|
| |
|
|
Analýza bakteriálních izolátů a DNA ze společenstva ze čtyř různých sukcesních ploch na území po těžbě hnědého uhlí
Chroňáková, Alica ; Halbritter, A. ; Krištůfek, Václav ; Biró, B.
Byla studována mikrobiální společenstva 4 rozdílných stadií (iniciální [0 let po navršení výsypkového materiálu], rané [10], střední [20] a pokročilé [42]) v procesu primární sukcese. Tato společenstva byla charakterizována genotypickými metodami: ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) a box-PCR - genomický fingerprint s použitím specifického primeru pro repetitivní box A - element. Metoda box-PCR byla vybrána pro porovnání metodických přístupů analýzy heterotrofního bakteriálního společenstva. ARDRA profily eubakteriálního společenstva byly příliš komplexní a neukázaly žádné rozdíly mezi jednotlivými společenstvy eubakterií na odlišných sukcesních plochách. Společenstvo aktinomycet bylo studováno použitím dvou sad primerů: aktinomycety 1. (243F-1378R, Heuer et al. 1997) a aktinomycety 2. (243F-1401R, Monciardini et al. 2002).Fingerprinty získané použitím dvou specifických sad primerů pro aktinomycety ukázaly rozdíl mezi společenstvem aktinomycet na raném a středním stadiu v procesu primární sukcese. Výsledky z analýzy box-PCR jsou nyní v procesu zpracování a budou publikovány později
|
|
|
Charakteristika různorodých půd a sedimentů užitím specifických aktinomycetových r-DNA PCR primerů
Hill, P. ; Krištůfek, Václav ; Caballero, S. ; Kroetsch, D. J. ; Rauch, Ota
Většina molekulárně biologických studií půd charakterizuje půdy nebo sedimenty větší škálou přístupů. Není snadné porovnat výsledky mezi studiemi, neboť se používají různé metody DNA extrakce a PCR podmínek. Vysoká diverzita půdního bakteriálního společenstva způsobuje nemožnost charakterizovat velké množství půdních vzorků klonováním a sekvenováním a fingerprinty jsou často nečitelné a těžko interpretovatelné. Porovnali jsme širokou škálu půd a zoo/antropogenních sedimentů použitím specifických aktinomycetových primerů. ARDRA a klonování ukázaly, že tyto primery amplifikovaly hlavně verrucomicrobia z půd odebraných v tropických, mírných a subartických oblastí a aktinomycety z biologicky aktivních a městských sedimentů. Nalezli jsme dvě nové skupiny, které byly široce zastoupené v kyselé a sub-arktické půdě: novou čeleď aktinomycetů a kandidáta AD-3 divize
|
|
| |
|
| |
|
|
Růstová charakteristika a skladba funkčních skupin půdního mikrobiálního společenstva
Černá, B. ; Elhottová, Dana ; Šantrůčková, Hana
Spotřeba kyslíku byla použita pro měření růstových parametrů funkčních skupin ve dvou půdách s různou texturou inkubovaných s přídavkem tří médií lišících se typem C- a N-substrátu. Analýza fosfolipidických mastných kyselin (PLFA) byla použita k určení rozdílů ve složení a struktuře mikrobiálních společenstev sledovaných půdních vzorků. Růstové parametry i PLFA složení společenstev se lišily v závislosti na typu média. Přídavek jednoduchého i komplexního C-N-zdroje způsobil pokles zastoupení aktinomycétů ve prospěch rozvoje mikromycétů. Zastoupení Gram-negativních bakterií se zvyšovalo po přídavku glukózy.
|
|
|
Analýza mastných kyselin pro charakteristiku půdního mikrobiálního společenstva v procesu primární sukcese v místech po ukončení těžby
Elhottová, Dana
Tato studie shrnuje různé přístupy založené na analýzách mastných kyselin při sledování kvalitativních změn mikrobiálního společenstva během primární sukcese na místě po ukončení těžby hnědého uhlí (0-42 let). Bylo ukázáno hodnocení různých hladin společenstva: (i) Neporušené společenstvo s použitím kompletního profilu fosfolipidických mastných kyselin (PLFA); (ii) Zastoupení funkčních skupin s využitím specifických PLFA biomarkerů; (iii) Charakteristika kultivovatelné části společenstva; (iv) Identifikace izolovaných kultur na základě celulárních methylesterů mastných kyselin (MIS Sherlock System).
|
|
|
Metodické aspekty studia biodiverzity v půdě
Šimek, Miloslav ; Krištůfek, Václav
Půda má mnoho ekologických a s lidskými aktivitami souvisejících funkcí, které mohou být naplněny pouze díky přítomnosti organismů v půdě. Diverzita půdních organismů je často vztahována k jiným významným půdním atributům, jako jsou úrodnost, produktivita, resilience, kvalita a zdraví půdy, a také degradace půdy. Práce představuje koncepci půdní biodiverzity a tradiční i moderní metodické přístupy jejího studia
|
|
| |
host ::
RSS.