|
|
Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů
Plaga, Michal ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem práce je otestování a porovnání offline nástrojů pro predikci struktury proteinů, a následné vytvoření metaprediktoru, který uživateli umožní vybrat vhodný nástroj, podle nastavených parametrů. Testování nástrojů probíhá na základě sady dat proteinů, která vychází z~databáze SCOP a snaží se být co nejvíce vyvážená aby obsahovala proteiny z~různých rodin a mohla tak co nejlépe ohodnotit jednotlivé nástroje. Výsledkem práce je zjištění požadavků na metaprediktor, jaká data a nastavení musí zpracovávat a umožňovat a jakým způsobem bude implementován.
|
|
|
Role adheze plazmatické membrány k buněčné stěně ve vývoji a funkci kořenového systému
Králíková, Dagmar ; Tylová, Edita (vedoucí práce) ; Schwarzerová, Kateřina (oponent)
Adheze mezi plasmatickou membránou a buněčnou stěnou a existence kontinua těchto dvou kompartmentů je důležitá pro přenos signálů, například při napadení patogenem, během expanze buněk a růstu buněčné stěny, či reakce na podmínky okolního prostředí. Tuto adhezi zajišťuje kromě turgoru i fyzické propojení obou kompartmentů. Jeden z nejznámějších příkladů fyzického propojení najdeme v kořenovém systému, v oblasti Casparyho proužku, kde je potřebné pro udržení apoplastické bariéry kořene, a to i za nepříznivých podmínek a následné plazmolýzy. O fyzickém propojení a účastnících se makromolekulách se toho do dnešní doby ví málo, jsou ale vytipováni kandidáti, kteří by se této interakce mohli účastnit. Tato diplomová práce se zabývá arabinogalaktanovými (AGP) proteiny s fasciclin-like doménou (konkrétně FLA9 a FLA2). Tyto proteiny by mohly hrát roli v adhesi plasmatické membrány a buněčné stěny a zároveň být zapojeny v regulaci růstu a vývoje kořenového systému, vzhledem k jejich relativně silné expresi v kořenech, především v elongační zóně a v primární kůře, včetně endodermis (dle čipových dat). Dále se práce v menší míře věnuje i integrin-like proteinu At14A. Nejzajímavějším výsledkem provedených experimentů je zjištění, že mutantní rostlina se sníženou expresí FLA9 genu má zhoršený růst kořenového...
|
|
|
Interakce plasmatické membrány s buněčnou stěnou - adheze a signalizace
Králíková, Dagmar ; Tylová, Edita (vedoucí práce) ; Krtková, Jana (oponent)
Interakce plazmatické membrány s buněčnou stěnou je zásadní pro správné fungování buňky, jelikož ovlivňuje např. růst buňky, vodní provoz nebo průnik patogenů a zajišťuje ochranu před vnějšími vlivy. Tato interakce může mít podobu výměny signálů nebo transportu komponent a její podmínkou je kontakt mezi oběma strukturami. Ten je zajištěn nejenom působením turgoru, ale i jejich přímým propojením. Již dlouho jsou známy experimentální důkazy, které ukazují, že k tomuto propojení skutečně dochází - jedná se např. o Hechtovy provazce, které jsou viditelné u plazmolyzované buňky. Dalším příkladem je pásková plazmolýza u buněk s Casparyho proužky u endodermis a exodermis, kde v místě proužku zůstává plazmalema stále připojena, a to z toho důvodu, aby ani při plazmolýze nebyla narušena ochranná apoplastická bariéra v kořeni. Po anatomické stránce jsou tyto fenomény poměrně dlouho zkoumány, ale na molekulární úrovni zatím nebyly experimentálně potvrzeny konkrétní proteiny zapříčiňujících tuto interakci. Cílem bakalářské práce je proto shrnout recentní poznatky o mechanismech zajišťující fyzické propojení (adhezi) mezi plazmalemou a buněčnou stěnou v rostlinné buňce. Mezi kandidátní proteiny, které by mohly toto propojení zajišťovat, řadíme např. proteiny s RGD motivem, WAK (wall-associated) kinázy a také...
|
|
|
Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů
Plaga, Michal ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem práce je otestování a porovnání offline nástrojů pro predikci struktury proteinů, a následné vytvoření metaprediktoru, který uživateli umožní vybrat vhodný nástroj, podle nastavených parametrů. Testování nástrojů probíhá na základě sady dat proteinů, která vychází z~databáze SCOP a snaží se být co nejvíce vyvážená aby obsahovala proteiny z~různých rodin a mohla tak co nejlépe ohodnotit jednotlivé nástroje. Výsledkem práce je zjištění požadavků na metaprediktor, jaká data a nastavení musí zpracovávat a umožňovat a jakým způsobem bude implementován.
|
host ::
RSS.