|
| |
|
|
Role 5' koncových struktur u eukaryotických mRNA
Vopálenský, Václav ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Lukeš, Julius (oponent) ; Staněk, David (oponent)
73 V. SHRNUTÍ VÝSLEDKŮ IRESITE: THE DATABASE OF EXPERIMENTALLY VERIFIED IRES STRUCTURES (WWW.IRESITE.ORG) IRESite je kurátorovaná relační databáze typu MySQL-4.1 využívající InnoDB tabulky. Do databáze je možné vložit položky dvojího typu: o natural položky obsahují veškerá experimentální data týkající se určité IRES struktury (kompletní sekvence mRNA s vymezením pozic IRES sekvence a kódovaného proteinu, veškeré proteiny interagující s IRES, případná sekundární struktura) o engineered položky popisují uměle vytvořené plazmidy. Většinou se jedná o bicistronní plazmidy sloužící k testování funkčnosti sekvence, o níž se předpokládá, že obsahuje IRES element, a případné mutantní deriváty této sekvence. Do IRESite se v tomto případě vkládají údaje o sekvenci mRNA s vymezením IRES oblasti, informace o reportérových proteinech, informace o translačních experimentech včetně použitého promotoru a informace o pozitivních a negativních kontrolách. V databázi je nyní uloženo 288 položek; 67 natural (20 virových a 47 buněčných) a 221 engineered. IRESite slouží nejen k ukládání experimentálních dat, ale umožňuje také jejich prohledávání podle klíčových slov, případně následné porovnávání vybraných experimentů. A BIOINFORMATICAL APPROACH TO THE ANALYSIS OF VIRAL AND CELLULAR INTERNAL RIBOSOME ENTRY Publikace...
|
|
| |
|
|
Restrikčně-modifikační enzymy Typu I - identifikace pomocí dvourozměrné elektroforesy a studium fosforylace podjednotek Hsd.
Cajthamlová, Kamila ; Weiserová, Marie (vedoucí práce) ; Janeček, Jiří (oponent) ; Pospíšek, Martin (oponent)
107 7. Závěr 1. Vytvořili jsme podmínky pro dělení a identifikaci všech tří podjednotek Hsd R-M enzymů Typu I EcoKI a EcoR124I na dvourozměrném gelu. Optimalizovali jsme podmínky dělení těchto enzymů v nerovnovážném gradientu pH (NEPHGE) v prvním rozměru 2D-PAGE na pozadí celkových proteinů buněčného extraktu. Tento systém nám v budoucnu umožní provést detailnější studie exprese a postranslační modifikace R-M enzymů Typu I v závislosti na různých fyziologických podmínkách a v souvislosti celkové buněčné proteinové exprese. 2. Využití tohoto systému v primárních pokusech odhalilo existenci dvou isoforem podjednotky HsdR systému EcoKI lišících se velikostí náboje. Usoudili jsme, že jedna z těchto isoforem by mohla být posttranslačně modifikována. 3. Sledování fosforylace zástupců tří skupin R-M enzymů Typu I EcoKI (skupina IA), EcoAI (skupina IB) a EcoR124I (skupina IC), na základě imunoprecipitačních analys kmenů E. coli produkujících tyto enzymy, prokázalo fosforylaci enzymu EcoKI na podjednotce HsdR. Podjednotky HsdM ani HsdS enzymu EcoKI fosforylovány nejsou. Žádná z podjednotek Hsd systémů EcoAI a EcoR124I také fosforylována nebyla. 4. Podjednotka HsdR enzymu EcoKI je fosforylována in vivo pokud je součástí komplexní REasy EcoKI. Samotná HsdR, bez současné exprese HsdM a HsdS, kdy se netvoří funkční...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Protein synthesis in cellular stress
Cienciala, Martin ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Mnoho organizmů z různých větví života se často potýká s buněčným stresem zapříčiněným podmíkami vnějšího prostředí. Pro boj s těmito nepříznivými podmínkami se vyvinulo mnoho komplexních mechanismů. Kvasinka Saccharomyces cerevisiae je obzvláště dobře vybavená pro eliminaci negativních účinků oxidativního nebo osmotického stresu. Tyto podmínky zpravidla vedou k zastavení produkce proteinů. Kináza GCN2 se považuje za hlavního zprostředkovatele této odpovědi. Zastavení produkce proteinů je také doprovázeno vyšší expresí proteinů, podílejících se na boji se stresem. Tvorbě těchto proteinů předchází sada specializovaných regulačních procesů, fungujících na různých stupních proteinové exprese. Tato práce se pokusí přednést rozmanitost a komplexitu jednotlivých úrovní této regulace.
|
|
|
A study of the HCV IRES variability: An experimental approach coupled with design of a large-scale mutation database
Khawaja, Anas Ahmad ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Valášek, Leoš (oponent)
Iniciace translace u viru hepatitidy C (HCV) probíhá mechanismem nezávislým na čepičce, který využívá vnitřního vazebného místo pro ribozom (IRES), které interaguje s eukaryotním translačním aparátem a je schopné jej využívat. V našem výzkumu jsme se zaměřili na strukturní konformaci jednotlivých domén HCV-IRES a na dopad primární sekvence IRES na konzervovanost a funkci této sekundární struktury. Za tímto účelem byl proveden screening pacientů infikovaných virem hepatitidy C pro zjištění míry heterogenity a celkové variability HCV-IRES vzniklé u pacientů v průběhu jejich nemoci pomocí optimalizování metod, jako jsou gelové elektroforézy s denaturačním nebo teplotním gradientem. Účinnost translace mutovaných HCV-IRES sekvencí byla měřena pomocí průtokové cytometrie. V některých případech jsme zjistili, že několikanásobné mutace, včetně těch, které jsou rozesety mezi různé domény HCV-IRES, vedly k obnově translační aktivity, ačkoli tyto mutace účinnost translace snižovaly, pokud byly analyzovány jednotlivě. Navrhujeme, že tato pozorování by mohla být vysvětlena potenciálními mezi- a/nebo vnitro-doménovými funkčními interakcemi působícími na velkou vzdálenost. Také jsme nalezli nové mutace, jejichž vliv na účinnost translace HCV-IRES byl experimentálně ověřen. Vytvoření rozsáhlé databáze variací...
|
host ::
RSS.