|
| |
|
|
Možnosti izolace nukleových kyselin v rostlinných a živočišných matricích
Truong, Thanh Huong
Izolace nukleových kyselin je prvním krokem ve většině molekulárních diagnostik. Hlavní část bakalářská práce je věnována vypracování literární rešerše zabývající se různými možnostmi izolace nukleových kyselin. Vypracovaná práce je průřezem nejpoužívanějších metod od nejstarších až po ty nejnovější, což se týká metod srážení pomocí solí a organickými činidel, chromatografie, fenol -- chloroformové extrakce a pomocí magnetických částic. V jedné ze tří kapitol literárního přehledu je popsána podstata nukleových kyselin. V malé kapitole literární části jsou uvedeny možné inhibitory separace nukleových kyselin. Minoritní část bakalářské práce je věnována experimentální části, v níž je porovnávána kvalita získané DNA z různých matric konopí setého u navážek 20 mg a 100 mg. Po vyhodnocení výsledků bylo zjištěno, že pro vyšší kvalitu izolátu je vhodné použití navážky 20 mg.
|
|
| |
|
| |
|
|
Povrchové modifikace paramagnetických částic pro izolaci nukleových kyselin
Vopařilová, Petra
Cílem diplomové práce Povrchová modifikace paramagnetických částic pro izolaci nukleových kyselin bylo optimalizovat protokol pro izolaci nukleových kyselin (NA) pomocí různě modifikovaných částic (MPs) tak, abychom maximalizovali výtěžek a kvalitu izolované NA a zároveň snížili finanční a časovou náročnost této metody. Jedním z nejdůležitějších požadavků při výběru vhodné metody izolace je, aby výsledná NA byla použitelná pro navazující aplikace. V rámci mé diplomové práce byla rovněž optimalizována real-time PCR reakce, ve které byla testována RNA získaná z izolací. V teoretické části diplomové práce je popsána struktura MPs, jejich syntéza, možnosti funkcionalizace MPs a jejich biotechnologické využití. Dále jsou popsány základní metody pro izolaci NA, podrobněji je rozepsána izolace NA pomocí MPs a možnost automatizace dané metody. V praktické části jsou uvedeny jednotlivé kroky optimalizace izolace. V rámci praktické části byly testovány MPs bez povrchové modifikace, MPs jejichž povrch byl modifikován tetraethoxysilanem (TEOS), MPs s povrchem modifikovaným tetraethoxysilanem a dále funkcionalizováným (3-amino-propyl) -triethoxysilanem (TEOS+APTES) a MPs na jejichž povrch byla navíc vnesena -COOH skupina (TEOS+APTES+COOH). Nejvhodnějšími částicemi pro izolaci RNA se zdají být MPs s modifikací (TEOS+ATES), pomocí nichž se nám podařilo v primární eluci uvolnit téměř veškerou RNA, naopak v sekundární eluci bylo uvolněno velké množství gDNA. Protokol izolace by tedy mohl být univerzální jak pro izolaci gDNA, tak pro izolaci RNA, kdy v první eluci by byla uvolněna RNA použitím elučního roztoku kyselé povahy (např. pH 6 – 6,6), v sekundární eluci by byla uvolněna gDNA použitím alkalického roztoku (např. pH 7,5 – 8). MPs (TEOS) interagují na svém povrchu s molekulou NA pravděpodobně pouze přes solný můstek, který vytvářejí chaotropní soli mezi záporně nabitými fosfátovými skupinami a záporně nabitým povrchem částic. MPs (TEOS+APTES) mají lepší vazebné schopnosti, interakce NA s povrchem MPs není zprostředkována pouze přes solný můstek, ale pravděpodobně také pomocí elektrostatických interakcí kladně nabitých aminoskupin (-NH3+) molekuly APTES s negativně nabitou molekulou NA. Výsledná RNA izolovaná pomocí MPs (TEOS+APTES) byla srovnávána s RNA izolovanou pomocí gravitační kolonky. Kvalita a integrita izolované RNA pomocí MPs byla zcela dostačující pro real-time PCR reakci, ve které byla testována.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.