|
|
Introgresní zóna druhů Arabidopsis lyrata a A. arenosa ve střední Evropě
Hojka, Jakub ; Marhold, Karol (vedoucí práce) ; Španiel, Stanislav (oponent)
Genetické složení hybridních zón velmi často reflektuje geografické a ekologické gradienty. Vhodným modelovým systémem pro testování této hypotézy může být hybridní zóna druhů Arabidopsis lyrata a A. arenosa ve střední Evropě. Jedná se o dva dobře vymezené avšak stale křižitelné druhy, jejichž potomci jsou plně fertilní. Kromě opakovaných hybridizačních událostí situaci komplikuje autopolyploidizace jednoho z rodičů - A. lyrata v oblasti nachází jako diploid nebo tetraploid. Hybridní zóna byla již popsána v předchozích pracích a ty prokázaly jistý gradient introgrese procházející oblastí. Oblast je navíc na přechodu alpského a panonského klimatu, oblastí prochází také výškový gradient (směrem z Předhůří Alp do nížinných oblastí Wienervaldu). Tato práce je nejpodrobnější studií této hybridní zóny, jak co do počtu zastoupených populací, tak do množství získaných genetických dat (pomocí metody RADsekvenování). Jejich analýza ukázala jemný gradient introgrese, kdy na pólech studované oblasti nacházíme čisté rodičovské populace a směrem do středu introgresanty stále vyššího stupně. Uprostřed regionu se potom nachází geneticky intermediární hybridi. Analýza velikosti genomu ukázala, že hybridi mají intermediární velikost genomu oproti tetraploidním rodičům a tetraploidi A. lyrata mají vyšší monoploidní...
|
|
| |
|
|
Průtoková cytometrie a její využití ke studiu hmyzu
Stuchlíková, Magdalena ; Janšta, Petr (vedoucí práce) ; Sadílek, David (oponent)
Průtoková cytometrie je moderní metoda, která hraje nepopiratelnou roli zejména v biomedicínském a botanickém výzkumu. Přes všechny své výhody (rychlost, jednoduchost, nízká finanční náročnost) není dosud hromadně využívána ke studiu hmyzu. Tato práce poskytuje základní vhled do problematiky použití průtokové cytometrie u hmyzu a shrnuje entomologické poznatky získané na základě této metody. Jedná se především o výzkum velikosti genomu a jeho souvislostí s dalšími znaky. Méně zastoupené je pak například studium ploidní úrovně nebo poměru párů bází. Klíčová slova: průtoková cytometrie, využití ke studiu hmyzu, velikost genomu, ploidie, bezobratlí
|
|
|
Kritické zhodnocení hybridizace mezi zástupci rodu Nymphaea pomocí cytometrických a morfometrických metod
Kabátová, Klára
Přestože rod Nymphaea (leknín) zahrnuje ve střední Evropě pouze dva původní druhy (N. alba a alopolyploidní N. candida), představuje velkou výzvu moderní taxonomii a biosystematice. Určování těchto druhů je totiž vzhledem k celkové fenotypové podobnosti obtížné, navíc jsou možná hranice druhů stírány i mezidruhovou hybridizací. Situaci ještě dále komplikují nepůvodní kultivary nejrůznějšího původu, které zplaňují na přírodních stanovištích (ať už omylem či jsou přímo vysazovány) a interagují zde s původními druhy. Pro zmapování karyologické a fenotypové variability byla použita průtoková cytometrie a klasická i geometrická morfometrika. Sběry z přírodních lokalit odhalily přítomnost dvou skupin s odlišnými intenzitami fluorescence, odpovídajících N. alba a N. candida. Navíc byly na několika místech v jižních Čechách nalezeny rostliny s intermediární hodnotou velikosti genomu, která poukazuje na jejich hybridní původ. Morfologicky měly tyto rostliny jak znaky na pomezí morfologie původních druhů, tak vlastní trendy, mezi nimiž byl nejnápadnější abnormální vzrůst. Překvapivě bylo zjištěno, že naprostou většinu kulturních leknínů lze rozpoznat díky nízkému obsahu DNA, což ještě více potvrdilo taxonomický význam tohoto markeru. Takto cytometricky ověření jedinci byli podrobeni mnohorozměrné...
|
|
|
Evoluce velikosti genomu v čeledi Costaceae
Böhmová, Alžběta ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Rybka, Vlastimil (oponent)
Variabilita ve velikosti genomu dosahuje u rostlin velkého rozpětí; u krytosemenných rostlin může být toto rozpětí až 2400-násobné. Proto častým předmětem studia je snaha vysvětlit tyto rozdíly v mnoha kontextech. Jedním z nich je i fylogenetické hledisko, kdy se studuje vztah velikosti genomu k jednotlivým taxonomickým skupinám. Doposud bylo publikováno mnoho prací zabývající se rostlinami temperátního pásu. Prací, které reflektují velikost genomu u tropických rostlin, je však velmi málo. Proto byla předmětem této práce analýza velikosti genomu u pantropicky rozšířené čeledi Costaceae Nakai. Tato čeleď v současnosti zahrnuje sedm rodů: Monocostus K.Schum., Dimerocostus Kuntze, Costus L., Paracostus C.D.Specht, Chamaecostus C.D.Specht & D.W.Stev., Hellenia Retz. a Tapeinochilos Miq., které dohromady čítají přibližně 300 druhů. Čeleď je sesterská k čeledi Zingiberaceae, která je díky svému ekonomickému významu výrazně lépe prozkoumána. Cílem této práce byla částečná revize fylogeneze, kterou publikovala Specht (2006). K analýze fylogenetických vztahů byly použity molekulární metody, a to jednak klasické sekvenování úseku trnL-F, jednak next-generation sequencing - konkrétně metoda HybSeq, kdy byly použity předem designované proby pro zisk cílových genů. Dalším z cílů této práce bylo srovnat...
|
|
|
Hybridizace mezi Pulsatilla pratensis a P. patens ? Skutečnost nebo mýtus?
Krejčová, Nikol ; Suda, Jan (vedoucí práce) ; Kaplan, Zdeněk (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá hybridizací dvou druhů rodu Pulsatilla, a to P. patens a P. pratensis v České republice. Cílem bylo zhodnotit karyologickou a morfologickou variabilitu zájmových (noto)taxonů. Průtokové cytometrie odhalila 3 skupiny s odlišnou velikostí genomu, odpovídající P. patens, P. × hackelii a P. pratensis. Celková frekvence mezidruhové hybridizace byla nízká (pouze zhruba 3% analyzovaných jedinců). Mezi nejdůležitější druhově-specifické znaky, které umožňují spolehlivou determinaci, patří počet jařem, délka řapíku lístku, počet úkrojků lístku a barva květu. U jedinců křížence P. × hackelii byla pozorována tvorba květů i semen, ale jeho fertilita je výrazně snížena. Mezidruhová hybridizace tak nejspíše nepředstavuje významné riziko pro genofond studovaných druhů.
|
|
|
Evoluční ekologie rodu Geosmithia
Veselská, Tereza ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Gryndler, Milan (oponent)
6 Abstrakt Rod Geosmithia Pitt (Ascomycota: Hypocreales) patří mezi houby žijící v symbiose s podkorním hmyzem. Původní asociací rodu je vazba na floémofágní kůrovce (Coleoptera: Scolytinae). Sběry z celého světa nasvědčují silné vazbě na vektor (podkorní hmyz), kdy spektrum hostitelských rostlin druhů Geosmithia odpovídá šířce niky vektoru. V rodě nalezneme speciality na čeleď Pinaceae, ale i generalisty s širokým spektrem hostitelských rostlin, především listnatých dřevin. U druhu G. morbida došlo k přechodu od saprotrofního způsobu života k patogennímu. Tento druh způsobuje úhyn ořešáků Junglans nigra v USA. Vlastnosti, které tomuto druhu patogenezi umožňují, nejsou zatím známy. Jinou odvozenou strategií, ke které došlo nejméně dvakrát nezávisle na sobě, je asociace s ambrosiovými brouky. Ambrosioví brouci vytvářejí požerek v xylému chudém na živiny, kde si pěstují svou asociovanou houbu, na které jsou nutričně zcela závislí. Jedná se tedy o přechod z fakultativní na obligátní asociaci na vektor. Ambrosiové houby sdílí konvergentní fenotyp, který vede k tvorbě velkých terminálních konidií a ke schopnosti kvasinkového růstu. Ve své diplomové práci se zabývám studiem znaků, které jsou důležité pro jednotlivé ekologické skupiny: specialisty na Pinaceae, patogena, ambrosiové houby a generalisty. Jelikož se...
|
|
|
Polyploidní speciace u rodu Anthoxanthum v Evropě
Khodlová, Zuzana ; Trávníček, Pavel (vedoucí práce) ; Štech, Milan (oponent)
Z celkového počtu patnácti druhů rodu Anthoxanthum (Poaceae) se na území Evropy odlišuje 8 taxonů. Pět z nich je vytrvalých a tvoří komplex A. odoratum s. l., tři jsou jednoleté, víceméně mediteránní taxony (A. aristatum, A. ovatum a A. gracile). V rámci komplexu A. odoratum s. l. jsou vylišovány tyto taxony: široce rozšířené A. odoratum s. str. (4x; 2n = 20), arkto-alpinské A. alpinum (2x a 4x; 2n = 10 a 20), endemit Madeiry A. maderense (2x; 2n = 10), endemit balkánských hor A. pauciflorum (2x; 2n = 10) a endemit Pyrenejského poloostrova A. amarum (?x; 2n ~ 90). Předmětem této studie je objasnění dosud neznámých vzájemných evolučních vztahů mezi taxony, mezi jednoletými a vytrvalými zástupci a mezi diploidy a polyploidy. Konkrétními otázkami jsou: 1) Jaký je původ a rozšíření znovuobjeveného diploidního vytrvalého taxonu a jaká je jeho vazba k ostatním zástupcům skupiny; 2) Jaké distribuční pattern zaujímají vytrvalí zástupci rodu Anthoxanthum v Evropě a jaká je jejich haplotypová diferenciace (celkové rozšíření taxonů a haplotypů a existence jejich sympatrického výskytu); 3) Jaké jsou evoluční vazby mezi jednotlivými zástupci rodu v Evropě a jakým způsobem vznikl allotetraploidní druh A. odoratum s. str. Stanovení ploidních úrovní a velikostí genomu studovaných taxonů bylo prováděno pomocí...
|
|
|
Kritické zhodnocení hybridizace mezi zástupci rodu Nymphaea pomocí cytometrických a morfometrických metod
Kabátová, Klára ; Suda, Jan (vedoucí práce) ; Rybka, Vlastimil (oponent)
Přestože rod Nymphaea (leknín) zahrnuje ve střední Evropě pouze dva původní druhy (N. alba a alopolyploidní N. candida), představuje velkou výzvu moderní taxonomii a biosystematice. Určování těchto druhů je totiž vzhledem k celkové fenotypové podobnosti obtížné, navíc jsou možná hranice druhů stírány mezidruhovou hybridizací. Situaci dále komplikují nepůvodní kultivary, které zplaňují na přírodních stanovištích a interagují zde s původními druhy. Pro zmapování karyologické a fenotypové variability byla použita průtoková cytometrie a klasická i geometrická morfometrika. Sběry z přírodních lokalit odhalily přítomnost dvou skupin s odlišnými intenzitami fluorescence, odpovídajících N. alba a N. candida. Navíc byly na několika místech v jižních Čechách nalezeny rostliny s intermediární hodnotou velikosti genomu, která poukazuje na jejich hybridní původ. Morfologicky měly tyto rostliny jak znaky na pomezí morfologie původních druhů, tak vlastní trendy, mezi nimiž byl nejnápadnější abnormální vzrůst. Překvapivě bylo zjištěno, že naprostou většinu kulturních leknínů lze rozpoznat díky nízkému obsahu DNA, což ještě více potvrdilo taxonomický význam tohoto markeru. Takto cytometricky ověření jedinci byli podrobeni mnohorozměrné morfometrické analýze, která ukázala vysokou morfologickou diferenciaci především mezi...
|
|
|
Dispersal, distribution and genetic diversity of Melampyrum subalpinum group
CHLUMSKÝ, Jan
This thesis is focused on the dispersal, distribution, and genetic diversity of the taxonomically highly diverse Melampyrum subalpinum group. A complete revision of the localities of M. subalpinum in the Czech Republic and Slovakia is presented. The genetic variation and population structure of the M. subalpinum group across its distribution range is described based on allozymes, nuclear and chloroplast gene sequencing, and genome size. Signs of historical hybridization with M. nemorosum were found in some populations. A comparison of seed dispersal by ants between the co-occurring M. subalpinum and M. pratense and the influence of differences in this process are presented. A new mean of seed dispersal (endozoochory) is introduced for Melampyrum. Myrmecochorous dispersal distances are tested and Holocene migration possibilities are discussed taking into account endozoochory.
|
host ::
RSS.