|
|
Optimalizace spouštěcích konfigurací k-Wave úloh
Sasák, Tomáš ; Jaroš, Marta (oponent) ; Jaroš, Jiří (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá plánovaním, resp. správnym odhadom spúšťacích konfigurácií úloh k-Wave na superpočítačoch infraštruktúry IT4Innovations. Presnejšie pre klastre Salomon a Anselm. Úloha predstavuje množinu simulácií, kde každá simulácia je spúšťaná pod toolboxom k-Wave. Pre spustenie jednotlivých simulácií je nutné správne vytvoriť konfiguráciu, ktorá sa skladá z množstva zdrojov (počet výpočtových uzlov, resp. jadier) a času rezervácie superpočítača, čo je pre neskúseného zložité odhadnúť. Zvolený problém odhadu je riešený na základe empirických dát, ktoré boli získané viacnásobným spúšťaním rôznych množín simulácií na klastroch. Tieto dáta sú uložené a spracované aproximátormi, ktoré konkrétne vykonávajú odhad týchto parametrov na základe metód interpolácie a regresie. V práci je popísaný a bol implementovaný systém predstavujúci plánovač, ktorý predstavuje rozhranie pre odhad. Experimentovaním bolo zistené že pre tento špecifický problém najpresnejšie odhady vykonáva trojica Akima spline, PCHIP interpolácia a kubický spline. Výsledky tejto práce umožňujú vykonávať istý odhad exekučného času a počtu vlákien pre ľubovolné simulácie automaticky a bez znalosti kódu k-Wave.
|
|
|
Výstavba a programování clusteru o nízkém příkonu
Hradecký, Michal ; Nikl, Vojtěch (oponent) ; Jaroš, Jiří (vedoucí práce)
Projekt se zabývá výstavbou a programováním nízko-příkonového clusteru složeného z kitů Hardkernel Odroid XU4 založených na čipech ARM Cortex A15 a Cortex A7. Cílem bylo navrhnout jednoduchý cluster složený z několika kitů a vytvořit pro něj sadu testů, na nichž by šlo otestovat základní výkonnostní parametry a spotřebu. K testování byly použity zejména benchmarky HPL, Stream a různé testy pro rozhraní MPI. Celkový výkon clusteru složeného ze 4 kitů měřený v benchmarku HPL byl 23~GFLOP/s ve dvojité přesnosti, přičemž cluster vykazoval efektivitu výpočtu cca 0,58~GFLOP/W. Práce dále popisuje instalaci plánovače PBS Torque a frameworku pro kompilaci a správu HPC softwaru EasyBuild na 32bitové platformě ARM. Po srovnání se superpočítačem Anselm vyšlo, že Odroid cluster poskytuje přibližně stejnou efektivitu výpočtu jako velký superpočítač, ovšem za vyšší pořizovací cenu za srovnatelný výkon.
|
|
|
Physically Based Shading
Matěj, Šimon ; Lysek, Tomáš (oponent) ; Starka, Tomáš (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá zobrazováním materiálů v počítačové grafice, za použití metod, vychá- zejících z fyzikálních vlastností těchto materiálů. Jsou zde rozebrány fyzikální principy šíření světla a jeho interakce s objekty. Dále jsou popsané metody pro zobrazování, vycházející z těchto principů, a jejich vhodnost pro implementaci. Tyto metody jsou pak demonstrovány v aplikaci.
|
|
|
Physically Based Rendering
Herrgott, Jiří ; Pečiva, Jan (oponent) ; Starka, Tomáš (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se věnuje vykreslování 3D modelů v reálném čase, kde je kladen důraz na fyzikální vlastnosti simulovaných světelných paprsků. Práce pojednává o technikách, které se touto problematikou zabývají a následně jejich využití pro vykreslení fyzikálně aproximovaného modelu.
|
|
| |
|
|
Vliv změny iontové síly na vlastnosti kataniontových vezikul z HTMA-DS
Filipová, Lenka ; Klučáková, Martina (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je založena na zkoumání vlivu iontové síly na kataniontové vezikuly vytvořené z iontového amfifilního páru (IPA) ve formě HTMA-DS (hexadecyltrimethylamonium-dodecyl síran). Kataniontové vezikuly jsou stabilizované přídavkem kationtového tenzidu dioktadecyldimethylamonium chloridu neboli DODAC a cholesterolem. Iontová síla byla získána přídavkem solí CaCl2 a Na2SO4 v rozsahu 0–300 mM. Změny vlastností vlivem působení iontové síly byly sledovány pomocí metod dynamického a elektroforetického rozptylu světla (DLS a ELS), fluorescenční anizotropie, generalizované polarizace (GP), pH měření a vizuálního pozorování. Měření probíhalo za konstantní teploty, měnící se teploty, ihned po přídavku solí ke kataniontovým vezikulám a také probíhalo měření v čase. Diplomová práce navazuje na bakalářskou práci, ve které byl zkoumán vliv NaCl na stejný typ kataniontových vezikul a ve stejném rozsahu iontové síly. Výsledky vlivů CaCl2 a Na2SO4 byly následně porovnány vůči soli NaCl, a to ve spojitosti s Hofmeisterovou řadou. Pomocí DLS a ELS bylo zjištěno, že velikost vezikul s přídavky CaCl2 i Na2SO4 nejprve klesala a následně rostla, zatímco -potenciál exponenciálně klesal s rostoucí iontovou silou. Velikost vezikul v přítomnosti iontové síly rostla také v čase, zatímco hodnota -potenciálu byla v čase téměř neměnná. Přídavek obou těchto solí způsoboval mírnou dehydrataci vnější části membrány, což bylo zjištěno pomocí fluorescenční sondy Laurdan (6-dodekanoyl-2-dimethylaminnaftalen) a metody GP. Z fluorescenční anizotropie s využitím sondy DPH (1,6-difenyl-1,3,5-hexatrien) bylo zjištěno, že oba typy solí způsobovaly nárůst fluidity vnitřní části membrány. Pomocí obou fluorescenčních technik bylo potvrzeno, že rostoucí teplota způsobovala fázové přechody membrány z gelové fáze, přes fázi tekutou uspořádanou až do tekuté neuspořádané fáze. Hodnoty pH se vlivem přídavků použitých solí také příliš neměnily. Při porovnání vlivu solí CaCl2 a Na2SO4 vůči NaCl na kataniontové vezikuly bylo zjištěno, že ve většině případů mělo NaCl největší vliv na pozorované vlastnosti. NaCl totiž zapříčinilo největší nárůst velikosti vezikul, dosahovalo nejnižších hodnot -potenciálu, nejdříve vyvolávalo dehydrataci vnější části membrány a při I > 15 mM nejvíce navyšovalo fluiditu vnitřní části membrány. Tyto výsledky jsou v souladu s Hofmeisterovou řadou. Na základě vizuálního pozorování byly za prokazatelně nestabilní vzorky s iontovou silou od 150 mM pro CaCl2 a od 75 mM pro Na2SO4, což je v souladu s výsledky ELS. Zbylé vzorky nevykazovaly změny vzhledu v pozorovaném čase (28 dní). Byl také zkoumán vliv PBS pufru na kataniontové vezikuly, a to při stejných iontových silách. PBS pufr je iontové prostředí, který imituje prostředí živých organismů. Jeho vliv byl charakterizován pomocí stejných metod a za stejných podmínek. Z výsledků bylo zjištěno, že působení PBS na kataniontové vezikuly mělo většinou stejné chování pozorovaných vlastností. Při studiu tohoto vlivu bylo zjištěno, že vliv PBS na stanovované vlastnosti byl výraznější než u solí CaCl2, Na2SO4 nebo i NaCl. Vliv PBS se nejvíce přibližoval působení NaCl na kataniontové vezikuly.
|
|
|
Obsah a vazba stříbra v galenitu
Němec, Matěj ; Goliáš, Viktor (vedoucí práce) ; Zachariáš, Jiří (oponent)
Galenit se jako hlavní stříbronosná ruda vyskytuje téměř na všech Ag ložiscích. Obsahuje-li více než 0,5 hmot. % Ag, jedná se o galenit pevný roztok - PbS ss. Toto stříbro je v galenitu vázáno dvěma hlavními způsoby. Jako inkluze nebo izomorfní příměs. Kolem devadesáti procent Ag se v PbS vyskytuje v podobě inkluzí jež jsou až na vyjímky produktem retrográdního procesu chladnutí pevného roztoku. Jedná se o matildit (AgBiS2), miargyrit (AgSbS2), diaforit (PbAg3Sb3S8), freislebenit (AgPbSbS3), pyrargyrit (Ag3SbS3) aramayoit (Ag(Sb,Bi)S2), freibergit (Ag12Sb4S13), gustavit (AgPbBi3S6) etc. Menší část izomorfního Ag vstupuje do minerálu substitucí 2Ag+ = PbII+ . Rozpustnost Ag2S je však v běžných podmínkách depozice (200 - 300řC ) velmi malá. Množství takto inkorporovaného stříbra v galenitu je max. 0,4 mol. % při 615řC. Většina izomorfního stříbra ovšem vstupuje do galenitu heterovalentně substitucí Ag+ + Bi III+ /Sb III+ = 2 PbII+ . V tomto případě může být obsah Ag v PbS až 9 hmot. % při 350 - 400řC. V ložiskách, ve kterých neproběhla párová substituce Bi/Sb za Pb, je obsah stříbra v galenitu pouze velmi malý. Obsah stopových prvků Ag, Bi a Sb může mít také vliv na tvar krystalů PbS. Galenit bohatý Bi obvykle tvoří oktaedricky omezené krystaly. Galenit který obsahuje více Ag a Sb a pouze velmi malé množství...
|
|
|
Physically Based Rendering
Herrgott, Jiří ; Pečiva, Jan (oponent) ; Starka, Tomáš (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se věnuje vykreslování 3D modelů v reálném čase, kde je kladen důraz na fyzikální vlastnosti simulovaných světelných paprsků. Práce pojednává o technikách, které se touto problematikou zabývají a následně jejich využití pro vykreslení fyzikálně aproximovaného modelu.
|
|
|
Aplikace mesalazinu do peritoneální dutiny potkana
Hönigová, Kateřina
Cílem této diplomové práce bylo stanovení vlivu aplikace 5-aminosalicylové kyseliny (5-ASA, mesalazinu) do peritoneální dutiny na iniciaci a průběh zánětlivé reakce. Pro tyto účely byl jako modelové zvíře vybrán potkan, u kterého byl model intraperitoneální laváže aplikován. Peritoneální dutina potkana je snadno dostupná pro manipulaci a odráží funkce a reakce imunitního systému. Pro účely experimentu byli potkani rozděleni do 3 skupin, kdy u první skupiny byla hodnocena peritoneální dutina při fyziologickém stavu, bez předchozí aplikace látky. Druhé skupině potkanů bylo aplikováno PBS, vyhodnocení absolutních počtů buněk následovalo po 4 a po 24 hodinách za pomoci Bürkerovy komůrky a optické mikroskopie. U poslední skupiny byl aplikován mesalazin, jehož expozice byla u poloviny skupiny 4 hodiny a u druhé poloviny 24 hodin. Po těchto časových intervalech následovalo vyhodnocení absolutního počtu buněk. Pro stanovení diferenciálních počtů buněk u všech vzorků byla skla s nátěry obarvena a vyhodnocena. Největší statisticky významný rozdíl byl vyhodnocen u populace neutrofilů, kdy z 0-5% zastoupení neutrofilů u intaktní dutiny a dutiny po aplikaci PBS toto zastoupení vzrostlo až na 35 %. Populace lymfocytů byla mezi všemi experimentálními skupinami relativně stálá, zastoupení makrofágů bylo statisticky významně nižší u skupin po aplikaci mesalazinu. Z těchto výsledků je patrné, že aplikace PBS jako inertní látky nevyvolala tak bouřlivou reakci, co se týče influxu neutrofilů, jako v případě aplikace 5-ASA.
|
|
|
Optimalizace spouštěcích konfigurací k-Wave úloh
Sasák, Tomáš ; Jaroš, Marta (oponent) ; Jaroš, Jiří (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá plánovaním, resp. správnym odhadom spúšťacích konfigurácií úloh k-Wave na superpočítačoch infraštruktúry IT4Innovations. Presnejšie pre klastre Salomon a Anselm. Úloha predstavuje množinu simulácií, kde každá simulácia je spúšťaná pod toolboxom k-Wave. Pre spustenie jednotlivých simulácií je nutné správne vytvoriť konfiguráciu, ktorá sa skladá z množstva zdrojov (počet výpočtových uzlov, resp. jadier) a času rezervácie superpočítača, čo je pre neskúseného zložité odhadnúť. Zvolený problém odhadu je riešený na základe empirických dát, ktoré boli získané viacnásobným spúšťaním rôznych množín simulácií na klastroch. Tieto dáta sú uložené a spracované aproximátormi, ktoré konkrétne vykonávajú odhad týchto parametrov na základe metód interpolácie a regresie. V práci je popísaný a bol implementovaný systém predstavujúci plánovač, ktorý predstavuje rozhranie pre odhad. Experimentovaním bolo zistené že pre tento špecifický problém najpresnejšie odhady vykonáva trojica Akima spline, PCHIP interpolácia a kubický spline. Výsledky tejto práce umožňujú vykonávať istý odhad exekučného času a počtu vlákien pre ľubovolné simulácie automaticky a bez znalosti kódu k-Wave.
|
host ::
RSS.