|
| |
|
|
Lidský endogenní retrovirus ERVWE1: transkripční aktivace a změny methylace DNA v promotorové oblasti
Dobšová, Martina ; Trejbalová, Kateřina (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Endogenní retrovirus ERVWE1 je již miliony let součástí lidského genomu. V průběhu evoluce si protein kódovaný env genem tohoto retroviru, Syncytin-1, získal nezastupitelnou funkci ve vývoji lidského organismu. V placentě je esenciální pro fúzi cytotrofoblastů v syncytiotrofoblasty. Exprese ERVWE1 je ovlivněna stupněm methylace DNA promotorové oblasti, přítomností transkripčního faktoru GCM1 a účinným sestřihem na úrovni mRNA. Receptor potřebný pro fúzi buněk indukovanou Syncytinem-1, je přítomen téměř ve všech typech tkání - jinde než v placentě je ale Syncytinem-1 indukovaná fúze buněk nežádoucí. Tato práce se zabývá regulací exprese a produkcí ERVWE1 v neplacentálních tkáních. Bylo zjištěno, že mírná nadprodukce GCM1 není dostačující pro navození exprese Syncytinu-1. Ani přidání demethylačního činidla 5-azacytitidinu a aktivátoru exprese Sycytinu-1 forskolinu nevedlo k jeho produkci. Tato práce potvrzuje předchozí zjištění exprese syncytinu-1 v seminomech. V těchto tkáních byla také detekována zvýšená hladina demethylačního enzymu TET1 na úrovni mRNA oproti kontrolám. Přítomnost enzymu TET1 by mohla mít vliv na stupeň methylace DNA promotorové oblasti ERVWE1. Při vytváření expresního vektoru obsahujícího kódující sekvenci TET1 byla navíc objevena nová sestřihová varianta tohoto enzymu. Závěry...
|
|
|
Epigenetická regulace retrovirů.
Dobšová, Martina ; Trejbalová, Kateřina (vedoucí práce) ; Drda Morávková, Alena (oponent)
Retrovirus HIV-1 se během svého životního cyklu integruje do hostitelského genomu, ERVWE1 (syncytin-1) je v lidském genomu přítomen stabilně. Jako součást genomu podléhají epigenetickým regulacím jako jsou methylace DNA a acetylace a methylace histonů. U HIV-1 je deacetylace histonů a hypermethylace DNA v promotorových oblastech spojena s ustavením latentního stavu viru. Latentní rezervoár HIV-1 v paměťových CD4+ T-buňkách je zásadním problémem při antiretrovirové terapii (HAART), protože tento rezervoár zůstává léčbou nedotčen. V případě syncytinu-1 vede hypermethylace DNA v promotorové oblasti k jeho transkripčnímu umlčení. To je důležité při tkáňově specifické regulaci, protože za fyziologických podmínek dochází k expresi syncytinu-1 pouze v placentě, kde je výrazně snížená methylace DNA v promotorové oblasti. V dalších tkáních, jako je tkáň varlat, je zvýšená exprese syncytinu-1 spojena s nádory buněk germinální linie a s hypomethylací jeho promotoru. Epigenetická regulace retrovirů pomocí methylace DNA a chromatinových modifikací se výrazně podílí na regulaci exprese těchto retrovirů. Součástí bakalářské práce je i praktická část, která se zabývá klonováním kódující sekvence syncytinu-1 do expresního plasmidu, následnou transfekcí do buněčné linie HCT 1- 3B- a měřením hladiny exprese v...
|
|
|
Rekombinantní viry vakcinie pro nádorovou terapii, analyza biologickych a biochemickych vlastností.
Žůrková, Kamila ; Němečková, Šárka (vedoucí práce) ; Forstová, Jitka (oponent) ; Trejbalová, Kateřina (oponent)
150 7 SOUHRN Virus vakcínie lze využít pro vyvolání imunitní reakce proti virem produkovanému heterolognímu proteinu a organismus tak připravit na obranu proti přirozenému producentu tohoto antigenu, např. viru nebo nádorových buněk. V naší laboratoři jsou vyvíjeny vakcíny proti nádorům způsobeným lidským papilomavirem typu 16 (HPV16). Používají se rekombinantní viry vakcínie odvozené z replikujícího se kmene P13 nebo atenuovaného MVA. Rekombinantní viry byly použity v profylaktických i terapeutických schématech léčby u myšího modelu nádorových buněk TC-1 či TC-1/A9. Rekombinanty exprimovaly papilomavirový onkogen E7 ve formě vysoce imunogenního SigE7LAMP fúzního konstruktu. Pro podporu imunitního systému byly do virů vloženy navíc i geny pro stimulační cytokiny GM-CSF nebo Flt3 ligand, které vykazují adjuvantní vlastnosti při vyvolání protinádorových odpovědí. Pro imunomodulaci nádorového mikroprostředí byly do rekombinantních virů vloženy geny pro solubilní receptory pro TGF-β, jejichž funkcí bylo snížit inhibiční vliv nádorového cytokinu TGF-β. Intratumorální či intraperitoneální podání virů vedlo ke zvýšení protinádorové odpovědi, u virů exprimujících Flt3 ligand také ke zvýšení počtu cytotoxických E7-specifických T lymfocytů. Exprese GM-CSF a Flt3 ligandu zabránila vzniku supresorových MDSC buněk, ale...
|
|
|
Regulace alternativniho sestřihu
Dušková, Eva ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Trejbalová, Kateřina (oponent)
Alternativní sestřih pre-mRNA je důležitým buněčným mechanismem, který umožňuje produkci velkého množství proteinových isoforem z omezeného množství genů. Na regulaci sestřihu alternativních exonů se podílí cis-elementy na pre-mRNA a trans-vazebné faktory (SR a hnRNP proteiny). Vzhledem k tomu, že sestřih probíhá během transkripce, začíná se uvažovat o možné roli struktury chromatinu v regulaci alternativního sestřihu. V této diplomové práci jsme studovali vliv histonové acetylace na alternativní sestřih. Na bázi alternativního exonu EDB, který se nachází ve fibronektinovém genu, jsme vytvořili sestřihový reportér. Ukázali jsme, že inhibice histonových deacetyláz ovlivňuje alternativní sestřih EDB exonu z reportéru stejně jako sestřih endogenního exonu. Dále jsme ukázali, že struktura promotoru má vliv na sestřih alternativního EDB exonu z sestřihového reportéru. Zároveň jsme zjistili, že struktura promotoru ovlivňuje míru acetylace histonu H4 na reportérech. Vkládání EDB exonu do mRNA bylo nepřímo úměrné histonové acetylaci reportéru. Tyto výsledky by mohly vysvětlit proč odlišné promotory mají různé sestřihové poměry alternativních exonů.
|
host ::
RSS.