|
|
Strukturní charakterizace interakcí podjednotek GBAF chromatin remodelujícího komplexu
Naušová, Karolína ; Veverka, Václav (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent)
Epigenetika je vědní obor zabývající se studiem dědičných změn fenotypu, které nejsou zapříčiněny změnou sekvence DNA. Mezi hlavní mechanismy tohoto podoboru genetiky se řadí mimo jiné i remodelace chromatinu zprostředkovaná ATP- dependentními chromatin remodelujícími komplexy, které mají zásadní vliv na expresi genů, a tím i chod organismu. Savčí variantou ATP-dependentního chromatin remodelujícího komplexu SWI/SNF je BAF komplex, který se může podílet jak na aktivaci, tak i na represi genové exprese. Rozeznávány jsou celkem 3 hlavní varianty tohoto komplexu, mezi které se řadí i nekanonický BAF, známý také jako "GLTSCR1 podjednotku obsahující BAF, GBAF". Každý komplex je složen z až 15 podjednotek, z nichž některé jsou specifické pouze pro jednu z variant komplexu. Mutace v genech kódující tyto komplexy vedou k řadě genetických poruch nebo k rozvoji rakovinného bujení. Nekanonický BAF obsahuje specifické proteinové podjednotky BRD9 (z angl. Bromodomain containing protein 9), GLTSCR1 (z angl. Glioma tumor suppressor candidate region 1) nebo GLTSCR1L (z angl. GLTSCR1-like), bez kterých není schopen vzniku. Přestože přesná funkce GBAF komplexu nebyla doposud objasněna, bývá často spojován se synoviálním sarkomem či rhabdoidním tumorem. V těchto nádorových buňkách je narušena funkce dvou ze tří BAF...
|
|
|
Methylation profile in malignancy
Stojčeva, Nina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Vondrejs, Vladimír (oponent)
Epigenetické změny reprezentují chemické modifikace DNA molekuly a histonových proteinů, které mohou ovlivňovat genovou expresi. Mezi ně patří i DNA metylace představující známý mechanismus umlčení tumor supresorových a DNA reparačních genů při karcinogenezi. Byl proveden velký počet studií za účelem identifikace metylačních profilů těchto genů v různých lidských nádorech. V naši studii, zahrnující 45 pacientů se sporadickým kolorektálním nádorem a 12 pacientů s nádorem hlavy a krku, jsme vyšetřili metylační profil promotorových oblastí osmi "mismatch" reparačních genů (MLH1, MSH2, MSH3, MLH3, PMS1, PMS2, MSH6 a EXO1). Metylace promotorů byla detekována v genech MLH1 a MLH3. Výsledky obou skupin pacientů byly shodné. Na závěr můžeme shrnout, že metylační profily promotorových oblastí genů MLH1 a MLH3 mohou být považovány za potenciální kandidáty epigenetických biomarkerů kolorektálního nádoru, případně i nádoru hlavy a krku. Domníváme se, že by měl být proveden další výzkum, který by potvrdil tuto představu.
|
|
|
Mechanismy účinku bisfenolu A s důrazem na metabolismus a plodnost
Houška, Jakub ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Novák, Jan (oponent)
Bisfenol A je endokrinní disruptor, tedy chemikálie vyskytující se v životním prostředí, lidmi konzumované stravě i vodě, která narušuje hormonální systém člověka i jiných organismů. Jakožto endokrinní disruptor má řadu negativních účinků na lidské zdraví. V této práci jsem se pokusil shrnout molekulární mechanismy těchto účinků se zaměřením na obezitu a plodnost. Mezi popisované mechanismy patří interakce bisfenolu s některými receptory, jeho vliv na syntézu enzymů i na epigenetické mechanismy jako metylace DNA či změny v expresi miRNA. V závěru práce se věnuji i možným způsobům eliminace zmíněných účinků. Klíčová slova bisfenol A, molekulární mechanismy, obezita, plodnost, receptor, epigenetické mechanismy, eliminace účinků
|
|
|
Podrobná charakterizace interakce mezi LEDGF/p75 a MeCP2
Naušová, Karolína ; Veverka, Václav (vedoucí práce) ; Hrabal, Richard (oponent)
Epigenetika je vědní obor zabývající se studiem dědičných změn fenotypu, které nejsou způsobeny změnou v sekvenci DNA. Mezi hlavní epigenetické mechanismy spadá kovalentní modifikace DNA, zejména methylace, modifikace histonů a s tím spojená modifikace chromatinu, a RNA interference. Tyto mechanismy se mohou uplatnit během řady procesů, od transkripce až po translaci. LEDGF/p75, z angl. Lens epithelium-derived growth factor, je všudypřítomný protein lidského těla považovaný za transkripční koaktivátor upregulovaný za stresových podmínek. Skládá se z několika domén, z nichž na svém N-konci obsahuje PWWP doménu, která je schopna vázat di- a trimethylovaný lysin 36 na histonu 3 - tedy epigenetickou značku transkripčně aktivního chromatinu. Mezi jeho interakční partnery patří například HIV integráza, MLL1-MENIN komplex nebo protein MeCP2. Kratší izoformou tohoto proteinu je LEDGF/p52 sdílící s LEDGF/p75 jeho N-koncovou část důležitou pro interakci s DNA a chromatinem. MeCP2, z angl. Methyl-CpG-binding protein 2, je rovněž všudypřítomným proteinem lidského těla, ovšem s nejvyšší koncentrací v mozku. Jedná se o transkripční modulátor remodelující chromatin, jehož funkcí je proto aktivace nebo represe genu v závislosti na molekulárním a buněčném kontextu. Mimo jiné je zapojen v regulaci sestřihu RNA,...
|
|
|
Epigenetické mechanismy
Šornová, Veronika ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Koc, Michal (oponent)
Epigenetika je studium dědičných změn genové aktivity, které nejsou způsobeny změnou sekvence v DNA. Epigenetické mechanismy se mohou uplatnit na celé řadě úrovní, od transkripce až po translaci. Patří mezi ně metylace DNA, modifikace histonů, a s tím spojená modifikace chromatinu, a RNA interference. Výsledkem je změna konformace chromatinu vedoucí ke snížené nebo zvýšené expresi určitého genu, inaktivaci jednoho z chromosomů X nebo genovému imprintingu. Epigenetická regulace hraje důležitou roli v etiopatogenezi multifaktoriálních onemocnění. Na jejich vzniku se podílejí genetické predispoziční faktory (u autoimunitních chorob se jedná o geny hlavního histokompatibilního komplexu) a environmentální faktory, které působí na náš genom právě prostřednictvím epigenetických modifikací. Klíčová slova: Epigenetické mechanismy, metylace DNA, modifikace histonů, RNA interference, genomový imprinting, inaktivace chromozomu X, multifaktoriální onemocnění.
|
|
|
Methylation profile in malignancy
Stojčeva, Nina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Vondrejs, Vladimír (oponent)
Epigenetické změny reprezentují chemické modifikace DNA molekuly a histonových proteinů, které mohou ovlivňovat genovou expresi. Mezi ně patří i DNA metylace představující známý mechanismus umlčení tumor supresorových a DNA reparačních genů při karcinogenezi. Byl proveden velký počet studií za účelem identifikace metylačních profilů těchto genů v různých lidských nádorech. V naši studii, zahrnující 45 pacientů se sporadickým kolorektálním nádorem a 12 pacientů s nádorem hlavy a krku, jsme vyšetřili metylační profil promotorových oblastí osmi "mismatch" reparačních genů (MLH1, MSH2, MSH3, MLH3, PMS1, PMS2, MSH6 a EXO1). Metylace promotorů byla detekována v genech MLH1 a MLH3. Výsledky obou skupin pacientů byly shodné. Na závěr můžeme shrnout, že metylační profily promotorových oblastí genů MLH1 a MLH3 mohou být považovány za potenciální kandidáty epigenetických biomarkerů kolorektálního nádoru, případně i nádoru hlavy a krku. Domníváme se, že by měl být proveden další výzkum, který by potvrdil tuto představu.
|
host ::
RSS.