|
| |
|
|
Preparation and characterization of diamond-based nanocarriers for transfection of siRNA
Majer, Jan ; Cígler, Petr (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Ačkoliv nanodiamanty byly objeveny a připraveny před desítkami let, až nedávno se začaly využívat v medicínských a biologických oborech, zejména pro doručení léčiv a genetického materiálu do buňky a v biozobrazovacích metodách. Nanodiamanty mohou být modifikovány specifickými, pozitivně nabitými skupinami pro komplexaci s negativně nabitými nukleovými kyselinami. Tyto komplexy následně překonávají extracelulární a intracelulární bariéry a transportují nukleové kyseliny buďto do cytosolu nebo do jádra. Díky fluorescenčním centrům dusík-vakance, které mohou být v nanodiamantech vytvořeny, vykazují nanodiamanty vynikající optické vlastnosti pro sledování transfekce, protože emitují stabilní fluorescenci bez "photoblinkingu" a "photobleachingu". Tato práce shrnuje vlastnosti, syntézu, modifikace nanodiamantů a dalších vybraných nanočástic a jejich in vitro aplikace. Porovnává také jejich cytotoxicitu a efektivitu genového "knockdownu".
|
|
|
Mechanismy a aplikace translokace makromolekul přes membrány eukaryotických buněk účinkem bakteriálních toxinů
Poledňák, Jan ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Žáčková Suchanová, Jiřina (oponent)
Translokace toxinů přes cytoplazmatickou membránu eukaryotických buněk je důležitým faktorem virulence bakterií způsobujících onemocnění eukaryotickým organismům. Toxiny translokují své vlastní domény s toxickou aktivitou dovnitř buňky nebo vytvoří v její membráně pór, kterým mohou procházet další molekuly od iontů až po DNA, RNA nebo proteiny. Studium translokace těchto látek umožňuje charakterizovat jeho mechanismus a také i vlastnosti pórotvorných toxinů. Několik těchto toxinů je natolik detailně popsáno, že po úpravě cílenou mutagenezí se dají využívat pro určování vlastností přenášených molekul. Jednou z takových aplikací je např. měření průchodu nukleotidů i celých vláken nukleových kyselin přes membránový kanál vytvářený α-hemolysinem S. aureus. Tato metoda si v současné době našla uplatnění při sekvenaci DNA. Klíčová slova: translokace, bakteriální toxiny, plasmatická membrána, nanopórové sekvenování
|
|
| |
|
|
Sdílené kroky biosyntetických drah linkomycinu a pyrrolo-benzodiazepinů
Jiráčková, Petra ; Janata, Jiří (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Linkomycin a jeho polosyntetický derivát klindamycin jsou terapeuticky využívaná antibiotika inhibující proteosyntézu v citlivých bakteriích. Jejich struktura se skládá z aminocukerné a aminokyselinové části, které jsou spojeny amidovou vazbou. Před časem byla zjištěna sekvence genového shluku pro biosyntézu linkomycinu a navrženy funkce pro většinu proteinů kódovaných geny shluku na základě porovnání se známými proteiny a inaktivací genů. Již dlouho bylo jasné, že aminokyselinové části linkomycinu (propylprolinu) je příbuzná dihydropyrrolová část pyrrolo[1,4]benzodiazepinů (PBD). Obě tyto části jsou odvozené od L-tyrosinu a prochází z počátku stejnou biosyntetickou dráhou. Další biosyntetické kroky se však rozcházejí. Věří se, že přenos genů z genového shluku pro produkci PBD do biosyntetického genového shluku pro linkomycin by mohl modifikovat strukturu propylprolinu a vylepšit tak vlastnosti linkomycinu, např. zvýšit antimalarické účinky. Nejúčinnějšími antibiotiky jsou alkylované deriváty, jejichž chemická syntéza je velmi složitá, ale mohly by být připraveny pomocí genového inženýrství jako tzv. hybridní antibiotika.
|
|
|
Confidence, economy and the global economic crisis
Fišer, Radovan ; Horváth, Roman (vedoucí práce) ; Benáček, Vladimír (oponent)
Zkoumáme roli důvěry ve vývoji ekonomické produkce. Empiricky zkoumáme Grangerovu kauzalitu ve směru od spotřebitelských očekávání k růstu ekonomické produkce, a to v České republice a ve Spojených státech amerických. Pro Spojené státy jsme tuto kauzalitu potvrdili jako robustní. V případě ČR jsme kauzalitu objevili, ale nikoliv jako robustní. Obecně je tato kauzalita brána jako důkaz relevance makroekonomických modelů, které zahrnují šoky ve spotřebitelských očekáváních. Tyto modely, nově s unikátním rovnovážným řešením, se objevují v současné literatuře. Druhým cílem této studie je stránka důvěry ve finanční a ekonomické krizi konce první dekády třetího tisíciletí. Krize uvrhla indikátory důvěry k rekordně nízkým hodnotám. Důvěra byla citována jak jako zdroj krize, tak jako cesta z krize ven. Tyto myšlenky v práci teoreticky zkoumáme. Jedna z nejzajímavějších je zavedenení fenoménu iracionálního chování do hlavního ekonomického proudu.
|
|
|
Inducibilní expresní systémy a jejich využití ve studiu parazitických organismů.
Horáčková, Vendula ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
1 Abstrakt Inducibilní expresní systémy jsou systémy, které umožňují ‚zapínat' a ‚vypínat' expresi genu zájmu, a jsou tedy užitečným nástrojem pro studium funkce genů. Existují desítky různých inducibilních expresních systémů, které se navzájem liší úrovní, na které k indukci dochází, dobou indukce, možnostmi využití atd. V této práci budou popsány tři typy inducibilních expresních systémů, na kterých budou demonstrovány obecné rysy systémů regulovaných na úrovni transkripce. Jsou to systémy založené na regulaci lac operonu Escherichia coli, dále systémy využívající regulačních elementů transpozonu Tn10 E. coli, které jsou zodpovědné za rezistenci vůči tetracyklinu, a nakonec systémy regulované agonisty receptoru pro steroidní hormon ekdyson, který je klíčovým regulátorem vývoje hmyzu. Práce obsahuje i kapitolu o využití inducibilních expresních systémů u parazitických organismů.
|
|
|
The effect of aminoacid variability on the resistance phenotype in ARE subfamily of ABC proteins
Lenart, Jakub ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
ARE podrodina proteinů patřící k ABC transportérům uděluje v různé míře rezistenci k makrolidovým, linkozamidovým a streptograminovým antibiotikům. Mezi klinicky nejvýznamnější proteiny ARE podrodiny u stafylokoků patří Vga(A) protein udílející rezistenci ke streptogtraminům A. V roce 2006 byla objevena jeho nová varianta označována jako Vga(A)LC, která kromě streptograminů A uděluje také rezistenci k linkosamidům. Vga(A) a Vga(A)LC se liší pouze v 7 aminokyselinách, přesto udílejí odlišný rezistenční fenotyp. V předchozích experimentech bylo zjištěno, že centrální roli v určení substrátové specificity hrají 4 aminokyselinové rozdíly, které jsou nahloučené v úseku 15 aminokyselin uvnitř linkeru spojující dvě ABC domény (pozice 212, 219, 220 a 226). Kombinace aminokyselin LGAG z Vga(A) zvyšuje rezistenci k streptogramínům A, zatímco kombinace SVTS přítomná ve Vga(A)LC zvyšuje rezistenci k linkosamidům. Přestože do této podrodiny patří velké množství rezistenčních proteinů, mechanismus rezistence nebyl dosud s jistotou prokázán. Cílem práce bylo vytvoření nových Vga(A) variant, které obsahují kombinace aminokyselin specifických pro Vga(A) a Vga(A)LC protein v pozicích 212, 219, 220 a 226 a porovnání jejich schopnosti udeľovať rezistenci k linkosamidům. Také jsme zkoumali vliv mutací v téže variabilní části...
|
|
|
Genová exprese porinů a beta-laktamáz během účinku beta-laktamových antibiotik v závislosti na velikosti inokula u klinických izolátů Klebsiella pneumoniae
Hepnar, David ; Žemličková, Helena (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Genová exprese genů porinů a beta-laktamáz během účinku beta- laktamových antibiotik a efekt inokula u klinických izolátů Klebsiella pneumoniae ABSTRAKT V posledních letech narůstá počet publikací, které se zabývají Klebsiella pneumoniae jako jedním z nejvýznamnějších nozokomiálních patogenů a předmětem studií je především narůstající rezistence k širokému spektru antibiotik. Diplomová práce je zaměřena na expresi genů skupiny AmpC - a to β- laktamázy DHA-1 a jejího negativního regulátoru AmpR a současně i porinů OmpK35 a OmpK36 a na efekt inokula. V práci byly použity již dříve charakterizované kmeny Klebsiella pneumoniae. Plazmidy, které byly získány z těchto kmenů byly transformovány do typově odlišných divokých kmenů Klebsiella pneumoniae a následně byla provedena jejich typizace s pomocí pulzní gelové elektroforézy (PFGE) a multilokusové sekvenační typizace (MLST). Pro sledování genové exprese byla použita metoda RT-PCR s použitím specifických primerů a TaqMan sond. Ve většině vzorků byla exprese závislá na přítomnosti induktoru. Vysoce rezistentní kmeny vykazují různý expresní profil, ale exprese blaDHA-1 zůstává indukovatelná cefoxitinem. Různá regulace exprese byla také pozorována u transformantů. Na základě získaných údajů se domníváme, že dříve popsaný regulační mechanismus genů skupiny AmpC není...
|
|
|
Topologie a funkce transmembránové domény kolicinu U, bakterie Shigella boydii
Dolejšová, Tereza ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent)
Kolicin U produkovaný kmeny bakterie Shigella boydii je protein, který je schopen působit lyticky na blízké bakteriální kmeny Shigella a Escherichia. Na základě sekvenční podobnosti s koliciny A, B a N se řadí mezi pórotvorné koliciny. Interakce kolicinu s napadenou bakterií je zajištěna třístupňovým mechanizmem:1) Nejdříve interaguje centrální doména kolicinu s receptory vnější membrány OmpA, OmpF. 2) Dále je kolicin prostřednictvím N-terminální domény a její interakce s Tol proteiny přenesen do periplazmy a nakonec 3) C-terminální doména interaguje s vnitřní membránou napadené bakterie a způsobuje její depolarizaci. V předkládané práci byla prokázána pórotvornost kolicinu U a dále podrobně studovány vlastnosti těchto pórů pomocí elektrofyziologických metod (měření na černých lipidových membránách). Byla stanovena vodivost jednotlivých pórů (19 pS), jejich iontová selektivita, byl sledován vliv změny různých podmínek na chování pórů. Tyto poznatky, v mnoha případech, odpovídaly zjištěním o jiných příbuzných kolicinech (koliciny A, B, N). Dále byl určován průměr póru (≈ 0,8 nm). V další části práce byly vytvořeny jednobodové cysteinové mutace v rámci pórotvorné domény kolicinu U, následně bylo vyprodukováno pět mutantních variant kolicinu U a na závěr byla ověřena jejich funkčnost tak, aby mohly...
|
host ::
RSS.