|
|
Optimalizace metody izotermální amplifikace zprostředkované smyčkou pro testování infekce způsobené bakterií Haemophilus influenzae
Zadáková, Kateřina ; Jeřábek, Petr (vedoucí práce) ; Svášková, Dagmar (oponent)
Haemophilus infuenzae je gramnegativní, tyčinkovitý a převážně lidský patogen. Infekce způsobená tímto mikroorganismem je nebezpečná především pro děti do pěti let, u kterých způsobuje hlavně pneumonii a meningitidu. Ačkoliv je proti jeho nejnebezpečnějšímu typu b dostupné očkování, působí především v rozvojových zemích stále potíže. Díky tamější nízké proočkovanosti se navíc šíří kmeny, které jsou více rezistentní vůči antibiotikům, jež se pro léčbu infekce využívají. Přístrojová náročnost pro současné možnosti detekce infekce bakterií H. influenzae (např. polymerázová řetězová reakce) způsobuje, že v ekonomicky chudších částech světa je spolehlivá detekce problémem. Možnou levnou a spolehlivou metodou by se mohla stát izotermální amplifikace DNA pomocí smyčky. Předmětem této bakalářské práce tak bylo navržení sad "primerů" a jejich aplikace při LAMP reakci. Navržené "primery" cílily na gen ompP6, kterýjiž v některýchstudiíchbyl cílem LAMP reakce a je také častým cílem při detekci metodou PCR. V rámci optimalizace byly zkoušeny rozdílné objemy reakční směsi a více možností detekce produktů LAMP reakce - kolorimetrická detekce pomocí acidobazického indikátoru a fluorescenční detekce pomocí různých barviv sledována v reálném čase. Klíčová slova: Haemophilus influenzae, izotermální amplifikace...
|
|
|
Detekce fytopatogenní karanténní bakterie \kur{Erwinia amylovora} metodou LAMP
KLOJDA, Martin
Erwinia amylovora je fytopatogenní bakterií způsobující spálu růžovitých rostlin. Jedná se o závažné onemocnění ovocných stromů, které ohrožuje okolo 200 druhů rostlin z čeledi Rosaceae (růžovité). Na tuto bakterii se vztahují přísná karanténní opatření. V současnosti je tento patogen rozšířen po celé Evropě, Blízkém východě, Středomoří, Novém Zélandu, ve Spojených státech a mnoha dalších oblastech. Mezi symptomy onemocnění patří spála listů, korové nekrózy, sekrece bakteriálního slizu z plodů a dalších napadených míst, vodnatění plodů. K rychlému šíření bakteriálních buněk přispívá opylující hmyz s jehož pomocí patogen infikuje květy a posléze další části rostliny. Proti tomuto patogenu není na území evropského kontinentu jiné ochrany, než šlechtění na rezistenci, karanténní opatření a využití antagonistických bakterií. Z toho plyne, že časné rozpoznání příznaků je klíčové v zabránění větších škod. Pro diagnostické účely bylo vyvinuto mnoho technik od kultivačních metod, až po sérologické a molekulárně genetické metody. V této práci přináším popis některých z těchto metod se zaměřením na techniku LAMP (loop-mediated isothermal amplification), která je nejen díky jejímu průběhu za izotermických podmínek velice rychlá, citlivá a také levnější oproti jiným metodám. Jelikož je Erwinia amylovora patogenem, který se rychle šíří, zdá se být LAMP velmi slibným diagnostickým nástrojem.
|
host ::
RSS.