek, Jan ; Ovesná, Jaroslava
Metodika popisuje detekci vnitřního genu hrachu setého lektinu pomocí PCR a real-time PCR s využitím nově vyvinutých specifických primerů. Podstatou zkoušky je zjistit ve vzorku přítomnost nukleotidové sekvence specifické pro lektin, vnitřní gen hrachu setého. Vzhledem k tomu, že v řadě matric je DNA poškozena výrobními postupy, využívá se amplifikace krátkého úseku DNA. Po amplifikaci cílové DNA metodou PCR následuje elektroforetická separace PCR produktů v agarózovém gelu. V transiluminátoru se poté v UV světle vizualizuje hledaný PCR produkt v podobě proužku svítícího na gelu v předem určené pozici. Nově vyvinuté primery byly rovněž verifikovány pro metodu real-time PCR s využitím SYBR® Green detekce. U dané metody byla ověřena specificita a rovněž byl stanoven detekční a kvantifikační limit.
Plný text: PDF
|
|
|
Metodika identifikace původců fuzarióz klasu pomocí PCR
Sumíková, Taťána ; Gabrielová-Slezáková, Ludmila ; Žabka, Martin
Cílem navrhované metodiky je uvedení kompletních protokolů k detekci následujících druhů r. Fusarium - F. avenaceum, F. culmorum, F. poae, F. graminearum, F. pseudograminearum, F. sporotrichioides - pomocí multiplex PCR. Sekvence použitých druhově specifických primerů jsou převzaté z literatury a byly vybrány tak, aby bylo možné je vzájemně a libovolně kombinovat, což umožňuje detekci jednoho nebo až všech šesti výše uvedených druhů v jedné PCR reakci. Reakce jsou optimalizovány pro použití v běžné laboratoři molekulární biologie. V metodice je nově zavedena technika pěstování mikromycet ve formě povrchových kultur na celofánu. Tato technika je speciálně určena pro následnou izolaci DNA z houbového mycelia. Technika pěstování povrchových kultur na celofánu umožňuje optimální manipulaci s napěstovaným myceliem, které se z celofánu snadno odstraní pomocí skalpelu, přičemž nedochází k nežádoucí kontaminaci vzorku agarovým kultivačním médiem nebo nečistotami z přirozeného substrátu (z napadeného vzorku).
Plný text: PDF
|
|
| |
|
| |
|
|
Metodika diagnostiky virů rodu Vitivirus v rostlinách révy vinné v ČR: Metodika pro útvary státní správy
Komínek, Petr
Metodika popisuje postup detekce dvou významných virů rodu Vitivirus napadajících révu vinnou. Jde o tyto dva viry: A virus révy vinné - Grapevine virus A - GVA a B virus révy vinné - Grapevine virus B - GVB. Tyto dva viry způsobují u révy vinné poruchy růstu, které se projevují nejvíce na srůstu podnože a naštěpované odrůdy. Tím dochází ke snižování toku živin a asimilátů mezi podzemní a nadzemní částí rostliny, snižování životaschopnosti keře a tím i k snižování výnosů. Extrémním případem je inkompatibilita podnože a naštěpované části, kdy naštěpovaná část přiroste jen málo a nadzemní část rostliny během tří let zcela odumírá. Příznaky virové infekce se na listech napadených rostlin většinou neprojevují. Přítomnost těchto virů v rostlinách révy vinné lze testovat snadno dostupnými metodami ELISA nebo RT-PCR. Test ELISA je levnější, ale méně citlivý. Ve většině případů však pro stanovení přítomnosti jmenovaných virů postačuje. Test RT-PCR je dražší, většinou však také citlivější. Používáme ho také pro potvrzení sporných výsledků testu ELISA.
Plný text: PDF
|
|
|
Metodika stanovení rozšíření virů révy vinné ve výsadbách v ČR: metodika pro útvary státní správy
Komínek, Petr
Metodika popisuje postup stanovení napadení výsadeb révy vinné viry. Pro detekci virů použijeme metodu ELISA, která je svojí cenou a možností testování velkého množství vzorků najednou k tomuto účelu zvláště vhodná. Požadavky na zdravotní stav množitelského materiálu jsou dány zákonem č. 219/2003 Sb. a navazující vyhláškou č. 332/2006Sb, které zapracovávají i příslušné předpisy Evropských společenství. Dle této platné legislativy je povinné testování množitelského materiálu révy na GFLV, ArMV, GLRaV-1, GLRaV-3 a u podnožové révy ještě GFkV.
Plný text: PDF
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.