|
|
Archeogenetika ve fylogenetice žab
Teliščaková, Martina ; Symonová, Radka (vedoucí práce) ; Majtánová, Zuzana (oponent)
Klíčová slova: Archeogenetika, paleogenetika, molekulární paleontologie, fylogenetika žab, molekulární evoluce, Anura, zooarcheologie. Bakalářská práce ve své první části uvozuje do problematiky archeogenetického výzkumu s ohledem na historii a významné milníky, při nichž byly archeogenetické metody aplikovány. Zabývá se možnostmi, kterými archeogenetika disponuje a omezeními, která její výzkum limitují, se zvláštním zřetelem na možnost kontaminace fosilního materiálu a degradaci aDNA. Seznamuji s chemickými vlastnostmi DNA a v druhé části práce i molekulární evolucí sekvence DNA. Následně je provedena rešerše věnující se archeogenetickým metodám, za předpokladu, že pomáhají objasnit fylogenezi nižších obratlovců, především žab (Paleobatrachus, Pipa). Upozorňuji na současný stav poznání archeogenetiky žab s možností využití archeologických výstupů.
|
|
|
Z Malé Asie k Dunaji: fylogeografie a kolonizační cesty sekavcovité ryby Cobitis strumicae
Majtánová, Zuzana ; Choleva, Lukáš (vedoucí práce) ; Reichard, Martin (oponent)
Sekavec Cobitis strumicae je drobná při dně žijící sladkovodní ryba, jejíž předkové kolonizovali jihovýchodní Evropu z Blízkého Východu Malou Asií. Dnešní geografická distribuce druhu doslova krouží kolem pohoří Staré Planiny (pohoří Balkánu), druh obývá povodí Dunaje a řeky tekoucí do Černého a Egejského moře. Využitím mitochondriálního (gen cytochrom b) a jaderného (první intron genu S7) DNA markeru jsme rekonstruovali druhovou distribuci a fylogenetické vztahy 44 populací druhu C. strumicae napříč areálem jeho rozšíření. Současně jsme analyzovali sesterský druh C. punctilineata, jež žije uvnitř areálu C. strumicae. Fylogenetické analýzy potvrzují monofylii a druhový statut C. punctilineata i jeho endemitu, objeveny však byly stopy sekundární hybridizace s C. strumicae. Analýza netvorku metodou median-joining poukazuje na hlubokou divergenci obou druhů. Aplikace čtyř fylogenetických přístupů v genu pro cytochrom b potvrdila monofylii druhu C. strumicae, dále vykazující hluboké vnitřní členění na minimálně dvě kryptické linie, naznačující proces lokální speciace. Fylogenetické analýzy genu S7 sice nepodpořily monofylii a druhový statut C. strumicae, avšak vymezily dva samostatné monofyletické klády v rámci druhu C. strumicae. Využitím statistického přístupu Isolation with Migration (IM) jsme dále...
|
|
|
Evolution of sex chromosomes and karyotypes in boas and pythons
Charvát, Tomáš ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Majtánová, Zuzana (oponent)
- ABSTRAKT - Hadi (Serpentes) jsou skupinou šupinatých plazů (Squamata), která představuje více než třetinu druhové diverzity plazů. Karyotyp hadů je poměrně konzervativní a nejčastěji má v diploidním stavu 36 chromozomů (16 makro- a 20 mikrochromozomů). Předpokládá se, že toto uspořádání bylo přítomno už u společného předka všech hadů. Majoritní většina hadích druhů patří do skupiny Caenophidia a sdílí homologní ZW pohlavní chromozomy. Hadi ze skupin "Scolecophidia" a "Henophidia" mají převážně nerozlišené, homomorfní pohlavní chromozomy, což v minulosti znemožnilo jejich podrobnější studium. Přítomnost ZW pohlavních chromozomů byla u těchto hadů po desetiletí tedy pouze předpokládána. Nové studie doložily existenci nejen ZW, ale i dvou nehomologních systémů s XY pohlavními chromozomy mimo skupinu Caenophidia. Dokázaly, že systémy určení pohlaví jsou u hadů variabilnější, než se dříve předpokládalo. V této práci bylo studováno osm druhů hadů ze skupiny "Henophidia" (zástupci rodů Eryx, Cylidrophis, Python a Tropidophis) a jeden druh ze skupiny Caenophidia (Ophiophagus hannah) a to za použití konvenčních i molekulárních cytogenetických metod. Pohlavní chromozomy však nebyly nalezeny u žádného ze studovaných druhů skupiny "Henophidia", nýbrž pouze u Ophiophagus hannah ze skupiny Caenophidia. Tento druh má...
|
|
|
Evoluce pohlavních chromozomů a karyotypů hadů
Augstenová, Barbora ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Majtánová, Zuzana (oponent)
Hadi (Serpentes) jsou skupinou šupinatých plazů (Squamata) čítající více než 3600 druhů. Většina hadů patří do skupiny Caenophidia, ta tvoří asi 90 % všech moderních hadů a je také nejstudovanější hadí skupinou. Přestože jsou šupinatí plazi v determinaci pohlaví a uspořádání genomu variabilní, přinejmenším hadi skupiny Caenophidia jsou v tomto ohledu skupinou velice stabilní. Typický - a zřejmě také ancestrální - karyotyp hadů obsahuje 36 chromozomů s 16 makro- a 20 mikrochromozomy. U všech druhů hadů se předpokládá genotypově určené pohlaví (GSD) a až do nedávna se mělo za to, že všichni hadi mají ZZ/ZW pohlavní determinační systém. Hlavní důvod této domněnky spočívá v tom, že byli studováni převážně hadi skupiny Caenophidia a u zbývajících linií se jen předpokládalo, že mají homologické pohlavní chromozomy, ačkoli se u těchto hadů - s jedinou výjimkou (Acrantophis dumerili) - pohlavní chromozomy popsat nepodařilo. Teprve současná studie ukázala, že minimálně u krajt a hroznýšů došlo k nezávislému vzniku pohlavních chromozomů XX/XY. Pohlavní chromozomy těchto hadů jsou však homomorfní a klasickými cytogenetickými metodami se je prozatím nepodařilo odhalit. Proto bylo jedním z cílů této práce zjistit, zda je možné identifikovat slabě diferencované pohlavní chromozomy u hadů mimo skupinu Caenophidia...
|
|
|
Archeogenetika ve fylogenetice žab
Teliščaková, Martina ; Symonová, Radka (vedoucí práce) ; Majtánová, Zuzana (oponent)
Klíčová slova: Archeogenetika, paleogenetika, molekulární paleontologie, fylogenetika žab, molekulární evoluce, Anura, zooarcheologie. Bakalářská práce ve své první části uvozuje do problematiky archeogenetického výzkumu s ohledem na historii a významné milníky, při nichž byly archeogenetické metody aplikovány. Zabývá se možnostmi, kterými archeogenetika disponuje a omezeními, která její výzkum limitují, se zvláštním zřetelem na možnost kontaminace fosilního materiálu a degradaci aDNA. Seznamuji s chemickými vlastnostmi DNA a v druhé části práce i molekulární evolucí sekvence DNA. Následně je provedena rešerše věnující se archeogenetickým metodám, za předpokladu, že pomáhají objasnit fylogenezi nižších obratlovců, především žab (Paleobatrachus, Pipa). Upozorňuji na současný stav poznání archeogenetiky žab s možností využití archeologických výstupů.
|
|
|
Z Malé Asie k Dunaji: fylogeografie a kolonizační cesty sekavcovité ryby Cobitis strumicae
Majtánová, Zuzana ; Choleva, Lukáš (vedoucí práce) ; Reichard, Martin (oponent)
Sekavec Cobitis strumicae je drobná při dně žijící sladkovodní ryba, jejíž předkové kolonizovali jihovýchodní Evropu z Blízkého Východu Malou Asií. Dnešní geografická distribuce druhu doslova krouží kolem pohoří Staré Planiny (pohoří Balkánu), druh obývá povodí Dunaje a řeky tekoucí do Černého a Egejského moře. Využitím mitochondriálního (gen cytochrom b) a jaderného (první intron genu S7) DNA markeru jsme rekonstruovali druhovou distribuci a fylogenetické vztahy 44 populací druhu C. strumicae napříč areálem jeho rozšíření. Současně jsme analyzovali sesterský druh C. punctilineata, jež žije uvnitř areálu C. strumicae. Fylogenetické analýzy potvrzují monofylii a druhový statut C. punctilineata i jeho endemitu, objeveny však byly stopy sekundární hybridizace s C. strumicae. Analýza netvorku metodou median-joining poukazuje na hlubokou divergenci obou druhů. Aplikace čtyř fylogenetických přístupů v genu pro cytochrom b potvrdila monofylii druhu C. strumicae, dále vykazující hluboké vnitřní členění na minimálně dvě kryptické linie, naznačující proces lokální speciace. Fylogenetické analýzy genu S7 sice nepodpořily monofylii a druhový statut C. strumicae, avšak vymezily dva samostatné monofyletické klády v rámci druhu C. strumicae. Využitím statistického přístupu Isolation with Migration (IM) jsme dále...
|
|
|
Molecular cytogenetics of selected actinopterygian fishes: insight from repetitive sequences to whole genome analyses
Majtánová, Zuzana ; Symonová, Radka (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent) ; Šťáhlavský, František (oponent)
Paprskoploutvé ryby, Actinopterygii, skupina s nejvyšší taxonomickou diverzitou mezi všemi obratlovci, představují v posledním období atraktivní objekt evolučních studií. S pokrokem v oblasti molekulární cytogenetiky a cytogenomiky roste i význam těchto metod ve studiu uspořádání a evoluce rybích genomů jako základu této diverzity. Má dizertační práce se zabývá studiem evoluce genomu vybraných skupin ryb, a to jak bazálních linií parskoploutvých (Lepisosteidae a Amiidae) a kostnatých (Pantodontidae), tak i "vyšších" kostnatých ryb z čeledí Cobitidae a Coregonidae. Využila jsem metody konvenční a molekulární cytogenetiky společně s fylogenetickými a statistickými přístupy. V rámci své dizertační práce popisuji cytogenetickou variabilitu blízce příbuzných druhů síhů (Coregonus), a roli repetitivních úseků genomu v ekologické speciaci. V kontrastu s recentní cytotaxonomickou diverzitou síhů, jsme odhalili relativně dlouhodobou karyotypovou stabilitu ve spojení s asexuálním rozmnožováním u sekavců rodu Cobitis. V další publikaci detailně popisujeme překvapivé uspořádání AT/GC bazí na chromozomech a v genomu kostlínů (Atractosteus a Lepisosteus) a bioinformaticky analyzujeme jejich uspořádání v genomu těchto bazálních paprskoploutvých ryb v kontextu hlavních linií obratlovců. V návaznosti na práci o...
|
host ::
RSS.