| |
|
Porovnání gelové a kapilární elektroforézy bílkovin
Krbec, Michal ; Franěk, Tomáš (vedoucí práce) ; Kotaška, Karel (oponent)
Elektroforéza sérových proteinu je jednou z metod užívaných v laboratorní diagnostice patologických stavu, ale i k výzkumným úcelum. Jde o jednostupnovou metodu, pri níž dochází k izolaci jednotlivých proteinu ze smesi (nejcasteji krevních bílkovin) v elektrickém poli v prítomnosti vhodného pufru a na vhodném nosici na základe jejich ruzné pohyblivosti, závislé na jejich povrchovém náboji a molekulové hmotnosti. Puvodne býval nosicem papír, pozdeji acetátcelulózová membrána a nyní již témer výhradne agaróza (cištený agar s nízkou endoosmózou), prípadne polyakrylamid (PAA). Mým úkolem v této práci bylo analyzovat sérii vzorku metodou gelové elektroforézy a následne analyzovat stejnou sérii i metodou kapilární elektroforézy. Výsledky získané obema metodami jsem zpracoval numericky, vzájemne porovnal a statisticky zhodnotil. Výstupem mojí práce je porovnání gelové a kapilární elektroforézy, zhodnocení výhod, nevýhod a zejména rozdílu mezi obema metodami.
|
|
Analýza derivátů pterinu kapilární zónovou elektroforézou
Krajíček, Jan ; Bosáková, Zuzana (vedoucí práce) ; Čabala, Radomír (oponent)
Pteriny patří do důležité skupiny látek fungující jako inhibitory, senzitizéry, enzymy, koenzymy, pigmenty atd. a spolu s karotenoidy a anthrachoninony jsou zodpovědné za charakteristické zbarvení ploštic. Tato práce byla zaměřena na vývoj kapilární elektroforetické separační metody pro analýzu šesti vybraných derivátů pterinu (biopterinu, neopterinu, isoxanthopterinu, leukopterinu, xanthopterinu a erythropterinu) a jejich následnou identifikaci ve třech formách ploštice Graphosoma semipunctatum. Separace byly realizovány v křemenné nemodifikované kapiláře termostatované na teplotu 30 řC. Separační elektrolyt se skládal z kyseliny borité, tris(hydroxymethyl)aminomethanu a disodné soli ethylendiamintetraoctové kyseliny. V rámci optimalizační procedury byl studován vliv pH pufru, koncentrace jednotlivých složek základního elektrolytu, velikosti separačního napětí a vlnové délky UV detekce na elektromigrační chování a citlivost detekce. Za optimalizovaných separačních podmínek byly analyzovány organické extrakty ze tří forem ploštice Graphosoma semipunctatum.
|
|
Elektroforetické separace sacharidů v krátké kapiláře.
Vochyánová, Blanka ; Opekar, František (vedoucí práce) ; Jelínek, Ivan (oponent)
Byl vyvinut nový laboratorní systém pro rychlé elektroforetické separace anorganických a organických iontů. Použita byla křemenná kapilára v kombinaci s bezkontaktní vodivostní detekcí. Základní funkce systému byly ověřeny na směsi anorganických iontů. Systém byl dále použit k separacím neutrálních mono- a disacharidů. Modelová směs obsahovala pět sacharidů (sacharózu, laktózu, glukózu, fruktózu a ribózu). Vyvinutá metoda byla použita ke stanovení sacharózy, glukózy a fruktózy v energetických nápojích.
|
|
Applications of capillary electrophoresis in life sciences
Křížek, Tomáš ; Coufal, Pavel (vedoucí práce) ; Pacáková, Věra (oponent) ; Tůma, Petr (oponent)
Tomáš Křížek: Využití kapilární elektroforézy ve vědách o životě (Disertační práce) ABSTRAKT Tato práce se zabývá využitím kapilární elektroforézy ve dvou významných oblastech "věd o životě", konkrétně v proteomice a stanovení aktivity enzymů. V první části jsou studovány vlastnosti polymeru Pluronic F-127 jako separačního média v kapilární gelové elektroforéze. Byl zkoumán vliv termoasociace Pluronicu F-127 na selektivitu separace peptidů a aminokyselin, přičemž při teplotách pod, uvnitř a nad oblastí termoasociace žádný rozdíl v selektivitě pozorován nebyl. Funkce Pluronicu F-127 v kapilární gelové elektroforéze byla porovnána s dextranem, jakožto běžně používanou gelovou matricí. Výsledky ukazují, že Pluronic F-127 je výhodnějším médiem pro separace nízkomolekulárních bílkovin, protože poskytuje větší separační sílu při zachování nižší viskozity základního elektrolytu. Tato nižší viskozita usnadňuje výměnu základního elektrolytu po každém měření, což vede k výrazně vyšší opakovatelnosti pokusů. Dextran je na druhé straně díky své vyšší viskozitě vhodnější pro separace peptidových štěpů bílkovin, při kterých je zásadním parametrem vysoká účinnost separace. Druhá část práce je zaměřena na elektroforetická stanovení aktivity enzymů. Byla vyvinuta nová metoda separace N,N',N''-triacetylchitotriosy,...
|
|
Enantioselective separation systems in capillary electrophoresis
Svobodová, Jana ; Gaš, Bohuslav (vedoucí práce) ; Foret, František (oponent) ; Kenndler, Ernst (oponent)
Chirálními separačními systémy v kapilární zónové elektroforéze se zabývá řada vědeckých týmů po celém světě. Z tohoto důvodu je nezbytné vyvíjet i vhodné teoretické modely, pomocí kterých by bylo možno vysvětlit jevy spojené s chirální separací, či by umožňovaly optimalizovat separační podmínky. V této dizertační práci je navrženo několik teoretických modelů, které plně splňují tyto požadavky. První část práce je zaměřena na určování rychlostních konstant interkonverze pomocí dynamické kapilární elektroforézy. Byl navržen matematický model, který umožňuje určovat rychlostní konstanty interkonverze v systémech obsahujících směs chirálních selektorů. Takovéto systémy jsou velmi oblíbené, jelikož nabízejí lepší enantioseparační schopnosti. Z toho důvodu byl námi navržený teoretický model použit k objasnění separačního mechanismu v systémech se směsí chirálních selektorů a k ověření zavedených postupů pro optimalizaci chirálních separačních podmínek. Současně byl také ověřen separační mechanismus pro systémy se simultánní komplexací s boráty a cyklodextriny. Na závěr byl představen kompletní matematický model elektromigrace pro systémy s komplexujícími složkami. Tento model byl implementován do našeho simulačního programu Simul 5 Complex. Model byl ověřen experimentálně a použit k objasnění...
|
|
Separace a stanovení možných produktů enzymového štěpení 4-nitrofenyl-N,N'-diacetyl-β-D-chitobiosidu pomocí kapilární elektroforézy
Velvarská, Romana ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Kalíková, Květa (oponent)
Tato práce se zabývá vývojem a optimalizací podmínek metody, kterou lze využít k porovnání aktivity enzymu β-N-acetylhexosaminidasy při hydrolýze jejího přirozeného substrátu a tvz. chromogenního substrátu, který se často využívá při studiu enzymové kinetiky. Jako substrát pro štěpení byl zvolen 4-nitrofenyl-N,N'-diacetyl-β- D-chitobiosid. Tento oligosacharid obsahuje vazbu, kterou enzym štěpí v přirozeném substrátu, a zároveň také vazbu, která se vyskytuje v substrátu chromogenním. Pro stanovení produktů, jež vznikají při enzymatické hydrolýze 4-nitrofenyl-N,N'-diacetyl- β-D-chitobiosidu byla využita kapilární zónová elektroforéza. Nejprve bylo nutno najít optimální složení základního elektrolytu, tedy jeho hodnotu pH a koncentraci. Optimálním základním elektrolytem byl roztok tetraboritanu sodného o koncentraci 25 mmol/l a hodnotě pH 10,25. Následně byla zjištěna opakovatelnost měření, kalibrační závislosti a linearita, limit detekce a limit kvantifikace. Opakovatelnost migračních časů se pohybovala do 0,6%, opakovatelnost plochy píků pak v rozmezí 2,5 až 6,3%. Limity detekce metody byly v rozmezí 0,005-0,120 mmol/l. Nakonec byla optimalizovaná metoda úspěšně použita ke sledování průběhu skutečného enzymového štěpení.
|
|
Využití kapilární elektroforézy v rámci forenzních molekulárně genetických zkoumání
Grafnetterová, Anna ; Doubková, Klára (vedoucí práce) ; Coufalová, Pavla (oponent)
4 Abstrakt Kapilární elektroforéza (CE) je metoda založená na principech tradiční deskové elektroforézy. Díky moderním způsobům fluorescenčního značení a jeho detekce, dosahuje vyšší spolehlivosti analýzy a přesnějších výsledků. Tato metoda je využitelná v mnoha oborech, kde dokonce může nahradit doposud používané metody jako je např. vysokoúčinná kapalinová chromatografie (HPLC). Důležité využití CE je ve forenzním zkoumání, kde se jedná především o identifikaci jedince na základě analýzy DNA i z velmi malého množství materiálu. Tím se zabývá tzv. STR analýza, která pro své účely využívá krátké tandemové repetice (STR) vykazující vysokou variabilitu v populaci. K získání správných dat je důležité odpovídající vybavení, přístroje, softwary, kity, na jejichž vývoji se podílejí i komerční firmy jako je Promega Corporation a Applied Biosystems. Celá analýza vede k získání DNA profilu a jeho vyhodnocení na základě shody vzorků získaných na místě činu a kontrolních (srovnávacích) vzorků. STR analýzu lze využít kromě lidské DNA i u zvířecí DNA zejména v chovu koní, skotu apod., kde napomáhá určení původu jedince a výběru jedince s nejlepšími znaky. Klíčová slova: kapilární elektroforéza fluorescenční značení STR STR analýza DNA profil
|
|
Vývoj metody kapilární elektroforézy pro stanovení fosforylovaných složek bakteriálních buněčných membrán
Červinková, Jana ; Čabala, Radomír (vedoucí práce) ; Coufal, Pavel (oponent)
Název práce: Vývoj metody kapilární elektroforézy pro stanovení fosforylovaných složek bakteriálních buněčných membrán Autor: Jana Červinková Katedra (ústav): Katedra analytické chemie Vedoucí bakalářské práce: RNDr. Radomír Čabala, Dr. Abstrakt: Obsahem práce je provedení úvodní literární rešerše o metodách analýzy a stanovení fosforylovaných látek přítomných v cytoplazmatické membráně bakterií. Jedná se především o majoritní fosfatidylglycerol, kardiolipin a fosfatidylethanolamin a minoritní fosfatidylserin, kyselinu fosfatidovou a lysylfosfatidylglycerol. Tyto látky jsou spolu s mastnými kyselinami hlavní stavební součástí buněčných membrán a lze je do určité míry používat buď na identifikaci druhů bakterií, nebo na studium chování bakterií za různých podmínek. Pro jejich stanovení bude vyvinuta analytická metoda založená na částečně či zcela nevodné kapilární elektroforéze se spektrofotometrickou detekcí. V rámci bakalářské práce by měly být nalezeny optimální experimentální podmínky separace standardů vybraných látek. Klíčová slova: fosforylované látky, bakteriální cytoplazmatická membrána, kapilární elektroforéza, tenkovrstvá chromatografie, Bacillus subtilis.
|
|
Elektroforéza v krátkých kapilárách
Podhorná, Petra ; Opekar, František (vedoucí práce) ; Samcová, Eva (oponent)
V laboratoři sestrojená aparatura byla použita k elektroforetické separaci v krátké kapiláře. K ověření základních funkcí aparatury byl použit vzorek K+ a Na+ iontu. Z naměřených elektroferogramů byly vypočítany základní parametry (separační účinnost, rozlišení, migrační čas). Dále byla na aparatuře separována a detegována uměle připravená směs bazických aminokyselin (arginin, lysin, histidin a jeho deriváty 3-metylhistidin a 1-metylhistidin). Poslední fází bylo stanovení histidinu v reálném vzorku - moči. Klíčová slova: kapilární elektroforéza, krátká kapilára, bazické aminokyseliny
|