|
|
Předzpracování snímků sítnice za účelem zlepšení diagnostiky glaukomu
Holásková, Anna ; Walek, Petr (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Předzpracování snímků sítnice je prvním stupněm k dalšímu zpracování retinálních snímků nebo prvním krokem k diagnostice řady očních onemocnění. Předzpracování představuje takové úpravy obrazu, které zlepší jeho vizuální stránku. Je to především odstranění šumu vznikajícího při akvizici dat, transformace kontrastu a jasu, detekce hran a prahování. V této práci se zabýváme základními metodami předzpracování obrazu a dále konkrétními metodami předzpracování snímků sítnice. Mezi tyto patří globální jasové korekce, filtry typu horní propust, homomorfní filtrace a adaptivní zvýraznění. Kromě těchto metod, které lze implementovat do programového prostředí, existují i techniky ruční, založené na zkušenostech lékaře. V této práci je proto zmíněn i postup pro ruční úpravu snímků sítnice za pomocí programu Adobe Photoshop. Z výše zmíněných metod byly vybrány tři, které byly podrobněji nastudovány a implementovány do programového prostředí MATLAB. Jedná se o homomorfní filtraci, CLAHE (Contrast Limited Adaptive Histogram Equalization) a adaptivní zvýraznění. K těmto metodám byly vytvořeny funkce a byly otestovány na dostupných obrazových datech. V závěru práce jsou diskutovány výsledky vybraných metod. Uveden je také návod k použití.
|
|
|
Rentgenová počítačová tomografie embrya myši
Šejnohová, Marie ; Walek, Petr (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Jedním z cílů diplomové práce je porovnání možností dostupných mikro-CT. Teoretická část se zabývá možnostmi barvení měkkých tkání a embryí z důvodu zvýšení kontrastu mikro-CT snímků u těchto tkání. Dále se zde popisují zdroje záření a detektory dostupných mikro-CT systémů. V praxi bylo realizováno barvení embrya ve spolupráci s Ústavem embryologie a histologie v Brně. Následně proběhlo skenování na stanici v Brně na FSI, v Praze na ČVUT a synchrotronu Elettra v Itálii. V práci jsou popsána měření embrya myši pomocí výše uvedených zařízení a výsledky porovnány. Nejlepších výsledků bylo dosaženo na mikro-CT v Brně, kde se využívá rentgenová trubice a flat panel detektor. Tyto snímky se použily pro segmentaci chrupavčité tkáně čichového ústrojí pomocí metody 3D region growing. Z výsledných dat byly vytvořeny 3D modely za účelem porovnání s manuálně segmentovaným modelem. Poloautomatickou segmentací se dosahuje méně přesných výsledků, ale z hlediska časové náročnosti je tato metoda vhodnější.
|
|
|
Segmentace dýchacích cest v CT datech
Votoupal, Pavel ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Walek, Petr (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá segmentací plicního parenchymu a extrakcí dýchacího stromu z 3D CT dat. Nejprve je vytvořena externí maska plic, následně využitá k usnadnění segmentace dýchacích cest. V práci je provedena rešerše některých publikovaných metod a detailně popsána jedna, která je také implementována v prostředí MATLAB. Navržený přístup je založen na morfologické šedotónové rekonstrukci. Metoda je otestována na reálných pacientských datech a dosažené výsledky jsou v závěru práce diskutovány.
|
|
|
Blind Image Deconvolution in STEM mode of Electron Microscope
Valterová, Eva ; Walek, Petr (oponent) ; Potočňák, Tomáš (vedoucí práce)
Blind image deconvolution is method, which restore the true image and point spread function simultaneously. The goal of this paper is to introduce several methods of blind deconvolution and find the optimal method for reconstruction of the true image and point spread function of images from scanning transmission electron microscope. The alternating minimization algorithm is assumed as the most convenient for blind deconvolution problem. Then it is modified and tested. The proposed algorithm properties are tested on artificially degraded data and the real data from scanning transmission electron microscope. The algorithm efficiency is evaluated by several evaluating criteria. The algorithm limitations are determined and its area of use is specified.
|
|
|
Tvarová klasifikace pro detekci chybně segmentovaných kostí v CT datech
Janovič, Tomáš ; Jan, Jiří (oponent) ; Walek, Petr (vedoucí práce)
Práce pojednává o možnostech využití tvarové klasifikace pro detekci chybně segmentovaných (přerušených) kostí v datech výpočetní tomografie (CT). Je provedena rešerše publikovaných metod a algoritmů zabývajících se segmentací kostních struktur v CT datech. Následně je implementována segmentace kortikálních částí kostí metodou prostého prahování s globálním prahem. Práh je určen optimalizovaným proložením histogramu vybraným typem pravděpodobnostního rozdělení. Dále jsou popsány deskriptory, kterými lze kvantitativně popisovat tvary objektů v obrazu. Následně je implementována extrakce kontur a je aplikován vyhovující tvarový deskriptor - kumulativní úhlová funkce. Finálně jsou pomocí spojité vlnkové transformace detekovány body, které mohou potenciálně indikovat chybně segmentované kosti. Zmíněná technika je testována na reálných CT datech.
|
|
|
Sledování pohybu očí pomocí kamery
Otáhal, Miroslav ; Walek, Petr (oponent) ; Janoušek, Oto (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou sledování pohybu očí prostřednictvím webkamery. Jsou zde uvedeny základní přístupy ke sledování pohybu očí, pomocí kterých můžeme získat polohu zornice a na základě této polohy určit, kam se člověk právě dívá. Součástí práce je program v programovém prostředí Matlab, který s využitím metody detekce prostřednictvím infračerveného světla sleduje polohu zornice a převádí její pohyb na pohyb na monitoru. Pomocí tohoto programu bylo následně provedeno otestování několika dobrovolníků a výsledky detekce byly převedeny na vizuální formu. Vytvořena byla také šablona, jenž byla použita k hodnocení přesnosti použité metody. Na závěr byly prodiskutovány dosažené výsledky.
|
|
|
Segmentace MRI dat s využitím metody narůstání oblastí
Pham, Minh Tuan ; Walek, Petr (oponent) ; Harabiš, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá segmentaci dat a jejich zpracování. Data jsou získány vyšetřením pacienta na magnetické rezonanci formou tzv. milimetrových řezů. Prohlížeč byl naprogramován v programovém vybavení Matlab pomocí jeho vývojového prostředí GUIDE. Poskytuje načtení a náhled medicínských obrazových 3D dat ve všech pohledech a umožňuje jejich segmentaci a grafickou úpravu.
|
|
| |
|
|
Generátor rušení EKG signálu
Siegel, Jan ; Walek, Petr (oponent) ; Smital, Lukáš (vedoucí práce)
Při snímání EKG signálu vzniká rušení různého původu. Nejčastěji to jsou síťový brum, drift nulové izolinie, myopotenciálové a impulsní rušení. Tyto složky jsou v signálu nežádoucí a snižují jeho diagnostickou výtěžnost. Abychom dokázali rušení efektivně odstranit, musíme v signálu rozpoznat, o který typ rušení se jedná a využít jeho teoretické vlastnosti ke specifické filtraci. Cílem práce je vytvořit technickou pomůcku - generátor rušení v EKG. Generátor slouží k vytvoření zarušeného signálu s definovanými parametry a typem rušení. Uživatel si tak může ověřit správnou funkci techniky navržené k odstranění rušení, nebo zjistit o jaký typ rušení se v neznámém signálu jedná.
|
|
|
Segmentace hipokampu v MRI datech
Kodym, Oldřich ; Chmelík, Jiří (oponent) ; Walek, Petr (vedoucí práce)
Práce se zabývá využitím grafových metod pro segmentaci málo kontrastních obrazových dat, konkrétně pro segmentaci hipokampu ze snímků magnetické rezonance. Nejprve je uvedena základní problematika a terminologie teorie grafů. Následně je popsána me toda minimálního řezu grafem včetně algoritmů schopných tento minimální řez nalézt. Následuje popis její implementace pro segmentaci 2D a 3D obrazových dat. Metoda byla testována na zkušebních datech a poté implemetována jako modul pro software 3D Slicer. Zde byla testována na snímcích hipokampu zdravých pacientů stejně jako na pacientů trpících Alzheimerovou chorobou. Nastíněny jsou nejčastější problémy vyskytující se při segmentaci a možné postupy jejich řešení.
|
host ::
RSS.