|
|
Biocompatible protein cages for encapsulation and internatization of small interfering RNA
Mokrý, Michal ; Balvan, Jan (oponent) ; Heger, Zbyněk (vedoucí práce)
This thesis is focused on creation of apoferritin nanocarrier with encapsulated small interfering RNA marked with fluorescent dye. Main objectives are optimization of pH and amount of siRNA encapsulated into apoferritin cavity and physicochemical characteristics of created nanocarrier. First part deals with theoretical knowledge necessary for understanding concept of this thesis. Second part describes used methods and evaluated results. Created apoferritin nanocarriers were optimal in size with great hemocompatibility, but long-term stability didn’t meet our expectations.
|
|
|
Využití technik RNA interference pro studium biologie termitů
Žalmanová, Anna ; Hanus, Robert (vedoucí práce) ; Smýkal, Vlastimil (oponent)
Mechanismus RNA interference (RNAi) lze využít ke snížení exprese vybraného genu v organismu. Tato metoda, objevená v roce 1998, se stala "zlatým standardem" v základním biologickém výzkumu s přesahem do výzkumu aplikovaného a genových terapií v medicíně. Z mnoha důvodů je vhodným nástrojem také pro studium biologie hmyzu. Mezi hlavní patří vysoká sekvenční specifita, nízké náklady a nekomplikované použití i u nemodelových druhů. Termiti (Isoptera) jsou vůči RNAi vysoce citliví a tato metoda je široce využívána k poznávání jejich fyziologie a ontogeneze. Využití RNAi má velký potenciál i v rámci aplikovaného výzkumu termitů a nemalá část publikací se tak zaměřuje na vývoj RNAi technik jako nechemických pesticidů proti ekonomicky významným termitím druhům. Tato bakalářská práce si klade za cíl podat široký přehled dosavadního výzkumu využívající metodu RNAi při studiu termitů.
|
|
|
Optimalizace přípravy lipozomálních nosičů pro cílený transport terapeutických nukleových kyselin
Maráková, Ester
Tato bakalářská práce s názvem „Optimalizace přípravy lipozomálních nosičů pro cílený transport terapeutických nukleových kyselin“ se zabývá využitím lipozomálních nanopřenašečů a mechanismu RNA interference prostřednictvím siRNA v cílené terapii. Cílem této práce bylo optimalizovat přípravu komplexu liposomů, polyethylenkglykolu a siRNA pro další výzkum a vypracovat odbornou rešerši o této problematice. V rámci praktické části této práce byly připraveny kationické lipozomy ze směsi lipidů v molárním poměru 20:50:10:20 (DODAG, DOPE, cholesterol, CPA·HCl), do kterých byla po extruzi enkapsulována kontrolní siRNA a na jejich povrch byly navázány dva druhy polyethylenglykolu: PEG2000 a PEG2120. Praktická část této práce sestávala ze tří hlavních experimentů, kterými byly: sledování vlivu množství enkapsulované siRNA, sledování vlivu míry PEGylace a stabilitní studie dlouhodobého skladování liposomů po dobu tří měsíců. V závěru této práce byly vybrány vzorky liposomů vyfotografovány na skenovacím elektronovém mikroskopu. Ve všech experimentech byla pomocí dynamického rozptylu světla sledována velikost, PDI a ζ potenciál. V experimentu, který se zabýval vlivem množství enkapsulované siRNA, jsme zaznamenali se zvyšujícím se množstvím siRNA nárůst velikosti. Na základě výsledků získaných v druhém experimentu byly pro stabilitní studii zvoleny liposomy s mírou PEGylace 5 % pro PEG2000 a 2 % pro PEG2120, jako pufr byl vybrán fosfátový pufr (PBS) (v rámci experimentu vliv míry PEGylace byl porovnáván s puferem 20 mM HEP 135 mM NaCl). V rámci studie dlouhodobého skladování se nám podařilo prokázat potenciál liposomů fungovat jako stabilní přenašeče pro terapeutika. Jelikož při měření po 28 dnech došlo pravděpodobně k narušení struktur těchto komplexů, je zřejmé, že by bylo vhodné podniknout další optimalizační kroky, jako je například použití rychlé proteinové kapalinové chromatografie (FPLC), nebo použití komerčních lipidů s inkorporovaným PEGem, pro snížení této chybovosti.
|
|
|
Úloha Adenylát kinázy 1 v aktivaci a metabolismu imunitních buněk larev \kur{Drosophila melanogaster}
KAISLEROVÁ, Nikola
Cílem této práce bylo studium úlohy Adenylát kinázy 1 (Ak1) v imunitním systému larev Drosophila melanogaster po infekci parazitoidní vosičkou Leptopilina boulardi. Za použití Ak1 RNA interference specifické pro imunitní systém byl analyzován účinek snížené hladiny Ak1 na imunitní odpověď a životaschopnost drozofily. Důležitost Ak1 byla také vyhodnocena v rámci metabolismu imunitních buňěk. Ukázalo se, že Ak1 hraje významnou roli v energetickém metabolismu imunitních buněk a je důležitá pro správnou funkci imunitního systému Drosophila melanogaster.
|
|
| |
|
| |
|
|
Ovlivnění kvality, funkce a výsledků transplantace pankreatických ostrůvků pomocí RNA interference
Kosinová, Lucie ; Kříž, Jan (vedoucí práce) ; Štechová, Kateřina (oponent) ; Petrák, Ondřej (oponent)
Transplantace inzulín produkující tkáně je v současnosti jedinou léčebnou metodou umožňující diabetikům 1. typu dosáhnout dlouhodobé nezávislosti na aplikaci inzulínu. Alternativní metodu k orgánové transplantaci pankreatu představuje transplantace izolovaných Langerhansových ostrůvků (LO) do jater, která je bezpečnější, ale méně účinná. Důvodem je výrazná ztráta ostrůvků během krátkého času po transplantaci způsobená nespecifickou zánětlivou reakcí IBMIR (z angl. instant blood-mediated inflammatory reaction). Hlavní příčinou této reakce je tkáňový faktor exprimovaný na povrchu buněk LO, který po kontaktu s krví příjemce přímo aktivuje koagulační kaskádu tzv. vnější cestou. Dochází k agregaci trombocytů, aktivaci komplementu a infiltraci ostrůvků leukocyty, což má za následek zničení až 60 % transplantované tkáně a vznik ischemických oblastí v játrech. Tkáňový faktor kromě koagulace ovlivňuje také angiogenezi a jeho přítomnost na povrchu buněk LO v pozdějším stádiu po transplantaci je naopak nezbytná pro jejich revaskularizaci. Inhibice genu pro tkáňový faktor v izolovaných LO pomocí RNA interference nabízí možnost krátkodobého potlačení exprese tohoto proteinu, což by znamenalo ochranu ostrůvků v raném posttransplantačním období a současně později nebránilo napojení kapilár na cévní systém...
|
|
|
Interakce chřipkového viru s buněčnými obrannými mechanismy
Vochyánová, Klára ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Mikušová, Gabriela (oponent)
Infekce chřipkovým virem patří mezi nejaktuálnější problémy dnešní doby. Unikátní schopnost tohoto viru silně inhibovat imunitní odpověď buněk na mnoha úrovních a jeho pandemický potenciál z něj činí předmět zájmu mnoha vědeckých skupin. Chřipkový virus používá k inhibici imunitní odpovědi především protein NS1. Protein NS1 je jednak schopen vázat se na RNA, a maskovat jí před rozpoznáním buněčnými senzory a dalšími proteiny. Protein NS1 obsahuje také katalytickou doménu. Pomocí této domény interaguje s mnoha buněčnými proteiny, zasahuje do signální transdukce a zajišťuje tak úspěch celé infekce. Protein NS1 je jedním z hlavních nástrojů patogenicity chřipkového viru a zaslouží si patřičnou pozornost.
|
|
|
Studium mechanismu posttranskripčního a transkripčního umlčování transgenů v buněčné linii tabáku BY-2
Čermák, Vojtěch ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Moravec, Tomáš (oponent)
RNA interference je jedním z mechanismů, který umožňuje buňkám regulovat aktivitu genů, ovlivňovat tvorbu a udržování heterochromatinu a chránit je před invazivními nukleovými kyselinami. U rostlin je RNA interference spouštěna přítomností dvoušroubovicové RNA, která je štěpena proteinem Dicer na malé RNA o délce převážně 20-24nt. Tyto malé RNA mohou v komplexu s proteinem Argonaut na základě sekvenční komplementarity řídit štěpení mRNA, blokování translace, či modifikace chromatinu. V důsledku tak může být genová exprese umlčována buď posttranskripčně (tím že je bráněno vzniku proteinu z již vytvořené mRNA, PTGS) a nebo transkripčně (tím že je bráněno vzniku transkriptu, TGS). Záměrem této práce bylo připravení různých způsobů spouštění posttranskripčního umlčování a porovnání jejich funkčnosti a účinnosti. Dalším krokem pak byla příprava systému, který by měl umožnit sledování jednotlivých kroků přechodu posttranskripčního umlčování na umlčování transkripční. Tyto tzv. indikátorové linie by měly dovolit sledovat časování a dynamiku tohoto procesu s využitím fluorescenčních proteinů. Připravovaný systém umožní také vyhodnocení různých faktorů na průběh tohoto procesu - jedním z nich je RNA-dependentní RNA polymeráza 6, která hraje hlavní roli v samovolném spouštění PTGS. V práci je použita jako modelový...
|
|
|
Studium a podjednotky lidského translačního iniciačního faktoru 3 (eIF3) metodou RNA interference.
Peclinovská, Lucie ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Iniciace translace je klíčovým krokem proteosyntézy, který umožňuje regulaci genové exprese. Regulace na úrovni přepisu mRNA je nejrychlejším možným mechanismem. Celý proces je ovlivňován mnoha iniciačními faktory. Jedním z eukaryotických iniciačních faktorů, který participuje na celé řadě procesů během iniciace translace je eIF3. Za jeho velice efektivní, a pro iniciaci translace nezbytnou, alespoň v kvasinkách, byla označena největší podjednotka p170, též nazývaná eIF3a. Tato práce si klade za cíl, utvořit komplexní náhled na eIF3a, přičemž hodlá vycházet z poznatků nabytých sledováním této podjednotky v Saccharomyces cerevisiae. Snížení exprese eIF3a, které umožňuje pozorovat vliv této podjednotky pomocí různých experimentů v porovnání s kontrolní skupinou, je "navozeno" metodou RNA interference. Na eIF3a je zde nahlíženo z pohledu i) životaschopnosti buněk metodou využívající 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-difenyl- -tetrazolium bromid (MTT testu) ; ii) sleduje se vliv podjednotky na celkovou expresi proteinu inkorporací 35 S-methioninu a iii) v neposlední ředě je v této práci ukázán vliv snížené exprese eIF3a na tvorbu polysomů.
|
host ::
RSS.