|
| |
|
|
Structural characterization of interaction between transcription factors and DNA
Filandrová, Růžena ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Vondrášek, Jiří (oponent) ; Wimmerová, Michaela (oponent)
Strukturní charakterizace interakce transkripčních faktorů s DNA Mgr. Růžena Filandrová Abstrakt Transkripční faktory jsou proteiny, které regulují expresi genů skrze svou interakci s DNA a dalšími faktory. Tím buňce umožňují reagovat na různé vnitřní i vnější podněty a hrají proto důležitou roli v mnoha buněčných dějích jako je například regulace buněčného cyklu, diferenciace buněk během vývoje organismu nebo imunitní reakce. K pochopení těchto dějů je nezbytná nejen znalost 3D struktury samotných transkripčních faktorů, ale i mechanismů jejich vazby na DNA. Nicméně, některé typické vlastnosti transkripčních faktorů, jako je například přítomnost nestrukturovaných oblastí, způsobují, že je velmi obtížné určovat jejich 3D strukturu klasickými metodami s vysokým rozlišením. Z těchto důvodů mohou být pro popis struktury komplexů transkripčních faktorů s DNA s výhodou využity metody s nižším rozlišením, jako je například strukturní hmotnostní spektrometrie, která byla použita v této práci. V první části této práce byl nejprve optimalizován soubor metod strukturní hmotnostní spektrometrie se zaměřením hlavně na optimalizaci podmínek vodík/deuteriové výměny (HDX-MS) pro jejich využití k analýze komplexů transkripčních faktorů s DNA. Následně pak byly pomocí těchto metod charakterizovány dva komplexy...
|
|
|
Lidské membránově vázané karbonylreduktasy
Štambergová, Hana ; Wsól, Vladimír (vedoucí práce) ; Wimmerová, Michaela (oponent) ; Šebela, Marek (oponent)
ABSTRAKT Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát Mgr. Hana ŠTAMBERGOVÁ Školitel prof. Ing. Vladimír WSÓL, Ph.D. Název disertační práce Lidské membránově vázané karbonylreduktasy Lidské membránově vázané enzymy podílející se na metabolismu karbonylových sloučenin představují velice zajímavou skupinu, ve které navzdory velkému úsilí vědců zůstává řada doposud necharakterizovaných enzymů a to především z velké nadrodiny dehydrogenas/reduktas s krátkým řetězcem (SDR). V lidském genomu je v současné době identifikováno 75 SDR zástupců, přičemž pouze 20 % z nich je považováno za dobře charakterizované. Na druhou stranu 30 % těchto proteinů zůstává zcela nepopsaných. SDR enzymy se podílí na metabolismu steroidů, sacharidů, retinoidů či prostaglandinů a hrají tak důležitou roli v řadě fyziologických dějů a závažných onemocnění (např. hormon-dependentní nádory, metabolický syndrom, diabetes mellitus). Mimoto jsou zapojeny do biotransformace některých exogenních sloučenin. Bylo identifikováno několik SDR enzymů hrajících významnou roli v I. fázi biotransformace xenobiotik (např. u doxorubicinu, dolasetronu, benfluronu, metyraponu, ketoprofenu), ale doposud pouze jediný membránově vázaný zástupce, 11β-hydroxysteroiddehydrogenasa 1 (11β-HSD1)....
|
|
|
α-N-Acetylgalactosaminidase as a tools in the synthesis of complex oligosaccharide immune stimulators
Mrázek, Hynek ; Bezouška, Karel (vedoucí práce) ; Macek, Tomáš (oponent) ; Wimmerová, Michaela (oponent)
1 Univerzita Karlova Přírodovědecká Fakulta Katedra Biochemie Použití α-N-acetylgalaktosaminidasy jako nástroje vhodného pro syntézu komplexních oligosacharidových stimulátorů imunitního systému Autoreferát dizertační práce Mgr. Hynek Mrázek Školitel: Prof. RNDr. Karel Bezouška, Dsc. Praha 2011 2 Úvod Glykoproteiny jsou proteiny obsahující kovalentně vázané sacharidové struktury. Sacharidy můžou být připojeny k proteinovému řetězci dvojím způsobem: O-glykosidickou nebo N-glykosidickou vazbou. N-glykosidicky spojené sacharidy jsou vázany k aminokyselině asparaginu, zatím co O-glykosidicky vázané sacharidy jsou spojeny k aminokyselinám serinu nebo threoninu. V glykoproteinech vyšších obratlovců se převážně vyskytují N-glykosidicky vázané sacharidové struktury. V případě N-glykosylace je sacharidový řetězec přenesen na aminokyselinu asparagin, který se nachází v aminokyselinové sekvenci N-X-ST, kde X může být jakákoliv aminokyselina kromě prolinu. Zatímco syntéza N-glykoproteinů se řídí určitými pravidly, u syntézy O-glykoproteinů nebyla žádná taková pravidla pro zatím nalezena. Proteinové glykosylace, která je nejčastější posttranslační modifikací, se účastní velké množství enzymů a enzymových komplexů. Celý proces glykosylace probíhá v endoplazmatickém retikulu a Golgiho aparátu. Glykosidasy hydrolasy Podle...
|
|
| |
host ::
RSS.