|
|
Molekulární identifikace, typizace a adaptace Achromobacter spp. v průběhu chronické infekce
Učíková, Barbora ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Nemec, Alexandr (oponent)
Achromobacter spp. je nově se objevující patogen zejména chronických respiračních infekcí u pacientů s cystickou fibrózou. Hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF poskytuje spolehlivou identifikaci pouze na úrovni rodu. Pro druhovou identifikaci zástupců se používá sekvence genu nrdA. Studiem klonality s využitím multilokusové sekvenční typizace lze zjistit, zda je pacient infikován stále stejným klonem, nebo zda postupem času dochází k reinfekci novým kmenem. Do naší studie byly zařazeny časosběrné izoláty Achromobacter spp. od pacientů s cystickou fibrózou. Pacienti byly rozděleni do tří skupin, podle časového intervalu mezi odběry. U první skupiny činil vnější interval mezi odběry cca 10 let, u druhé 7 až 12 měsíců a zbývající skupinu tvořily samostatné izoláty. V průběhu chronické infekce dochází k adaptaci Achromobacter spp. na exponující antibiotika i na hostitele. Izoláty odebrané v intervalu deseti let vykazovaly vyšší počet mutací než izoláty s intervalem odběrů do jednoho roku. V průběhu chronické infekce dochází ke ztrátě motility, což jsme prokázali fenotypově na úrovni motility, snížení počtu bičíků i změny v genech pro tvorbu bičíků. U některých izolátů bylo zaznamenáno zvýšení rezistence screeningovou diskovou difúzní metodou. Vzhledem ke stále častější izolaci Achromobacter spp. z...
|
|
|
Molekulární epidemiologie a vlastnosti bakteriálních původců infekcí plic u pacientů s cystickou fibrózou
Vošahlíková, Šárka ; Nemec, Alexandr (vedoucí práce) ; Melter, Oto (oponent) ; Osička, Radim (oponent)
Univerzita Karlova v Praze 2. lékařská fakulta Autoreferát dizertační práce Molekulární epidemiologie a vlastnosti bakteriálních původců infekcí plic u pacientů s cystickou fibrózou RNDr. Šárka Vošahlíková Praha (2014) 2 Vnitřní strana obálky: Doktorské studijní programy v biomedicíně Univerzita Karlova v Praze a Akademie věd České republiky Obor: Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie Předseda oborové rady: Prof. RNDr. Stanislav Zadražil, DrSc. Školicí pracoviště: Laboratoř molekulární genetiky, 2. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze Laboratoř bakteriální genetiky, Centrum epidemiologie a mikrobiologie, Státní Zdravotní Ústav, Praha Autor: RNDr. Šárka Vošahlíková Školitel: Doc. RNDr. Alexandr Nemec, Ph.D. Oponenti: Autoreferát byl rozeslán dne: Obhajoba se koná dne: ……………..v ………..hod. kde: …………………… S dizertační prací je možno se seznámit na děkanátu 2. lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze. 3 Obsah 2. ABSTRAKT................................................................................................................................... 4 3. ABSTRACT ................................................................................................................................... 5 4. ÚVOD...
|
|
| |
|
| |
|
|
Extenzivně rezistentní Acinetobacter baumannii v České republice: populačně genetická struktura a mechanizmy rezistence ke karbapenemům a aminoglykosidům
Švandová, Ladislava ; Nemec, Alexandr (vedoucí práce) ; Melter, Oto (oponent)
Práce řeší otázku epidemiologie antibiotické rezistence u Acinetobacter baumannii, dnes jednoho z nejproblematičtějších bakteriálních původců infekcí člověka ve smyslu selhávání antimikrobní terapie. Jejím cílem bylo definovat populačně-genetické vlastnosti, epidemiologii a povahu rezistence u vzorku aktuální populace A. baumannii z České republiky. Studováno bylo 55 multirezistentních izolátů zachycených v osmi zdravotnických zařízeních ve Středočeském kraji a Praze od října 2016 do května 2018. U těchto izolátů byla provedena identifikace na druhové, klonální a kmenové úrovni, určen fenotyp a genotyp rezistence a provedena klasifikace do pěti skupin izolátů s pravděpodobnou epidemiologickou vazbou. Studované izoláty téměř výlučně patřily do globálního klonu ECII; z nich pak 53 % tvořilo geneticky poměrně homogenní skupinu charakterizovanou extenzivní rezistencí k antibiotikům (citlivost pouze ke kolistinu), přítomností genů pro ArmA a OXA-23 (rezistence ke všem aminoglykosidům a karbapenemům) a výskytem na všech lokalitách. Podrobná epidemiologická analýza izolátů z Příbrami a okolí prokázala epidemické šíření dvou kmenů, z nichž jeden patřil k extenzivně rezistentní skupině. Oba tyto kmeny byly izolovány od pacientů hospitalizovaných na chirurgickém oddělení, a to i po jejich propuštění do...
|
|
| |
|
|
Genetic basis of multidrug resistance in Acinetobacter baumannii
Křížová, Lenka ; Nemec, Alexandr (vedoucí práce) ; Higgins, Paul (oponent) ; Šmajs, David (oponent)
Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta Katedra genetiky a mikrobiologie Studijní program: Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie Genetický základ multirezistence u Acinetobacter baumannii Lenka Křížová Školitel: Doc. RNDr. Alexandr Nemec, Ph.D. Konzultant: RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. Praha 2014 SOUHRN Acinetobacter baumannii je významný původce infekcí u pacientů v nemocniční péči. Rostoucí podíl multirezistentních a panrezistentních kmenů tohoto druhu se v posledním desetiletí stal celosvětovým problémem. Z populačně-genetického hlediska je významné, že tyto kmeny náležejí pouze do několika klonálních linií, tzv. Evropských klonů I, II a III. Odolnost těchto kmenů vůči původně účinným antimikrobním látkám je dána jejich schopností účinně vyvíjet, získávat a kombinovat nejrůznější mechanismy rezistence. Tato dizertační práce obsahuje šest studií, které přispěly k rozšíření znalostí o epidemiologii a genetice multirezistence u A. baumannii. První studie se zabývá epidemiologií rezistence ke karbapenemům u nemocničních kmenů acinetobakterů. Nárůst této rezistence v letech 2005-2006 byl spojen s rozšířením kmenů A. baumannii náležejícím k Evropskému klonu II a hlavním mechanismem této rezistence byla zvýšená exprese druhově inherentního genu pro OXA-51. U studovaných kmenů byla dále...
|
|
|
Role efluxového systému AdeABC v rezistenci Acinetobacter baumannii k aminoglykosidům
Kladivová, Lucie ; Nemec, Alexandr (vedoucí práce) ; Nunvář, Jaroslav (oponent)
Acinetobacter baumannii je významný nemocniční patogen charakterizovaný schopností získávat a vyvíjet komplexní rezistenci k antimikrobním látkám. Na této schopnosti se zásadně podílejí efluxové systémy, které odstraňují molekuly antibiotik z intracelulárního prostoru bakterie. AdeABC je chromozomální efluxový systém typu RND, který je specifický pro A. baumannii a vyznačuje se širokým substrátovým spektrem. V této práci jsme se zaměřili na funkční analýzu systému AdeABC s cílem definovat jeho roli při vzniku rezistence k aminoglykozidům u geneticky odlišných kmenů. Východiskem byl soubor 15 epidemiologicky a genotypově definovaných kmenů A. baumannii, které byly plně citlivé k aminoglykozidům a dalším antibiotikům primárně účinným na tento druh. U těchto kmenů jsme určili genotyp AdeABC a v přítomnosti netilmicinu selektovali rezistentní varianty. Pomocí kvantitativní RT- PCR jsme porovnali expresi transportérového genu adeB u původně citlivých kmenů a selektovaných variant. Získané výsledky potvrzují, že zvýšená exprese AdeABC významně snižuje citlivost k aminoglykozidům a dalším antibiotikům, a naznačují, že tento systém poskytuje nemocničním kmenům A. baumannii významnou selekční výhodu.
|
|
|
Molekulární epidemiologie a vlastnosti bakteriálních původců infekcí plic u pacientů s cystickou fibrózou
Vošahlíková, Šárka ; Nemec, Alexandr (vedoucí práce) ; Melter, Oto (oponent) ; Osička, Radim (oponent)
Univerzita Karlova v Praze 2. lékařská fakulta Autoreferát dizertační práce Molekulární epidemiologie a vlastnosti bakteriálních původců infekcí plic u pacientů s cystickou fibrózou RNDr. Šárka Vošahlíková Praha (2014) 2 Vnitřní strana obálky: Doktorské studijní programy v biomedicíně Univerzita Karlova v Praze a Akademie věd České republiky Obor: Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie Předseda oborové rady: Prof. RNDr. Stanislav Zadražil, DrSc. Školicí pracoviště: Laboratoř molekulární genetiky, 2. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze Laboratoř bakteriální genetiky, Centrum epidemiologie a mikrobiologie, Státní Zdravotní Ústav, Praha Autor: RNDr. Šárka Vošahlíková Školitel: Doc. RNDr. Alexandr Nemec, Ph.D. Oponenti: Autoreferát byl rozeslán dne: Obhajoba se koná dne: ……………..v ………..hod. kde: …………………… S dizertační prací je možno se seznámit na děkanátu 2. lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze. 3 Obsah 2. ABSTRAKT................................................................................................................................... 4 3. ABSTRACT ................................................................................................................................... 5 4. ÚVOD...
|
|
|
Morfogeneze bakteriálních kolonií
Čepl, Jaroslav ; Markoš, Anton (vedoucí práce) ; Konopásek, Ivo (oponent) ; Nemec, Alexandr (oponent)
Tato disertace svým tématem navazuje na předchozí práce naší skupiny, zejména Rieger et al. 2008 a Čepl et al. 2010. Popisovali a zkoumali jsme pravidelnosti morfogeneze kolonií S. marcescens morfotypu F (od "fontána", kterou nám kolonie svým tvarem připomínaly). Kolonii tvoří červený vystouplý střed, nízké nepigmentované mezikruží a znovu vystouplý červený lem, jehož vytvořením kolonie ukončuje svůj růst. Jasně strukturovaný profil kolonie tohoto morfotypu, společně se změnami pigmentace struktur v průběhu vývoje, bez nutnosti umělé vizualizace, poskytuje pro pozorování morfogeneze značnou výhodu. Naším cílem se postupně stalo (i) najít další faktory, které ovlivňují tuto morfogenezi a pokusit se blíže popsat; (ii) druhým cílem byla charakterizace interakcí kolonií S. marcescens s jinými bakteriálními kmeny (S. rubidaea a E. coli) a konečně (iii) studovat fenomén indukované resistence k antibiotikům popsaný v (Heal and Parsons 2002; Lu 2004; Bernier et al. 2011) u našich modelových organismů. (i) Vzájemné vztahy kolonií na misce ukazují, že morfogeneze kolonie je ovlivněna autokinními signály, které difundují do media a do atmosféry a ovlivňují vývoj i okolních kolonií. Během vývoje kolonie jsme také pozorovali změny pH media v jejím okolí -...
|
host ::
RSS.