|
|
Chromatinová imunoprecipitace vybraných transkripčních faktorů
Smetanová, Jitka ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Rodina transkripčních faktorů TEAD ovlivňuje expresi genů, které regulují buněčnou proliferaci, diferenciaci a apoptózu. Aktivita proteinu TEAD1 je řízena prostřednictvím signální dráhy Hippo. Obecný mechanismus suprese nádorových buněk skrze signální dráhu Hippo zůstává nejasný. Geny MYC a GLUT1, které kódují dva klíčové regulátory glykolýzy, byly recentně popsány v lidských leukemických buňkách jako potenciální cíle signální dráhy Hippo. V této diplomové práci jsem se pomocí ChIP analýzy v lidských leukemických buňkách snažila experimentálně potvrdit předpokládanou vazbu transkripčního faktoru TEAD1 k regulačním sekvencím genů MYC a GLUT1. I přes veškerou snahu se mi nepovedlo provést chromatinovou imunoprecipitaci transkripčního faktoru TEAD1. V rámci diplomové práce jsem navrhla několik možných důvodů, které mohly vést k získaným negativním výsledkům. Klíčová slova: transkripční regulace, TEAD transkripční faktory, chromatinová imunoprecipitace, leukemie
|
|
|
Molekulární mechanismus protinádorového účinku vybraných přírodních látek.
Smolová, Dagmar ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Flieger, Miroslav (oponent)
Molekulární mechanismus protinádorového účinku vybraných přírod- ních látek Přírodovědecká fakulta University Karlovy v Praze Smolová Dagmar Nádorová onemocnění v dnešní době zasahují více než třetinu světové populace a jsou pří- činou více než 20% všech úmrtí. Lepším pochopením rakoviny na epigenetické, genetické, molekulární a buněčné úrovni se objevuje čím dál tím více různých mechanismů, jimiž je možno zasahovat do procesu karcinogenese a předcházet tak konečnému stádiu invazivní nemoci. V poslední době je věnována velká pozornost přírodním látkám, které dokáží spe- cificky zasahovat do tohoto procesu. Tyto látky jsou výhodnější oproti standardní léčbě v tom, že jsou snadno dostupné a málo nebo vůbec toxické. V této práci byl pozorován vliv látek 6-shogaolu, 6-gingerolu a galanginu na leukemické buňky Jurkat. Největší účinnost vykazoval 6-shogaol. 6-Shogaol způsoboval apoptosu buněk aktivací anti-proliferační sig- nalizační dráhy Hippo a snížením genové exprese C-MYC onkogenu a množství C-MYC onkoproteinu, které mají v nádorových buňkách klíčovou roli při zajišťování dostatku energie pro aktivní růst a proliferaci.
|
|
|
Chromatinová imunoprecipitace vybraných transkripčních faktorů
Smetanová, Jitka ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Rodina transkripčních faktorů TEAD reguluje expresi genů, které regulují buněčnou proliferaci, diferenciaci a apoptózu. Aktivita TEAD1 je regulována prostřednictvím Hippo signální dráhy. Obecný mechanismus suprese nádorových buněk skrze Hippo signální dráhu zůstává nejasný. C-MYC a GLUT1, dva klíčové regulátory glykolýzy, byly recentně popsány v lidských leukemických buňkách jako cíle Hippo signální dráhy. V této diplomové práci byla pomocí ChIP analýzy v lidských leukemických buňkách experimentálně potvrzena vazba TEAD1 k prvnímu exonu genu C-MYC a dále objevena nová interakce TEAD1 s enhancerem genu C-MYC a s enhancerem genu GLUT1. Regulace glukózového metabolismu Hippo signální dráhou může představovat nový mechanismus suprese nádorových buněk. Klíčová slova: genová regulace, transkripční faktory, chromatinová imunoprecipitace, bioinformatika
|
|
|
Chromatinová imunoprecipitace vybraných transkripčních faktorů
Smetanová, Jitka ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Rodina transkripčních faktorů TEAD ovlivňuje expresi genů, které regulují buněčnou proliferaci, diferenciaci a apoptózu. Aktivita proteinu TEAD1 je řízena prostřednictvím signální dráhy Hippo. Obecný mechanismus suprese nádorových buněk skrze signální dráhu Hippo zůstává nejasný. Geny MYC a GLUT1, které kódují dva klíčové regulátory glykolýzy, byly recentně popsány v lidských leukemických buňkách jako potenciální cíle signální dráhy Hippo. V této diplomové práci jsem se pomocí ChIP analýzy v lidských leukemických buňkách snažila experimentálně potvrdit předpokládanou vazbu transkripčního faktoru TEAD1 k regulačním sekvencím genů MYC a GLUT1. I přes veškerou snahu se mi nepovedlo provést chromatinovou imunoprecipitaci transkripčního faktoru TEAD1. V rámci diplomové práce jsem navrhla několik možných důvodů, které mohly vést k získaným negativním výsledkům. Klíčová slova: transkripční regulace, TEAD transkripční faktory, chromatinová imunoprecipitace, leukemie
|
|
|
Vliv kurkuminu na karcinogenezi a tvorbu metastáz
Kašík, Petr ; Kábelová, Adéla (vedoucí práce) ; Vališ, Karel (oponent)
Kurkumin je polyfenol obsažený v kořenech rostliny Curcuma longa. Pleiotropní působení kurkuminu nachází v posledních letech uplatnění v prevenci a terapii řady onemocnění, včetně rakoviny. Tato bakalářská práce shrnuje současné poznatky týkající se působení kurkuminu v karcinogenezi a tvorbě metastáz. V rámci inhibice proliferace nádorových buněk může kurkumin zastavovat progresi buněčného cyklu, především regulací aktivity cyklinů a cyklin-dependentních kináz, jejich inhibitorů, případně aktivací nádorového supresoru p53. Zdá se, že p53 má současně důležitou úlohu v iniciaci vnitřní apoptotické dráhy, jejíž indukce byla v důsledku podání kurkuminu pozorována u řady nádorových buněčných linií. Apoptotické proteiny účastnící se indukce apoptózy kurkuminem dále zahrnují rodinu proteinu Bcl-2 a kaspázy. Potlačení angiogeneze, zvýšení oxidačního stresu nebo ovlivnění zánětlivé odpovědi jsou další mechanismy, kterými může kurkumin předcházet rozvoji nádorového onemocnění. V neposlední řadě může kurkumin inhibovat invazivitu a migraci nádorových buněk, zejména zvýšením transkripce E-kadherinu a snížení exprese matrixových metaloproteináz. Využití kurkuminu v běžné klinické praxi má však řadu limitů, jež lze obejít syntézou kurkuminových analogů či nanokurkuminu. Klíčová slova Kurkumin, rakovina,...
|
|
|
Chromatinová imunoprecipitace vybraných transkripčních faktorů
Smetanová, Jitka ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Rodina transkripčních faktorů TEAD reguluje expresi genů, které regulují buněčnou proliferaci, diferenciaci a apoptózu. Aktivita TEAD1 je regulována prostřednictvím Hippo signální dráhy. Obecný mechanismus suprese nádorových buněk skrze Hippo signální dráhu zůstává nejasný. C-MYC a GLUT1, dva klíčové regulátory glykolýzy, byly recentně popsány v lidských leukemických buňkách jako cíle Hippo signální dráhy. V této diplomové práci byla pomocí ChIP analýzy v lidských leukemických buňkách experimentálně potvrzena vazba TEAD1 k prvnímu exonu genu C-MYC a dále objevena nová interakce TEAD1 s enhancerem genu C-MYC a s enhancerem genu GLUT1. Regulace glukózového metabolismu Hippo signální dráhou může představovat nový mechanismus suprese nádorových buněk. Klíčová slova: genová regulace, transkripční faktory, chromatinová imunoprecipitace, bioinformatika
|
|
|
Propojení buněčné signalizace a metabolismu v nádorových buňkách.
Záhumenská, Romana ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Starková, Júlia (oponent)
Hippo signální dráha představuje univerzální mechanismus regulace velikosti orgánů během vývoje, který je konzervován v celé metazoické říši. Komponenty Hippo signální dráhy byly také identifikovány jako důležité tumorsupresory, které fosforylačně inhibují aktivitu onkogenních faktorů a signálních drah (např. YAP/TAZ, PI3K nebo mTOR). MST1 kinasa je součástí centrálního proteinového komplexu Hippo signální dráhy a její aktivace hraje zásadní úlohu během působení mnoha protinádorových léčiv. V naší laboratoři jsme popsali aktivaci MST1 kinasy v leukemických buňkách pomocí přírodních látek, což vedlo k inhibici proliferace a následné indukci apoptosy v těchto buňkách. Shikonin představuje přírodní naftochinon izolovaný z rostliny Lithospermum erythrorhizon, který působí v lidských buňkách jako inhibitor glykolysy a mitochondriálního respiračního řetězce. Shikonin indukuje v leukemických buňkách rychlou aktivaci MST1 proteinu, ale mechanizmus této aktivace zůstává neznámý. Z toho důvodu jsme se rozhodli charakterizovat posttranslační modifikace MST1 kinasy během působení shikoninu na leukemické buňky. Nejdříve jsme izolovali MST1 kinasu z kontrolních buněk a buněk vystavených shikoninu pomocí imunoprecipitace. Dále jsme charakterizovali posttranslační modifikace MST1 proteinu pomocí hmotnostní...
|
|
|
Molekulární mechanizmus aktivace MST1 kinázy v nádorových buňkách
Smetanová, Jitka ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Grobárová, Valéria (oponent)
MST1 kinasa je nedílnou součástí Hippo signální dráhy. Hippo dráha je evolučně konservovaná, reguluje růst tkání a orgánů, ovlivňuje proliferaci a apoptosu. Pokud je MST1 aktivní, fosforylujeonkoproteiny YAP a TAZ, které v nefosforylovaném stavu regulují transkripční faktory TEAD a SMAD. Dále aktivní MST1 kinasafosforyluje FOXO transkripční faktory a indukuje jejich translokaci do buněčného jádra. Aktivace MST1 kinasy ve finále způsobuje buněčnou apoptosu nebo zástavu buněčného cyklu v G1 fázi. Podmínkou aktivace MST1 je jeho autofosforylace a štěpení. V dnešní době existuje několik článků, které se problematikou aktivace MST1 zabývají. Některé z nich popisují aktivaci MST1 působením efektorových kaspas-3 a -7, naopak nejnovější články tvrdí, že samotný MST1protein je zodpovědný za aktivaci kaspas. V rámci této bakalářské práce byl studován molekulární mechanismus aktivace MST1 proteinu. K aktivaci MST1 byla využita biologicky aktivní látka GDC-0941. Dále byla inhibována aktivita kaspas specifickým inhibitorem Z-DEVD a pomocí metody elektropřenosu proteinů s následnou imunodetekcí bylo prokázáno, že MST1 je aktivní i v případě, kdy kaspasy jsou specificky inhibovány. Tento fakt poukazuje na možnou úlohu dalších proteas v procesu aktivace MST1 proteinu. Klíčová slova: MST1 kinasa, kaspasy, leukemie,...
|
|
|
Molekulární mechanismus protinádorového účinku vybraných přírodních látek.
Smolová, Dagmar ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Flieger, Miroslav (oponent)
Molekulární mechanismus protinádorového účinku vybraných přírod- ních látek Přírodovědecká fakulta University Karlovy v Praze Smolová Dagmar Nádorová onemocnění v dnešní době zasahují více než třetinu světové populace a jsou pří- činou více než 20% všech úmrtí. Lepším pochopením rakoviny na epigenetické, genetické, molekulární a buněčné úrovni se objevuje čím dál tím více různých mechanismů, jimiž je možno zasahovat do procesu karcinogenese a předcházet tak konečnému stádiu invazivní nemoci. V poslední době je věnována velká pozornost přírodním látkám, které dokáží spe- cificky zasahovat do tohoto procesu. Tyto látky jsou výhodnější oproti standardní léčbě v tom, že jsou snadno dostupné a málo nebo vůbec toxické. V této práci byl pozorován vliv látek 6-shogaolu, 6-gingerolu a galanginu na leukemické buňky Jurkat. Největší účinnost vykazoval 6-shogaol. 6-Shogaol způsoboval apoptosu buněk aktivací anti-proliferační sig- nalizační dráhy Hippo a snížením genové exprese C-MYC onkogenu a množství C-MYC onkoproteinu, které mají v nádorových buňkách klíčovou roli při zajišťování dostatku energie pro aktivní růst a proliferaci.
|
|
|
Mechanismus působení protinádorových léčiv v neuroblastomech
Groh, Tomáš ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Levová, Kateřina (oponent) ; Vališ, Karel (oponent)
Nádorové buňky se obvykle dokážou dynamicky adaptovat na stresové hypoxické prostředí, které je způsobené nedokonalou vaskularizací nádoru. V disertační práci bylo zjištěno, že neuroblastomové nádorové linie UKF-NB-3 a UKF-NB-4 se na hypoxii adaptují zvýšením acetylace histonů. Zvýšená acetylace je obecně spojována s rozvolněním chromatinové struktury, a tím i s transkripční aktivací genů. Dále bylo zjištěno, že hypoxie v těchto liniích mění expresi proteinu transkripčního faktoru N-myc, který je důležitý pro vývoj neuroblastomů. Zodpovědný je i za metabolickou adaptaci, zvýšenou agresivitu a horší prognózu onemocnění. Inhibitory histondeacetylas (HDAC) jsou slibné látky s protinádorovým účinkem. Mohou indukovat zástavu buněčného cyklu, diferenciaci či programovanou buněčnou smrt v sensitivních nádorech. V práci byl studován vliv inhibitoru HDAC, valproátu, na expresi proteinů transkripčních faktorů N-myc a faktoru 1α indukovaného hypoxií (HIF-1α), důležitých pro proliferaci nádorových buněk. Testovaný inhibitor HDAC způsoboval snížení exprese obou transkripčních faktorů, což potvrzuje jeho protinádorový efekt. Protein CD133 je spojován s fenotypem kmenových nádorových buněk. V disertační práci bylo zjištěno, že zvýšená exprese proteinu CD133 po kultivaci buněk UKF-NB-3 s valproátem je spojená s...
|
host ::
RSS.