|
| |
|
|
Vliv nádorového mikroprostředí, buněčné a humorální imunity na patogenezi nádorových onemocnění.
Špaček, Jan ; Závadová, Eva (vedoucí práce) ; Petráková, Katarína (oponent) ; Kopečková, Kateřina (oponent)
Onkologická onemocnění jsou druhou nejčastější příčinou úmrtí v České republice. Na předních příčkách příčiny úmrtí stojí karcinom prsu a kolorektální karcinom. Jednou ze základních oblastí současného klinického výzkumu v onkologii, který má za cíl optimalizovat rozhodování o dalším terapeutickém postupu u konkrétního nemocného, je studium prognostických biomarkerů. Imunitní reakce a procesy v nádorovém mikroprostředí podle posledních poznatků do značné míry ovlivňují biologickou povahu nádoru ve smyslu jeho agresivity a schopnosti metastazovat v organismu hostitele. Existují určité nádory, které mají schopnost indukovat silnou imunitní reakci a jiné naproti tomu nikoli. Ukazuje se, že schopnost navodit protinádorovou buněčnou reakci a atrahovat specifické subpopulace T lymfocytů přímo do nádorové tkáně je velmi úzce spojena s prognózou onkologických pacientů. Existují důkazy o vzájemném vztahu přítomnosti tumor infiltrujících lymfocytů v nádorové tkáni a délkou přežití onkologického pacienta, tedy mírou agresivity primárního tumoru. Stratifikace pacientů s onkologickým onemocněním na základě imunoprediktorů jak v séru, tak přímo v nádorovém mikroprostředí umožňuje identifikovat vhodné kandidáty pro moderní protinádorovou imunoterapii, která je již v současnosti standardní terapeutickou modalitou....
|
|
|
Generování realistických snímků obloh
Špaček, Jan ; Wilkie, Alexander (vedoucí práce) ; Pilát, Martin (oponent)
Generování realistických snímků obloh Naším cílem je generovat realistické obrázky oblohy s oblačností pomocí generativních kompetitivních sítí (GAN). Zkoumáme dvě architektury GANů, ProGAN a StyleGAN, a zjišťujeme, že StyleGAN dosahuje významně lepších výsledků. Pro generování obrázků ve velmi vysokém rozlišení, které nemůže být efektivně zpracováno soudobými architekturami GANů, navrhujeme novou architekturu SuperGAN. 1
|
|
|
Utilization of Catalytic Hydrogen Evolution in Electrochemical Analysis of Nucleic Acids
Fojta, Miroslav ; Daňhel, Aleš ; Špaček, Jan ; Havran, Luděk ; Šebest, Peter ; Orság, Petr ; Pivoňková, Hana ; Vosáhlová, J. ; Schwarzová-Pecková, K.
Catalysis of hydrogen evolution (CHE) at mercury in the presence of proteins was discoverd shortly after the introduction of polarography. In contrast, unmodified nucleic acids have not been reported to produce distinct signals due to the CHE to date. Chemically modified nucleic acids bearing certain extrinsic groups produce analytically useful signals due to hydrogen evloution catalyzed by the respective modifications. These species include (a) transition metal complexes, and (b) non-metal catalytically active organic moieties. In addition, the CHE has been reported to be invoved in guanine reduction process at the mercury-based electrodes.
|
|
| |
|
|
P36 VOLTAMETRIC DETECTION OF DNA DELETION ON PENCIL ELECTRODE
Haroniková, Lucia ; Špaček, Jan ; Fojta, Miroslav
In this work, we present a new qualitative approach of detection of PCR products using electrochemistry on pencil electrodes. PCR products with an incorporated biotin-labeled dNTP (dCTP in this study) are detected via conjugated streptavidinealkaline phospatase. 1-Naphthyl phosphate (1-NP), which is dephosphorylated by alkaline phosphatase to release 1-naphthol, was used as a substrate in electrochemical detection of the PCR product. Voltammetric measurement on disposable pencil electrode is a very cheap and easy to use method. The system was optimized for plasmid DNA PCR product with potential to detect human genome DNA products and possible application in gene deletion monitoring.
|
|
| |
|
|
Possibility of Using Purine Oxidation Signals for DNA Sequence Analysis
Špaček, Jan ; Cahová, Kateřina ; Havran, Luděk ; Fojta, Miroslav
Signals provided by electrochemical oxidation of single stranding DNA on the surface of pyrolytic graphite electrode, which correspond to the oxidation of adenine and guanine (A and G) are known for over forty years. The mechanism of oxidation of free A and G as well as nucleoside mono-, and triphosphates of these bases is know but the mechanism of oxidation of purines in the DNA still remains unexplained. Ratiometry of A and G signals could be a new tool for DNA sequence analysis, if signals of A and G oxidation obtained from single-stranded DNA adsorbed at the electrode surface are proportional to the number of oxidized As and Gs in studied samples. Our preliminary results suggest that there is a correlation, yet we encountered problems, which yet has to be addressed and explained before this method could be applied for DNA analysis.
|
|
|
Examples of Using of Electrochemical Detection at Pencil Graphite Electrode with Enzymatic Labeling for Analysis of Nucleotide Sequence
Plucnara, Medard ; Haroniková, Lucia ; Špaček, Jan ; Havran, Luděk ; Horáková, Petra ; Pivoňková, Hana ; Ecsin, E. ; Erdem, A. ; Fojta, Miroslav
Many examples of utilization of enzymatic labeling for DNA sequence analysis has been described in literature so far. Some of them involve hybridization with complementary biotinylated probe, while others use incorporation of biotinylated nucleotides into DNA strand by DNA polymerases. Common approach is then binding of streptavidine-enzyme conjugates to biotin tags and incubation with substrate, which is converted to detectable product. Here, two recent applications using this principle are described for the detection of PCR amplicons and for SNP typing. Both techniques are combined with detection at pencil graphite electrodes.
|
|
| |
host ::
RSS.