|
|
SNP polymorphisms of Y chromosome in the population of african fulani people
Bučková, Jana ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Šimková, Halina (oponent)
Markery nerekombinujúcej časti chromozómu Y predstavujú vhodný nástroj na štúdium diverzity jednotlivých populácií. Najbežnejšími polymorfizmami ľudského genómu sú SNPs. Mutačná rýchlosť SNPs je pomerne malá a preto majú svoje využitie ako genetické markery v evolučných a populačných štúdiách. V rámci tejto práce sme analyzovali 205 nepríbuzných mužských vzoriek DNA z 11 subsaharských fulbských subpopulácií z 5 štátov Afrického Sahelu. Fulbovia sú etnickou skupinou, ktorá je rozšírená vo viacerých štátoch, hlavne západnej Afriky. Naše vzorky pochádzajú z oblasti Tindangou, Banfora (Burkina Faso), Bongor, Linia (Čad), Diafarabé (Mali), Tcheboua (Kamerun), Balatungur, Diffa, Zinder, Ader a Abalak (Niger). Vyžitím kitu Signet Y-SNP Identification Systems a prístroja Luminex s LabMAP Luminex technológiou sme detegovali jednotlivé SNPs chromozómu Y. LabMAP Luminexová technológia je univerzálna čipová platforma, ktorá ako sondy využíva fluorescenčne značené polystyrénové mikrosféry. Zaznamenali sme výskyt 12 rôznych haploskupín. Do typický africkej haploskupiny E, ktorá je definovaná prítomnosťou odvodenej alely v polymorfizme M96 patrí 89,3% jedincov. U 7,8% z celkového počtu jedincov sme detegovali haploskupinu R, ktorá je charakteristická pre eurázijskú populáciu. Na vytváraní genofondu populácie...
|
|
|
Populační struktura afrických populací hodnocená pomocí Alu inzercí.
Fajkošová, Zuzana ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Frynta, Daniel (oponent)
Populačně-genetická studie byla provedena na 188 nepříbuzných jedincích z 5 sahelských populací. Pomocí 16 polymorfních Alu inzercí byl studován vztah pasteveckých Fulbů k usedlým populacím různého jazykového pozadí a různého geografického původu. Tato bialelická multilokusová data byla vhodná i k aplikaci bayesiánského klastrovacího přístupu. Byla zjištěna divergence Fulbů od usedlých populací západoafrického sahelu (Kassenů a Mossiů) a podobnost s východoafrickými Somálci. V kontextu dosud získaných genetických dat je možné interpretovat tyto výsledky jako možný doklad saharského původu fulbské diaspory, k níž došlo v souvislosti s vysycháním Sahary před 6 000 lety. Po původní migraci této pastevecké populace do západní Afriky muselo ovšem docházet k integraci převážně žen (genovému toku mtDNA) z lokálních zdrojů. Songhajská populace vykazovala na rozdíl od fulbské signál recentního míšení, které odpovídá jazykovým a historickým závěrům. KLÍČOVÁ SLOVA Alu inzerce, Fulbové, populační genetika, sahel
|
|
|
Populace afrického sahelu pohledem fylogeografie euroasijských mtDNA haploskupin
Kulichová, Iva ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent)
Tato diplomová práce zkoumá dvě mtDNA haploskupiny eurasijského původu, jež se vyskytují v převážné míře u Fulbů, pastevců afrického sahelu. Na prvotní analýzu bylo využito 544 vzorků nepříbuzných fulbských jedinců. Tyto vzorky byly klasifikovány na základě hypervariabilního segmentu I (HVS-I) mtDNA do haploskupin a následně byly pro celogenomové sekvenování mtDNA vybrány konkrétní eurasijské haplotypy. Obdržené mito- genomy byly zařazeny do fylogenetických stromů a datovány. Ukázalo se, že patří do haploskupin U5b1b1b a H1ca1a s pravděpodobným původem na Pyrenejském poloostrově, zřejmě ve frankokantaberském refugiu, kde vznikli jejich předkové v pozdním glaciálu až v první polovině holocénu. Ti následně migrovali přes Gibraltarskou úžinu do severní Afriky a na Saharu, kde se utvářela proto-fulbská pastevecká populace. Lze také předpokládat, že jedna její část přišla do Afriky z Blízkého východu společně s hovězím dobytkem. V druhé polovině holocénu migrovala tato pastevecká populace z vysychající Sahary do sahelu. Patrně kvůli malému počtu migrujících žen byly do ní přijaty i ženy z lokálních subsaharských populací, což vysvětluje majoritní zastoupení západoafrických mtDNA haploskupin u dnešních Fulbů. Haploskupiny U5b1b1b a H1ca1a ale již zůstaly izolovány v jejich populaci.
|
|
|
Populační struktura afrických populací hodnocená pomocí Alu inzercí.
Fajkošová, Zuzana ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Frynta, Daniel (oponent)
Populačně-genetická studie byla provedena na 188 nepříbuzných jedincích z 5 sahelských populací. Pomocí 16 polymorfních Alu inzercí byl studován vztah pasteveckých Fulbů k usedlým populacím různého jazykového pozadí a různého geografického původu. Tato bialelická multilokusová data byla vhodná i k aplikaci bayesiánského klastrovacího přístupu. Byla zjištěna divergence Fulbů od usedlých populací západoafrického sahelu (Kassenů a Mossiů) a podobnost s východoafrickými Somálci. V kontextu dosud získaných genetických dat je možné interpretovat tyto výsledky jako možný doklad saharského původu fulbské diaspory, k níž došlo v souvislosti s vysycháním Sahary před 6 000 lety. Po původní migraci této pastevecké populace do západní Afriky muselo ovšem docházet k integraci převážně žen (genovému toku mtDNA) z lokálních zdrojů. Songhajská populace vykazovala na rozdíl od fulbské signál recentního míšení, které odpovídá jazykovým a historickým závěrům. KLÍČOVÁ SLOVA Alu inzerce, Fulbové, populační genetika, sahel
|
|
|
SNP polymorphisms of Y chromosome in the population of african fulani people
Bučková, Jana ; Šimková, Halina (oponent) ; Černý, Viktor (vedoucí práce)
Markery nerekombinujúcej časti chromozómu Y predstavujú vhodný nástroj na štúdium diverzity jednotlivých populácií. Najbežnejšími polymorfizmami ľudského genómu sú SNPs. Mutačná rýchlosť SNPs je pomerne malá a preto majú svoje využitie ako genetické markery v evolučných a populačných štúdiách. V rámci tejto práce sme analyzovali 205 nepríbuzných mužských vzoriek DNA z 11 subsaharských fulbských subpopulácií z 5 štátov Afrického Sahelu. Fulbovia sú etnickou skupinou, ktorá je rozšírená vo viacerých štátoch, hlavne západnej Afriky. Naše vzorky pochádzajú z oblasti Tindangou, Banfora (Burkina Faso), Bongor, Linia (Čad), Diafarabé (Mali), Tcheboua (Kamerun), Balatungur, Diffa, Zinder, Ader a Abalak (Niger). Vyžitím kitu Signet Y-SNP Identification Systems a prístroja Luminex s LabMAP Luminex technológiou sme detegovali jednotlivé SNPs chromozómu Y. LabMAP Luminexová technológia je univerzálna čipová platforma, ktorá ako sondy využíva fluorescenčne značené polystyrénové mikrosféry. Zaznamenali sme výskyt 12 rôznych haploskupín. Do typický africkej haploskupiny E, ktorá je definovaná prítomnosťou odvodenej alely v polymorfizme M96 patrí 89,3% jedincov. U 7,8% z celkového počtu jedincov sme detegovali haploskupinu R, ktorá je charakteristická pre eurázijskú populáciu. Na vytváraní genofondu populácie...
|
host ::
RSS.