|
|
Molekulárně-genetická analýza karcinomů štítné žlázy u dětských a dospívajících pacientů
Bulanová, Barbora ; Kuklíková, Vlasta (vedoucí práce) ; Ludvíková, Marie (oponent) ; Vícha, Aleš (oponent)
U dětských a dospívajících pacientů se uzly ve štítné žláze objevují vzácně, ale je u nich větší riziko malignity než u dospělých pacientů. Karcinomy štítné žlázy představují nejčastější endokrinní malignitu, jejíž incidence stále narůstá. I když existuje několik typů karcinomů štítné žlázy, z 90 % případů se u dětských a dospívajících pacientů jedná o papilární karcinom štítné žlázy (PTC). Cílem práce bylo zanalyzovat rozsáhlý soubor PTC od dětských a dospívajících pacientů, zjistit jejich genetickou příčinu a nálezy korelovat s klinicko-patologickými daty. Dalším cílem bylo charakterizovat nejčastější nálezy a porovnat je se souborem dospělých pacientů pozitivních na tutéž mutaci. Posledním cílem bylo zoptimalizovat vhodnou metodiku pro detekci nejčastějších nálezů u dětských a dospívajících pacientů pro rutinní využití. Vzorky nádorové tkáně štítné žlázy byly vyšetřeny pomocí molekulárně genetických metod, převážně za využití masivně paralelního sekvenování a analýzy real-time PCR. Zjistili jsme, že nejčastější příčinou PTC dětských a dospívajících pacientů jsou fúzní geny, které jsme detekovali v 56 % pacientů. Celkem bylo identifikováno 20 různých typů fúzních genů, z nichž některé nebyly dosud v literatuře popsány. Fúzní geny zahrnovaly onkogeny RET, NTRK, BRAF, ALK, MET. Dalšími genetickými...
|
|
|
Molekulárně genetická analýza u pacientů s podezřením na kryptické přestavby.
Šolc, Roman ; Hirschfeldová, Kateřina (vedoucí práce) ; Vícha, Aleš (oponent)
"Kryptické přestavby" je označení takových chromozómových přestaveb, které nelze odhalit s použitím cytogenetického pruhování metafázních chromozómů, tedy o velikosti menší než 3 - 5 Mb, a proto se k jejich detekci využívají moderní molekulárně cytogenetické metody. Čím dál více se prokazuje významná role kryptických přestaveb v lidské patologii. S použitím metody multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) jsme vyšetřili soubor 50 probandů s idiopatickou mentální retardací. U 8 probandů (16 %) byla detekována kryptická přestavba, u 6 z nich prokazatelně kauzální. Dále jsme vyšetřili soubor 40 probandů pro podezření na patologii genu SHOX. U 17 probandů (42,5 %) byla detekována kryptická přestavba, u 8 z nich prokazatelně kauzální. Výskyt malé delece nalezné izolovaně u 7 probandů byl prověřen u populačního souboru, avšak bez jednoznačného výsledku. Provedena byla rovněž mutační analýza genu SHOX.
|
|
|
Lidská onemocnění způsobená zárodečnými mutacemi Hedgehog signální dráhy
Trsová, Iva ; Křepelová, Anna (vedoucí práce) ; Vícha, Aleš (oponent)
Hedgehog signální dráha se účastní řízení diferenciace embryonálních buněk, segregace těla, vývoje mozku, skeletu, svalstva, gastrointestinálního traktu, plic a udržování a regenerace tkání dospělého jedince. Dráha obsahuje více než 10 proteinů: receptorů, koreceptorů, ligandů, transkripčních efektorů a represorů zapojených do komplexních funkčních interakcí. Porucha hedgehog signalizace během embryonálního vývoje může vést k závažné vývojové vadě - holoprosencefalii. Mutace způsobující ztrátu funkce PTCH1 vedou ke Gorlinovu syndromu - hereditární predispozici k basocelulárnímu karcinomu, asociované s anomáliemi mozku, lebky, obratlů a žeber. Bylo zjištěno, že holoprosencefalie i Gorlinův syndrom jsou geneticky heterogenní, mohou být způsobeny zárodečnými mutacemi různých genů Hedgehog signální dráhy. V letech 2006-2016 byl v Ústavu biologie a lékařské genetiky 2. LF UK a FN v Motole pro diagnostické účely analyzován gen PTCH1 u 70 nepříbuzných nemocných s podezřením na Gorlinův syndrom (MIM 109400). U 35 (50 %) z nich byla zjištěna patogenní varianta v genu PTCH1, u 10 nemocných, kteří splňovali diagnostická kritéria a 25 nemocných, kteří kritéria nesplňovali, nebyla příčina onemocnění zjištěna. Předmětem této studie bylo rozšířit diagnostické možnosti u Gorlinova syndromu a u holoprosencefalie a...
|
|
|
Lidská onemocnění způsobená zárodečnými mutacemi Hedgehog signální dráhy
Trsová, Iva ; Křepelová, Anna (vedoucí práce) ; Vícha, Aleš (oponent)
Hedgehog signální dráha se účastní řízení diferenciace embryonálních buněk, segregace těla, vývoje mozku, skeletu, svalstva, gastrointestinálního traktu, plic a udržování a regenerace tkání dospělého jedince. Dráha obsahuje více než 10 proteinů: receptorů, koreceptorů, ligandů, transkripčních efektorů a represorů zapojených do komplexních funkčních interakcí. Porucha hedgehog signalizace během embryonálního vývoje může vést k závažné vývojové vadě - holoprosencefalii. Mutace způsobující ztrátu funkce PTCH1 vedou ke Gorlinovu syndromu - hereditární predispozici k basocelulárnímu karcinomu, asociované s anomáliemi mozku, lebky, obratlů a žeber. Bylo zjištěno, že holoprosencefalie i Gorlinův syndrom jsou geneticky heterogenní, mohou být způsobeny zárodečnými mutacemi různých genů Hedgehog signální dráhy. V letech 2006-2016 byl v Ústavu biologie a lékařské genetiky 2. LF UK a FN v Motole pro diagnostické účely analyzován gen PTCH1 u 70 nepříbuzných nemocných s podezřením na Gorlinův syndrom (MIM 109400). U 35 (50 %) z nich byla zjištěna patogenní varianta v genu PTCH1, u 10 nemocných, kteří splňovali diagnostická kritéria a 25 nemocných, kteří kritéria nesplňovali, nebyla příčina onemocnění zjištěna. Předmětem této studie bylo rozšířit diagnostické možnosti u Gorlinova syndromu a u holoprosencefalie a...
|
|
|
Charakteristika chromozomálních změn u nefroblastomů pomocí SNP array a MLPA
Štolová, Lucie ; Vícha, Aleš (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Nefroblastom je nejrozšířenějším pediatrickým nádorem ledvin, který se vyskytuje především u mladších dětí, s průměrným věkem v době diagnózy 42,5 měsíce u dívek a 36,5 měsíce u chlapců. I přesto, že je jeho léčba v současné době velmi úspěšná a celkové přežívání dosahuje více než 90 %, je stále co nového objevovat a vylepšovat. Důležitou roli pro správný výběr léčby hraje nejenom histologie tumoru, ale také přítomné chromozomální změny. Některé z nich (např. zisk 1q, společná delece 1p a 16q, delece genu TP53) byly potvrzeny jako negativní prognostické markery, jelikož souvisí se zvýšeným rizikem relapsu onemocnění nebo anaplastickým typem nefroblastomu, který je řazen do skupiny vysokého rizika. Tyto změny jsou proto společně s histologií tumoru používány pro stratifikaci nefroblastomů. U některých z těchto změn bylo zjištěno, že se v nefroblastomu nachází i v heterogenním stavu (pouze v části buněk), což také komplikuje léčbu pacienta a není možné na to přijít při odběru pouze jednoho vzorku z tumoru. V práci jsme se zaměřili na detekci chromozomálních změn přítomných v nefroblastomech 44 pacientů a jejich asociacím s klinickými daty. Některé ze známých asociací jsme prokázali (delece 22q s vyšším věkem diagnózy a anaplastickým typem nefroblastomu) a jiné se nám nepodařilo potvrdit (zisk MYCN a...
|
|
|
The use of molecular-biology methods (QRT-PCR) and immunocytological methods (flow cytometry and immunocytochemistry) for the detection of minimal residual disease in neuroblastoma
Grüncveigová, Veronika ; Vícha, Aleš (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
S rozvojem molekulárn -biologických metod se pozornost soust e uje na možnosti detekce minimální reziduální nemoci (minimal residual disease, MRD) u solidních nádor . V naší práci se soust edíme na d kaz p ítomnosti MRD u neuroblastom . Neuroblastom je nádor periferního sympatického nervového systému, který zahrnuje až desetinu všech d tských solidních nádor . Otázkou z stává, zda p ítomnost MRD v kostní d eni bude možné využít jako nezávislý prognostický znak. S tím je spojena i další otázka, jakou techniku je k jejímu prokázání nejvhodn jší použít, p ípadn jaký znak vyšet ovat. K detekci MRD u neuroblastom je možné využít n kolik metodických p ístup , které se odlišují nejen nákladností a pracností, ale zejména senzitivitou a specificitou. Detekují se nádorové bu ky v periferní krvi nebo v kostní d eni. Kostní d e je velmi astým místem metastatického postižení u neuroblastomu. P i vstupním vyšet ení kostní d en pomocí standardního cytomorfologického vyšet ení je pozitivita zachycena u více než 85 % p ípad neuroblastom vysokého rizika. Koncentrace nádorových bun k je však asto v kostní d eni nebo periferní krvi v hodnotách (p edevším v pr b hu terapie nebo po jejím ukon ení), které jsou hluboko pod detek ním limitem standardních vyšet ovacích metod: cytomorfologické vyšet ení, zobrazovací metody...
|
|
|
Stanovení metylace H19 a KCNQ1OT1 u nefrobastů, feochromocytomů a paragangliomů pomocí MLPA techniky
Jenčová, Pavla ; Vícha, Aleš (vedoucí práce) ; Eckschlager, Tomáš (oponent)
DNA methylace je epigenetický mechanismus, který ovlivňuje úroveň exprese genů. Methylace je fyziologická u imprintovaných genů, kdy je žádané, aby se exprimoval gen pocházející pouze od určitého rodiče. Pokud dojde k poruše DNA methylace v těchto genech, mohou se rozvinout různá onemocnění. Předmětem této práce bylo stanovení úrovně methylace genů H19 a KCNQ1OT1, které se nachází na krátkém raménku 11 chromosomu v oblasti 15.5. Cílem této práce bylo vyšetřit methylační změny těchto genů u nefroblastomů, feochromocytomů a paragangliomů, zjistit jaké změny cílových genů se v oblasti vyskytují a rozdělit vyšetřené vzorky do skupin podle zjištěných změn. Soubor nefroblastomů jsme rozdělili do 3 skupin, dle methylačních změn genů a porovnali jsme je s podobnou studií Scott et al. 2012. Soubor feochromocytomů a paragangliomů jsme dle nalezených změn v methylaci genů rozdělili na celekem 4 skupiny. Nalezené změny jsme porovnali s výzkumem Margetts et al. 2005. Klíčová slova DNA methylace, H19, KCNQ1OT1, nefroblastom, feochromocytom, paragangliom
|
|
|
Verification of somatic mutations important for neuroectodermal tumors (CTNNB1, BRAF, ALK)
Hrindová, Božidara ; Vícha, Aleš (vedoucí práce) ; Janatová, Markéta (oponent)
Diplomová práca bola zameraná na dôkaz vybraných somatických mutácií u génov ALK (Anaplastic lymphoma receptor tyrosine kinase), BRAF (v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1) a β-katenín (CTNNB1) prostredníctvom molekulárno - genetických metód v cieľovej skupine neuroektodermálnych nádorov (neuroblastóm, meduloblastóm, nádory mozgu, paragangliom a feochromocytóm). Niektoré z nich sú už považované za prognostické ukazovatele, ktoré napomáhajú určiť podtyp jednotlivých malignít a na základe tejto molekulárno - biologickej klasifikácie výber správnej liečby. Pre analýzu bol použitý genetický materiál od 133 pacientov, rozdelený podľa typu nádorového ochorenia. Prítomnosť mutácie bola detegovaná v siedmych prípadoch, z čoho 2 prislúchali génu BRAF, 1 génu ALK a 4 génu β-katenín. U jednotlivých génov boli predmetom skúmania hotspotové mutačné miesta, pričom cieľom bolo potvrdiť prítomnosť mutácií v nich a prispieť tým k štúdiám zameraným na zavedenie vhodnejšej liečby pomocou inhibítorov mutovaných génov. Kľúčové slová: ALK, BRAF, β-katenín (CTNNB1), neuroektodermálne nádory, sekvenácia, MLPA
|
|
|
Stanovení metylace H19 a KCNQ1OT1 u nefrobastů, feochromocytomů a paragangliomů pomocí MLPA techniky
Jenčová, Pavla ; Vícha, Aleš (vedoucí práce) ; Eckschlager, Tomáš (oponent)
DNA methylace je epigenetický mechanismus, který ovlivňuje úroveň exprese genů. Methylace je fyziologická u imprintovaných genů, kdy je žádané, aby se exprimoval gen pocházející pouze od určitého rodiče. Pokud dojde k poruše DNA methylace v těchto genech, mohou se rozvinout různá onemocnění. Předmětem této práce bylo stanovení úrovně methylace genů H19 a KCNQ1OT1, které se nachází na krátkém raménku 11 chromosomu v oblasti 15.5. Cílem této práce bylo vyšetřit methylační změny těchto genů u nefroblastomů, feochromocytomů a paragangliomů, zjistit jaké změny cílových genů se v oblasti vyskytují a rozdělit vyšetřené vzorky do skupin podle zjištěných změn. Soubor nefroblastomů jsme rozdělily do celkem 3 skupin, dle methylačních změn genů a porovnaly jsme je s podobnou studií Scott et al. 2012. Soubor feochromocytomů a paragangliomů jsme dle nalezených změn v methylaci genů rozdělily na celekem 4 skupiny. Nalezené změny jsme srovnaly s výzkumem Margetts et al. 2005.
|
|
|
Cytogenetická a molekulárně biologická charakteristika astrocytárních nádorů
Čurnová, Lenka ; Vícha, Aleš (vedoucí práce) ; Gemperle, Jakub (oponent)
Astrocytární nádory zahrnují heterogenní skupinu tumorů s rozdílnými histologickými znaky, jejichž diagnostika a zařazení do jednotlivých typů může být v některých případech obtížná. Vedle histologických znaků nádorové tkáně jsou zásadní charakteristikou genetické mutace v buňkách nádoru. Podle histologického a klinického charakteru jsou nádory CNS rozdělovány do několika stupňů malignity. Astrocytomy nízkého stupně (low-grade) jsou nejběžnějšími solidními nádory u dětí. Malignější formy (především glioblastomy) naopak představují významnou skupinu nádorů CNS u dospělých pacientů. Mezi geny, které nesou v buňkách astrocytárních nádorů mutace, patří typicky IDH1, TP53, EGFR, PTEN. Převážně pilocytické astrocytomy jsou často spjaty s mutacemi v genu BRAF, který je součástí mitogeny aktivované protein kinázové (MAPK) dráhy. K vyšetření mutací v genomu buněk nádorové tkáně slouží řada moderních metod. Mezi molekulární metody patří PCR, real-time PCR či sekvenování. Z cytogenetických metod založených na hybridizaci DNA jsou nejpoužívanější FISH a mikročipové technologie. V některých případech mohou být nádory zkoumány také pomocí imunologických metod. Správná diagnostika nádoru a jeho zařazení do stupně malignity je zásadní pro stanovení prognózy a pro volbu následné léčby. Klíčová slova astrocytární...
|
host ::
RSS.