|
|
Optické scannery - měření kinematických bodů zavěšení
Souček, Ondřej ; Hejtmánek, Petr (oponent) ; Blaťák, Ondřej (vedoucí práce)
V diplomové práci se zabývám vytvořením použitelné metodiky pro měření polohy kinematických bodů zavěšení typu McPherson s využitím optických scannerů dostupných na ÚADI. Řešení spočívá v porovnání dosažených výsledků měření získaných s využitím scannerů TRITOP a ATOS s ohledem na různé metody měření. Pomocí analytické geometrie a programu ADAMS jsou poté stanoveny charakteristiky zavěšení, ty jsou porovnány s hodnotami naměřenými na geometrii. Na závěr je zhodnocena přesnost jednotlivých metod měření.
|
|
|
Motional electromagnetic induction in the subsurface ocean in Europa
Kureš, Ondřej ; Velímský, Jakub (vedoucí práce) ; Souček, Ondřej (oponent)
Europa je jedním z ledových měsíců Jupitera s potvrzeným podpovrchovým oceánem. Cirkulace oceánu v přítomnosti ambietního magnetického pole Jupitera vede ke vzniku pohybově indukovaného magnetického pole. Tento jev na Zemi nám může poskytnout in- formace o proudění vody a elektrické vodivosti. Dostupná literatura věnující se pohybově indukovanému poli na Europě je sporá. Tato práce se zaměřuje na numerické mode- lování elektromagnetické indukce (EMI) poháněné prouděním v podpovrchovém oceánu Europy. V prvé řadě je představena rovnice EMI s její slabou formulací. Řešení rovnice je získáno pomocí metody konečných prvků v kombinaci se sférickými harmonickými funkcemi. Dále diskutuji strukturu lineárního problému a podprogramy využité v num- erickém řešiči. Kód je úspěšně otestován proti semi-analytickým řešením. Tři modely proudění oceánu v Europě jsou prozkoumány pomocí jednoduchých analytických výrazů pro oceánské rychlosti a magnetického pole Jupitera. 1
|
|
|
SPn approximation to the radiative heat transport equation
Krupa, Tobiáš ; Souček, Ondřej (vedoucí práce) ; Málek, Josef (oponent)
Tato práce je zaměřená na studium a popis úlohy přenosu tepla, při které uvažujeme také příspěvek přenosu zářením. Jde o úlohu velmi důležitou z hlediska praktického využití v průmyslu. V úvodu práce podrobně vysvětlujeme odvození stěžejního systému řídicích rovnic pro radiační přenos tepla. Vzhledem ke komplexnosti tohoto systému pokračujeme v další části představením aproximace pomocí tzv. SPn rovnic. Zaměříme se zejména na nejjed- nodušší sadu, SP1 rovnice, které odvodíme technikou asymptotického rozvoje. Zvláštní pozornost je věnována okrajovým podmínkám Marsakova typu, které jsou v různých zdrojích formulovány nepřesně. Tyto rovnice opět asymptoticky odvodíme do správného tvaru. Inspirováni výrobním procesem tabulového skla se zajímáme také o problematiku s více oblastmi o rozdílných indexech lomu. Pro řešení této úlohy je potřeba znát přecho- dové podmínky popisující chování teploty a intenzity záření na hranici mezi studovanými oblastmi. Obdobným postupem jako v případě okrajových podmínek se nám podařilo odvodit přirozenou sadu přechodových podmínek, které připouští jistou nespojitost v intenzitě záření. Tyto podmínky zřejmě doposud nebyly uvedeny v žádném článku zabý- vajícím se tímto tématem. Práci zakončíme ukázkami několika numerických experimetů v softwaru Wolfram Mathematica, ve kterých...
|
|
|
Modelování advekčně-difúzních procesů v jaterní tkáni
Kottman, Peter ; Rohan, Eduard (vedoucí práce) ; Souček, Ondřej (oponent)
V súčasnosti sa v ľudskej populácii čoraz častejšie vyskytujú ochorenia pečene, pri- čom niektoré z nich majú vysokú úmrtnosť. Pochopenie a účinná liečba týchto ochorení si vyžaduje multidisciplinárny prístup systémovej medicíny, ktorý spája experimentálne výsledky, teoretické modely a klinickú prax. Súčasťou tohto úsilia je niekoľko nedávnych štúdií modelujúcich prúdenie a transport v častiach pečeňovej mikroštruktúry. Cieľom tejto diplomovej práce je odvodiť deskriptívny redukovaný matematický model trans- portu fluorescenčných látok v sinusoidách a žlčových kanálikoch v pečeňovom laloku spolu s výmenami s okolitými hepatocytmi. Motivovaní nedávno publikovanými modelmi vychádzame z úplných 3D bilančných rovníc pre zmes triedy I, prezentujeme ich redukciu na 1D rovnice pozdĺž osi modelovej oblasti a uvádzame prototypy numerických výsledkov, pričom diskutujeme o ďalšom rozšírení modelu s ohľadom na vyššie uvedený multidiscip- linárny výskumný kontext. 1
|
|
|
Monitorování průběhu sublingvální alergenové imunoterapie pomocí sledování hladin specifických IgG protilátek
Bouzková, Nikol ; Jankovičová, Karolína (vedoucí práce) ; Souček, Ondřej (oponent)
Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Autor: Bc. Nikol Bouzková Vedoucí práce: Mgr. Karolína Jankovičová, Ph.D. Název diplomové práce: Monitorování průběhu sublingvální alergenové imunoterapie pomocí sledování hladin specifických IgG protilátek Prvním cílem diplomové práce bylo zhodnotit klinický průběhu sublingvální alergenové imunoterapie (SLIT). Dalším cílem bylo vyhodnotit změny protilátkové odpovědi v čase a porovnat výsledky souboru léčeného Oralairem s kontrolním souborem pacientů. V neposlední řadě si práce kladla za cíl zhodnotit změny hladin specifických IgG protilátek v souvislosti s klinickým průběhem SLIT. Pro klinické hodnocení alergických symptomů byla použita vizuální analogová škála (VAS). sIgG4 proti alergenům pylu trav byly stanoveny komerčně dostupnou ELISA metodou. sIgG1, sIgG2 a sIgG3 byly vyšetřeny vlastně vytvořenou a ověřenou ELISA. Na základě výsledků byla provedena statistická analýza. Bylo zjištěno, že terapie Oralairem byla klinicky účinná od první léčebné sezóny. Výsledky VAS ukázaly, že mezi soubory léčených a kontrolních pacientů existuje statisticky významný rozdíl projevů alergických příznaků. U léčených pacientů byl pozorován významný nárůst sIgG4, přičemž mezi výsledky obou souborů byly významné...
|
|
|
Monitorování populace CAR-T lymfocytů během léčby krevních malignit
Dvořáková, Lenka ; Souček, Ondřej (vedoucí práce) ; Řezáčová, Vladimíra (oponent)
Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Autor Bc. Lenka Dvořáková Vedoucí RNDr. Ondřej Souček, Ph.D. Název diplomové práce Monitorování populace CAR-T lymfocytů během léčby krevních malignit Diplomová práce se zabývá terapií T lymfocytů s chimérickým antigenním receptorem (CAR) u léčby krevních malignit. Konkrétně se zaměřuje na monitorování populace CAR-T lymfocytů u pacientů v čase, po podání léčebného přípravku. Měření bylo prováděno ze vzorků plné krve měřením na průtokovém cytometru. Teoretická část je věnována hematologickým malignitám: jejich diagnostice a léčbě, dále CAR-T lymfocytům: historii, výrobě, klinickému využití, nežádoucím účinkům a stanovením. Experimentální část je potom věnována zpracování naměřených výsledků. Cílem diplomové práce bylo zpracovat odbornou rešerši o daném tématu a vyhodnotit výsledky sledování populace CAR-T lymfocytů v čase. Provedenou technikou se podařilo prokázat CAR-T lymfocyty v krvi u všech pacientů, průtoková cytometrie s využitím zkumavky od firmy Exbio a použitím protilátky antiFMC63 scFv od firmy Acro Biosystems se jeví jako vhodná metoda. Míra expanze CAR-T lymfocytů byla u jednotlivých pacientů individuální. U dvou pacientek byly...
|
|
|
Patogeneze nefrotického syndromu u dětí a prediktory odpovědi na léčbu kortikoidy
Bezdíčka, Martin ; Souček, Ondřej (vedoucí práce) ; Doležel, Zdeněk (oponent) ; Reiterová, Jana (oponent)
Nefrotický syndrom je onemocnění ledvin, jehož podstatou je porucha podocytů. Může vzniknout sekundárně následkem infekce, systémového onemocnění či některých léků, nebo se vyskytne jako náhlá izolovaná primární porucha ledvin. Současný standardní léčebný postup zatěžuje pacienty četnými závažnými nežádoucími účinky. U části nemocných, kteří jsou k úvodní několikatýdenní glukokortikoidní léčbě rezistentní, se daří identifikovat kauzální genetický podklad, u ostatních zůstává příčina neznámá. U pacientů reagujících na úvodní glukokortikoidní léčbu remisí později může dojít k opakovaným relapsům s nutností dlouhodobé glukokortikoidní terapie. Tato práce popisuje vlastní originální výzkumné studie, které se zabývaly možnostmi zlepšení diagnostiky genetických příčin nefrotického syndromu, objevováním molekulární podstaty druhé nejčastější genetické příčiny steroid-rezistentní formy onemocnění (způsobené mutacemi transkripčního faktoru WT1) a hledáním klinických a laboratorních faktorů predikujících rezistenci ke glukokortikoidní léčbě. Kombinací klasického Sangerova sekvenování a moderního sekvenování nové generace (NGS) jsme jako první v kohortě 18 let sbíraných vzorků českých a slovenských dětí s nefrotickým syndromem identifikovali monogenní příčinu u 38 % z nich. Nejprevalentnější byly kauzální...
|
|
|
Numerical simulations of interaction between fluid flow and rigid particles
Hrůza, Jan ; Tůma, Karel (vedoucí práce) ; Souček, Ondřej (oponent)
Práce popisuje implementaci numerického modelu, který simuluje interakce mezi tekuti- nou a tuhými částicemi. Tento numerický model je založený na ALE (Arbitrary Lagragian- Eulerian) metodě, která používá pohyb výpočetní sítě k realizaci pohybu částic. ALE metoda je nejprve předvedena na jednoduchém problému výpočtu síly působící na kouli pohybující se ve viskózní tekutině. Následně je popsána obecná verze modelu, schopná simulovat desítky částic. Metodu testujeme na různých příkladech, abychom dokázali spolehlivost použité metody. Na závěr je studován problém inspirovaný prouděním čer- vených krvinek v krvi, na kterém ukazujeme přítomnost jevu shear thinning ve směsi tuhých částic v newtonovské tekutině. 1
|
|
|
Consistent non-equilibrium thermodynamic modeling of hydrogen fuel cells
Jambrich, Jakub ; Pavelka, Michal (vedoucí práce) ; Souček, Ondřej (oponent)
V tejto práci je najskôr odvodený nerovnovážne termodynamický model vodíkovej pumpy. Následne je model numericky implementovaný pomocou metódy konečných objemov za použitia knižnice VoronoiFVM v programovacom jazyku Julia. Numerická implementácia sa ďalej používa na vysvetlenie nameraných experimentálnych údajov z článku [1]. V pôvodnej práci sa nepodarilo vysvetliť plató pozorované na Volt-Ampérovej charakteristike vodíkovej pumpy. Dôvodom bolo, že membrána bola aproximovaná jedným bodom. Takýto nula rozmerný model nedokázal predpovedať vznik plata, a preto sa predpokladalo, že je dôsledkom efektov na elektróde. Táto práca sa zameriava na správnu implementáciu rovníc vo vnútri membrány a pokúsi sa vysvetliť merané dáta len za použitia termodynamicky konzistentného modelu membrány a reakcií na okrajoch.
|
|
|
Numerical Modeling of Ice Sheet Dynamics
Souček, Ondřej ; Martinec, Zdeněk (vedoucí práce) ; Málek, Josef (oponent) ; Ivins, Erik R. (oponent)
Title: Numerical modeling of ice sheet dynamics Author: Ondřej Souček Department: Department of Geophysics, Faculty of Mathematics and Physics, Charles University in Prague Supervisor: Prof. RNDr. Zdeněk Martinec, DrSc. Supervisor's e-mail address: zdenek@cp.dias.ie Abstract: The main topic of the presented thesis is the numerical modeling of large-scale ice-sheet evo- lution over several glacial cycles. For this purpose a "Shallow Ice Approximation" (SIA) is traditionally adopted, a scaling approximation utilizing the fact that the vertical-to-horizontal aspect ratio in ice sheets is typically a small parameter allowing for a perturbation expansion of the governing equations with respect to this parameter. We present a formulation of the boundary value problem for a polythermal ice sheet based on the rational thermodynamics of mixtures and derive its "shallow-ice" form. We then provide a novel SIA-I algorithm for iterative improvement of the SIA and thoroughly test its performance in a series of benchmarks including the ISMIP-HOM benchmark and a realistic simulation for the Dronning Maud Land region, Antarctica. The SIA-I algorithm is implemented to an evolutionary thermo-mechanical numerical ice-sheet model and this model is tested in the SIA regime in two EISMINT benchmarks, EISMINT - Effect of...
|
host ::
RSS.