|
|
Vizualizace chemického prostoru
Škoda, Petr ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Novák, Jiří (oponent)
Explorace chemického prostoru je nedílná součást procesu vývoje nových lé- čiv a její význam roste s nárůstem výpočetní síly umožňující průzkum větší části prostoru. Jednou z možností explorace chemického prostoru je pak jeho vizuali- zace. V současné době je implementováno několik přístupů k vizualizaci, chybí však framework, který by se primárně soustředil na podporu snadného vývoje nových metod.V této práci jsme sestavili požadavky na takový framework a v souladu s nimi jej následně implementovali. Framework je modulární a umožňuje snadnou implementaci jednotlivých částí vizualizace. Součástí frameworku je ob- služná aplikace, která poskytuje grafické rozhraní pro práci s moduly a prezentaci výstupů vizualizace. Pro jednoduché využití aplikace i bez nutnosti implementace vlastních modulů bylo implementováno několik přístupů k vizualizaci chemického prostoru. Tyto pak byly použity pro otestování funkčnosti nad uměle připrave- nými i reálnými daty. 1
|
|
|
Explorace chemického prostoru za pomoci scaffold hoppingu
Mikeš, Marek ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Krivák, Radoslav (oponent)
Práce vychází ze SW projektu Molpher, který vznikl jako klient-server aplikace pro hledání cesty v chemickém prostoru mezi dvěmi vstupními molekulami. Cílem diplomové práce bylo rozšířit funkcionalitu o techniku scaffold hopping, kdy je molekula reprezentována zjednodušenou formou (scaffoldem). Bylo potřeba definovat několik úrovní granularity daných scaffoldů a pro každou úroveň morfovací operátory. Serverová část aplikace byla upravena, aby se neporušila silná paralelizace. Součástí práce je i experimentální ověření schopnosti nalezení cesty mezi dvojicí molekul s touto funkcionalitou a bez ní. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Hierarchical visualization of the chemical space
Velkoborský, Jakub ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Škoda, Petr (oponent)
Cílem této práce bylo navrhnout a implementovat metodu hierarchické vizualizace chemického prostoru. Vizualizace chemických struktur je obtížné nicméně významné téma zasahující do mnoha oborů, od materiálového inženýrství po vývoj léčiv. Zvláště ve výzkumu léčiv moderní metody testování s vysokou propustností generují velké množství dat, pro jejichž zpracování je vhodná hierarchická analýza. Jeden možný přístup k hierarchické klasifikaci molekul je strukturální analýza za pomoci molekulárních scaffoldů. Tyto scaffoldy jsou široce užívány v medicinální chemii pro seskupování molekul s podobnými vlastnostmi. Bylo navrženo několik přístupů hierarchické vizualizace založené na scaffoldech. Avšak pokud je nám známo, neexistuje žádný nástroj, který by nabízel hierarchickou scaffoldovou vizualizaci na pozadí známého chemického prostoru. Výsledkem této práce je právě takový nástroj. Nejprve byla navržena stromová hierarchie scaffoldů založená na uspořádání cyklů. Tato hierarchie byla použita k analýze četnosti scaffoldů získaných z molekul v databázi PubChem Compound. Následně byla data o četnosti využita jako pozadí pro vizualizaci datových sad molekul. Tato vizualizace je prováděna klient-server aplikací implementovanou jako součást této práce. Aplikace nabízí interaktivní zvětšovatelnou vizualizaci založenou na...
|
|
|
Explorace chemického prostoru za pomoci scaffold hoppingu
Mikeš, Marek ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Krivák, Radoslav (oponent)
Práce vychází ze SW projektu Molpher, který vznikl jako klient-server aplikace pro hledání cesty v chemickém prostoru mezi dvěmi vstupními molekulami. Cílem diplomové práce bylo rozšířit funkcionalitu o techniku scaffold hopping, kdy je molekula reprezentována zjednodušenou formou (scaffoldem). Bylo potřeba definovat několik úrovní granularity daných scaffoldů a pro každou úroveň morfovací operátory. Serverová část aplikace byla upravena, aby se neporušila silná paralelizace. Součástí práce je i experimentální ověření schopnosti nalezení cesty mezi dvojicí molekul s touto funkcionalitou a bez ní. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Vizualizace chemického prostoru
Škoda, Petr ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Novák, Jiří (oponent)
Explorace chemického prostoru je nedílná součást procesu vývoje nových lé- čiv a její význam roste s nárůstem výpočetní síly umožňující průzkum větší části prostoru. Jednou z možností explorace chemického prostoru je pak jeho vizuali- zace. V současné době je implementováno několik přístupů k vizualizaci, chybí však framework, který by se primárně soustředil na podporu snadného vývoje nových metod.V této práci jsme sestavili požadavky na takový framework a v souladu s nimi jej následně implementovali. Framework je modulární a umožňuje snadnou implementaci jednotlivých částí vizualizace. Součástí frameworku je ob- služná aplikace, která poskytuje grafické rozhraní pro práci s moduly a prezentaci výstupů vizualizace. Pro jednoduché využití aplikace i bez nutnosti implementace vlastních modulů bylo implementováno několik přístupů k vizualizaci chemického prostoru. Tyto pak byly použity pro otestování funkčnosti nad uměle připrave- nými i reálnými daty. 1
|
host ::
RSS.