|
|
Interpretace dat z biočipů
Ludwig, Petr ; Šilhavá, Jana (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá interpretací dat získaných pomocí technologie biočipů. Práce obsahuje také krátký úvod do problematiky genetické informace a jejího významu. Jádrem práce je pak sada skriptů provádějící analýzy nad testovacími daty. Jako vstupní data jsou použity výstupy biočipové analýzy tkání s rakovinou tlustého střeva. Dílčí výsledek je určení genových markerů rakoviny tlustého střeva. Finální výsledek určuje postavení markerů v kontextu objevených signálních drah, ty jsou nakonec seřazeny dle relevance.
|
|
|
Aplikace pro zarovnávání částí DNA
Kašpárek, Tomáš ; Žák, Jakub (oponent) ; Rozman, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá metodami zarovnání sekvenci DNA se zaměřením na rychlost prováděného úkonu a jeho optimálnost. Výsledkem práce je několik programů, které předvádějí zarovnávací algoritmy a jejich verze programované za použití knihoven OpenCL, které jsou optimalizované na rychlost výpočtu. Text této práce seznamuje čtenáře s problematikou zarovnání DNA a jejím významem v biologii. Dále jsou zde prezentovány algoritmy pro zarovnání DNA a možnosti jejich paralelizace za použití knihoven pro paralelní zpracování dat jako jsou CUDA či OpenCL.
|
|
|
Optimalizace algoritmů pro vyhledávání triplexů v DNA
Hon, Jiří ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Současné studie naznačují, že triplexy hrají důležitou roli v mechanismech regulace transkripce, rekombinace DNA a mutageneze a mají proto velký význam pro biologii, biotechnologii a medicínu. Tato bakalářská práce optimalizuje nedávno publikovaný algoritmus pro vyhledávání potenciálních intramolekulárních triplexů na třech úrovních návrhu: uživatelské rozhraní, využití paměti a výpočetní náročnost. V úrovni uživatelského rozhraní byl algoritmus rozšířen o existující vizualizační funkce a transformován do podoby balíčku pro prostředí R/Bioconductor. Optimalizací využití paměti a cache procesoru v kombinaci s redukcí výpočtu na základě analýzy jeho stavu bylo dosaženo více než trojnásobného zrychlení oproti původní implementaci.
|
|
|
Výpočet atributů pro předpověď důsledku mutace na funkci proteinu
Matějíček, Jiří ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Jaša, Petr (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se pohybuje v oblasti bioinformatiky a zabývá se problematikou získávání atributů proteinů užitečných pro předpověď vlivu mutace na jejich funkci. Práce má především za cíl vytvořit uživatelsky přívětivou aplikaci, která pomocí specializovaných algoritmů jako je FoldX umožní snadno získat atributy mutací ze sekvence a struktury proteinů. Vyvinutá aplikace poskytuje standardizované rozhraní, které umožňuje rozšiřovat sadu výpočetních metod a získat tak rozmanité sady atributů z různých zdrojů. Tyto sady pak mohou být vstupem predikčních metod a mohou tak přispět ke zlepšení predikce škodlivosti mutace.
|
|
|
Bioinformatika lidského genomu
Kupková, Karolína ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá úseky DNA obsahujícími pouze adenin a guanin. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a o konformacích řetězců obsahujících adenin s guaninem. Praktickou část tvoří program, který vyhledá požadované úseky v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných pro člověka a šimpanze, které byly zkoumány pro stanovení náhodnosti, funkčnosti a konzervovanosti těchto úseků.
|
|
|
Diagnostika genomem podmíněných onemocnění za využití mikro a nanočástic
Mondeková, Věra ; Prášek, Jan (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Bakalářská práce pojednává o možnostech detekce virového genomu prostřednictvím biosenzorů, konkrétně pomocí magnetických částic. Úvodní část je tvořena stručnou charakteristikou virů, jakožto původců genomem podmíněných onemocnění, na kterou dále navazují kapitoly o vybraných metodách extrakce a analýz nukleových kyselin. Největší část je věnována magnetickým částicím. Praktická část se zabývá možností detekce specifické sekvence virulentního patogenu pomocí biosenzoru, výběrem biokompatibilních molekul vhodných k modifikaci magnetických částic a popisu postupu izolace specifické sekvence DNA pomocí magnetických částic.
|
|
|
Měření konformačních vlastností nukleových kyselin
Hrazdilová, Ivana ; Renčiuk,, Daniel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá charakteristikou nejvýznamějších konformací nukleových kyselin. Kromě klasické B-DNA šroubovice popisuje i alternativní konformace A-DNA, Z-DNA, triplexu, nebo také guaninového, či cytozinového kvadruplexu. Dále je zde uveden přehled nejrozšířenějších metod používaných pro určení konkrétní konformace. Mezi metody uvedené v práci patří nukleární magnetická rezonance (NMR), metoda cirkulárního dichroismu (CD), rentgenová krystalografie, výpočetní metody, absorpční spektrofotometrie a její využití při analýze křivek tání. V prostředí MATLAB byl vytvořen algoritmus s grafickým uživatelským rozhraním pro analýzu křivek tání, který uživateli poskytuje termodynamické parametry, jako je mezní teplota a entalpie, určující stabilitu zkoumaného vzorku.
|
|
|
Číslicové zpracování elektroforetogramů
Ondroušek, Lukáš ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Cílem této práce je seznámení s elektroforetickými metodami a jejich využitím, popis několika základních filtračních metod, které jsou vhodné pro zpracování elektroforetogramů. A následné využítí v programu, který je vytvořen v grafickém prostředí programu Matlab, a zpracovává elektroforetogramy. Funkčnost programu bude vyzkoušena na Sangerových obrázcích.
|
|
|
Účinky ultrazvuku na biologické materiály
Peprníčková, Anna ; PhD, Vladan Bernard, (oponent) ; Vlk,, Daniel (vedoucí práce)
V této bakalářské práci se zabývám studiem účinků ultrazvuku na biologické materiály. V teoretické části je zpracována literární rešerše o účincích ultrazvuku na biomakromolekuly a to deoxyribonukelové kyseliny (DNA), bílkoviny (BSA) a na bakteriální buňky. Účinky ultrazvuku byly zkoumány prakticky na geneticky upravených luminiscenčních bakteriích Escherichia coli. Ty byly ozvučovány při různých frekvencích po stejnou dobu a poté byla měřena jejich životaschopnost pomocí luminometru. Výsledky u každé frekvence byly poté porovnávány.
|
|
|
Komprese DNA sekvencí
Friedrich, Tomáš ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Vzrůstající objem biologických dat vyžaduje hledání nových způsobů uložení těchto dat v genetických bankách. Cílem této práce je navržení a implementace nového algoritmu pro kompresi DNA sekvencí, který je založen na porovnání DNA sekvencí s referenčním modelem a následném uložení rozdílů oproti danému referenčnímu modelu. Práce obsahuje základní znalosti z molekulární biologie potřebné k pochopení principu algoritmu. Dále vysvětluje problematiku zarovnávání a uvádí některé kompresní algoritmy vhodné pro uložení rozdílů oproti referenčnímu modelu. Práce pokračuje popisem implementace algoritmu, která je následována odvozením časové složitosti a porovnáním s již existujícími přístupy. Na závěr je diskutována možnost dalšího pokračování projektu.
|
host ::
RSS.