|
|
Využití simulace pro predikci vad a hodnocení odlitků z Al slitin
Šolc, Petr ; Bařinová, Dagmar (oponent) ; Čech, Jaroslav (vedoucí práce)
Cílem práce je srovnání použití tří slévárenských simulačních programů pro predikci vzniku porezity a parametru DAS v tlakově litém hliníkovém odlitku. Vzájemným porovnáním výsledků simulací a experimentálně naměřených hodnot ze vzorků odebraných z odlitku byla zjištěna dobrá schopnost programů v odhadu parametru DAS. Simulační softwary se shodují i v polohách míst s předpokládaným výskytem porezity, avšak velikost této porezity nebyla experimentálně ověřena, protože by bylo nutné mít vzorky přesně z míst dle simulací.
|
|
|
Odpověď na poškození DNA u Huntingtonovy choroby
Vachová, Veronika ; Šolc, Petr (vedoucí práce) ; Roth, Jan (oponent)
Huntingtonova choroba (HD) je autozomálně dominantní neurodegenerativní onemocnění, které vede ke ztrátě striatálních neuronů v bazálních gangliích. HD se projevuje nekoordinovanými pohyby a progresivním narušením kognitivních funkcí. HD je poměrně vzácné onemocnění a vyskytuje se přibližně u 0,01 % západoevropské populace. Je způsobena expanzí CAG repetice v genu pro huntingtin (HTT). Tato mutace vede k prodloužení polyglutaminového řetězce. Během exprese mutantního huntingtinu (mHTT) dochází v buňce k akumulaci dvouřetězcových zlomů (DSB) kvůli snížené schopnosti je opravit, což přispívá k patogenezi HD. Tento mechanismus však není zcela objasněn. Je několik úhlů pohledu, jak mHTT narušuje odpověď na DNA poškození (DDR). Některé studie tvrdí, že při expresi mHTT dochází k nadměrné aktivaci DDR včetně p53 signální dráhy vedoucí k apoptóze. Další výsledky poukazují na neschopnost buňky efektivně dokončit opravu pomocí nehomologního spojování konců (NHEJ) nebo neschopnost buňky tyto DSB dokonce rozeznat. Všechny tyto teorie mohou vysvětlit buněčnou smrt v důsledku vysokého počtu neopravených DNA poškození. Pochopení těchto mechanismů je důležité pro vývoj terapeutických strategií. Klíčová slova: Huntingtonova choroba, huntingtin, dvouřetězcové zlomy DNA, DNA poškození, homologní rekombinace,...
|
|
|
The roles of Trim15 and UCHL3 in the ubiquitin-mediated cell cycle regulation.
Jeřábková, Kateřina ; Chawengsaksophak, Kallayanee (vedoucí práce) ; Šolc, Petr (oponent) ; Thorpe, Peter (oponent)
(ČEŠTINA) Ubikvitinace patří k důležitým regulačním mechanismům buňky, které kontrolují různé biologické procesy mezi které patří diferenciace, transkripce a buněčné dělení. Buněčné dělení vyžaduje duplikaci celého genomu v průběhu S- fáze buněčného cyklu, která je následována rovnoměrným rozdělením genetické informace mezi dvě dceřiné buňky v průběhu mitózy. Nesprávná regulace buněčného dělení může vést k aneuploidii, tedy k abnormálnímu počtu chromozomů v buňce. Aneuploidie jsou známou příčinnou vzniku rakoviny. Systematická analýza genomu tisíců vzorků z rakovinných buněk ukázala, že většina nádorů má abnormální počet chromozomů. V mé dizertační práci jsem se zabývala studiem dvou proteinů, které jsou součástí ubikvitin- proteazomového systému, konkrétně deubikvitináza UCHL3 a ubikvitin ligáza Trim15. UCHL3 jsme identifikovali pomocí "high- throughput" testování, které bylo cíleno na rozpoznání dosud neznámých faktorů regulujících buněčné dělení. Předchozí studie ukazují, že zvýšenou expresi UCHL3 můžeme najít v buňkách některých nádorů a to především ve vzorcích rakoviny tlustého střeva. Můj výzkum ukázal, že UCHL3 reguluje správné seskupení chromozomů v metafázi a jejich následné rozdělení do dvou dceřiných buněk. Ztráta (delece) UCHL3 vede k nesprávnému uchycení chromozomů k dělícímu vřeténku...
|
|
|
Úloha mitotických kináz AURKA a PLK1 v meiotickém zrání oocytů
Brzáková, Adéla ; Šolc, Petr (vedoucí práce) ; Šebková, Nataša (oponent)
Aurora A i Polo-like kináza 1 patří do rozvětvené rodiny serin/treonin kináz řídících průběh buněčného cyklu. Obě se podílí na kontrole mitózy a přispívají i k regulaci meiotického dělení. Ačkoli se role Aurory A ve znovuzahájení meiózy po prvním meiotickém bloku zdá být otázkou, na kterou současné studie přináší spíše rozporuplné odpovědi, je prakticky jisté, že hraje nezastupitelnou úlohu ve výstavbě dělícího vřeténka. V oocytech s inhibovanou (pomocí RNAi či inhibitorů) nebo overexprimovanou Aurorou A se vytváří abnormální dělící vřeténka bez pólů, s aberantním počtem pólů či s nezvyklou morfologií. Stejně tak narušení funkčnosti Plk1 vede v oocytech k výskytu poškozených dělících vřetének. Plk1 navíc, téměř jistě, hraje roli i v načasování rozpadu jaderné membrány neboli v GVBD.
|
|
|
Genomic instability associated with formation of RNA:DNA hybrids and molecular mechanisms of its suppression
Naščáková, Zuzana ; Dobrovolná, Jana (vedoucí práce) ; Hanzlíková, Hana (oponent) ; Šolc, Petr (oponent)
Jednou z nejrozšířenějších infekcí lidského organizmu je infekce žaludku způsobená patogenní bakterií Helicobacter pylori (H. pylori). Předpokládá se, že tímto patogenem je nakažená každá druhá osoba a prevalence nákazy výrazně stoupá v méně rozvinutých zemích. H. pylori, jako nenápadný nepřítel, může kolonizovat prostředí žaludku po desítky let bez toho, aby se projevil jakýkoliv příznak onemocnění u infikované osoby. Avšak dlouhodobá infekce může způsobit závažné poškození žaludeční tkáně a následné onemocnění žaludku, jakými jsou gastritida, vředová nemoc nebo rakovina. Až 80 % karcinomů žaludku je spojeno s infekcí H. pylori, která je považována za hlavní faktor pro rozvoj tohoto onemocnění. Dlouhodobá přítomnost bakterií v lidském hostiteli je zabezpečena produkcí bakteriálních virulentních faktorů, které svou aktivitou utlumují imunitní systém. Nevratné změny epitelu žaludku jsou vyvolané aktivací imunitní odpovědi infikovaných buněk zprostředkované mimo jiné ALPK1/TIFA/NF-κB signální dráhou. Aktivátorem této signální dráhy je β-ADP-heptóza, meziprodukt biosyntézy bakteriálního lipopolysacharidu. Již dříve bylo ukázáno, že infekce buněk H. pylori a aktivace ALPK1/TIFA/NF-κB signální dráhy je spojena se zvýšeným výskytem dvouvláknových zlomů v DNA hostitelských buněk. My jsme pozorovali, že...
|
|
|
Cell signaling pathways controlling meiotic maturation of mammalian oocytes
Šolc, Petr
5 3 Summary in Czech (Abstrakt v českém jazyce) Samičí zárodečné buňky, oocyty, vznikají již během embryonálního vývoje z primordiálních zárodečných buněk. Jsou nezbytným předpokladem pro reprodukci. Již během embryonálního vývoje oocyty vstupují do meiózy, ale krátce poté se jejich vývoj zastaví ve stádiu profáze I. Po nástupu pohlavní dospělosti spouští luteinizační hormon proces znovuzahájení meiózy oocytů in vivo v prostředí folikulu. Vyjmutí oocytů z folikulu a jejich kultivace ve vhodném médiu umožňuje tento proces úspěšně rekapitulovat v podmínkách in vitro. Rozpad jaderné membrány (GVBD) je první jasně viditelnou známkou znovuzahájení meiózy. Po GVBD se vytváří dělící vřeténko metafáze I. Pokud jsou chromozómy vyrovnány v metafázní rovině a mikrotubuly korektně připojeny na chromozomy, dojde ke vstupu do anafáze I. Po dokončení meiózy I vstupují oocyty přímo do meiózy II a opětovně zastavují svůj vývoj, tentokráte v metafázi II (MII). Tyto oocyty jsou schopné oplození, přičemž průnik spermie iniciuje dokončení meiózy. Vývoj z GV stádia do stádia MII je pod striktní kontrolou tzv. MPF faktoru, který se skládá z cyklin dependentní kinázy 1 (CDK1) a cyklinu B (CCNB). Pomocí funkčních studií (RNA interference, mikroinjekce mRNA) jsme na myších oocytech ukázali, že fosfatázy CDC25 A a B spolupracují na...
|
|
|
Genomic instability associated with formation of RNA:DNA hybrids and molecular mechanisms of its suppression
Naščáková, Zuzana ; Dobrovolná, Jana (vedoucí práce) ; Hanzlíková, Hana (oponent) ; Šolc, Petr (oponent)
Jednou z nejrozšířenějších infekcí lidského organizmu je infekce žaludku způsobená patogenní bakterií Helicobacter pylori (H. pylori). Předpokládá se, že tímto patogenem je nakažená každá druhá osoba a prevalence nákazy výrazně stoupá v méně rozvinutých zemích. H. pylori, jako nenápadný nepřítel, může kolonizovat prostředí žaludku po desítky let bez toho, aby se projevil jakýkoliv příznak onemocnění u infikované osoby. Avšak dlouhodobá infekce může způsobit závažné poškození žaludeční tkáně a následné onemocnění žaludku, jakými jsou gastritida, vředová nemoc nebo rakovina. Až 80 % karcinomů žaludku je spojeno s infekcí H. pylori, která je považována za hlavní faktor pro rozvoj tohoto onemocnění. Dlouhodobá přítomnost bakterií v lidském hostiteli je zabezpečena produkcí bakteriálních virulentních faktorů, které svou aktivitou utlumují imunitní systém. Nevratné změny epitelu žaludku jsou vyvolané aktivací imunitní odpovědi infikovaných buněk zprostředkované mimo jiné ALPK1/TIFA/NF-κB signální dráhou. Aktivátorem této signální dráhy je β-ADP-heptóza, meziprodukt biosyntézy bakteriálního lipopolysacharidu. Již dříve bylo ukázáno, že infekce buněk H. pylori a aktivace ALPK1/TIFA/NF-κB signální dráhy je spojena se zvýšeným výskytem dvouvláknových zlomů v DNA hostitelských buněk. My jsme pozorovali, že...
|
|
|
Vliv věku ženy na míru DNA poškození v oocytech
Koubovská, Markéta ; Šolc, Petr (vedoucí práce) ; Tlapáková, Tereza (oponent)
Ženskými pohlavními buňkami jsou oocyty, jejichž množství je určující pro délku reprodukčního období. Důležitým faktorem, kromě množství, je také kvalita oocytů. Ta není po celý život stejná, s přibývajícím věkem dochází k jejímu snižování. Úbytek kvality je způsoben především hromaděním DNA poškození. Za nejzávažnější poškození jsou považovány dvouřetězcové zlomy (DSBs) kvůli přerušení obou řetězců DNA a následným možným translokacím či delecím. Dále však také mohou v buňce vznikat produkty působením volných kyslíkových radikálů, UV nebo γ zářením, modifikované úseky DNA nebo chybně párující sekvence. Všechna tato poškození jsou reparačními mechanismy oocytu opravována. Čím je ale žena starší, dochází k poklesu exprese genů, které se těchto reparačních mechanismů účastní. Proto nejsou opravy dostatečně efektivní a všechna poškození nejsou odstraněna. S vyšším věkem ženy jsou rovněž spojeny neúspěšné pokusy o otěhotnění, vyšší rizika samovolného potratu nebo mimoděložní těhotenství. Aby se těmto rizikům, jež bezpochyby těhotenství ve vysokém věku představuje, předešlo a žena nebyla na životě ohrožena, došlo v evoluci k ztrátě reprodukční schopnosti. U člověka je ukončena kolem 50. roku života tzv. menopauzou.
|
|
|
The roles of Trim15 and UCHL3 in the ubiquitin-mediated cell cycle regulation.
Jeřábková, Kateřina ; Chawengsaksophak, Kallayanee (vedoucí práce) ; Šolc, Petr (oponent) ; Thorpe, Peter (oponent)
(ČEŠTINA) Ubikvitinace patří k důležitým regulačním mechanismům buňky, které kontrolují různé biologické procesy mezi které patří diferenciace, transkripce a buněčné dělení. Buněčné dělení vyžaduje duplikaci celého genomu v průběhu S- fáze buněčného cyklu, která je následována rovnoměrným rozdělením genetické informace mezi dvě dceřiné buňky v průběhu mitózy. Nesprávná regulace buněčného dělení může vést k aneuploidii, tedy k abnormálnímu počtu chromozomů v buňce. Aneuploidie jsou známou příčinnou vzniku rakoviny. Systematická analýza genomu tisíců vzorků z rakovinných buněk ukázala, že většina nádorů má abnormální počet chromozomů. V mé dizertační práci jsem se zabývala studiem dvou proteinů, které jsou součástí ubikvitin- proteazomového systému, konkrétně deubikvitináza UCHL3 a ubikvitin ligáza Trim15. UCHL3 jsme identifikovali pomocí "high- throughput" testování, které bylo cíleno na rozpoznání dosud neznámých faktorů regulujících buněčné dělení. Předchozí studie ukazují, že zvýšenou expresi UCHL3 můžeme najít v buňkách některých nádorů a to především ve vzorcích rakoviny tlustého střeva. Můj výzkum ukázal, že UCHL3 reguluje správné seskupení chromozomů v metafázi a jejich následné rozdělení do dvou dceřiných buněk. Ztráta (delece) UCHL3 vede k nesprávnému uchycení chromozomů k dělícímu vřeténku...
|
|
|
Role of Rad18 in genome stability
Palek, Matouš ; Macůrek, Libor (vedoucí práce) ; Šolc, Petr (oponent)
Rad18 je ubikvitin ligáza, která je známá pro svou funkci v dráze tolerance DNA poškození. V minulosti byla intenzivně studována především její účast v translézní DNA syntéze, což je jedna ze dvou drah umožňující toleranci DNA poškození. V nedávné době bylo ukázáno, že se Rad18 také účastní oprav dvouřetězcových zlomů DNA v savčích buňkách. Funkce proteinu Rad18 se tak jeví jako velice důležitá, neboť jak oprava dvouřetězcových DNA zlomů, tak tolerance DNA poškození jsou nepostradatelné pro zachování stability genomu. V této práci představuji funkci Rad18 v toleranci DNA poškození, které je zprostředkováno dvěma drahami, translézní DNA syntézou a replikací s dočasnou změnou templátu. Poté shrnuji současné poznatky o roli Rad18 v opravě dvouřetězcových zlomů. Nakonec se věnuji potenciálnímu přispění deregulace Rad18 k lidským nádorovým onemocněním, neboť ztráta integrity genomu je důležitý faktor umožňující tumorigenezi. Klíčová slova: Rad18, stabilita genomu, oprava dvouřetězcových DNA zlomů, tumorigeneze, tolerance DNA poškození, translézní DNA syntéza, replikace s dočasnou změnou templátu.
|
host ::
RSS.