|
|
Vyšetření včel na vybrané onemocnění pomocí PCR.
GREGOROVÁ, Sabina
Nosema ceranae je druh mikrosporidie, která působí negativně nejen na včelu medonosnou (Apis mellifera). Nejčastěji je přenášena koprofagií neboli pojídáním výkal při naplňění výkalových vaků. Je to celosvětově rozšířený patogen, který je považován za jednu z příčin CCD (colony collaps disorder). Méně známá Crithidia mellificae patřící do třídy Trypanosomatidae působí podobně jako N. ceranae. Oba tyto patogeny napadají střeva včel medonosných, nakažené včely slábnou a včelstvo hyne. Cílem této bakalářské práce bylo praktické vyšetření vybraných vzorků včel ze včelnice Jihočeské univerzity fakulty zemědělské a technologické pomocí metody PCR. V teoretické části popisuji Nosemu ceranae a Crithidii mellificae a jejich vliv na včely medonosné. Dále je zmíněná i cesta přenosu těchto patogenů a také potenciální léčba nakažených včelstev. V praktické části, kterou jsem vykonávala v laboratoři na katedře rostlinné výroby Fakulty zemědělské a technologické, je detailně popsán postup izolace DNA, PCR a gelová elektroforéza. V této části je také uvedeno vyhodnocení výsledků.
|
|
|
Optimalizace izolačních metod a PCR metody pro identifikaci CMS u cibule kuchyňské
PETERKA, Václav
Tato bakalářská práce se zabývá optimalizací různých metod izolace DNA z různých typů vzorků cibule kuchyňské (Allium cepa L.) a následnou detekcí lokusu Ms a detekcí cytoplazmatické samčí sterility (CMS). Jednotlivé provedené typy extrakcí DNA a jejich výsledky byly mezi sebou porovnány a vyhodnoceny. Nejkvalitnější DNA byla izolována z listů pomocí metody CTAB-PVP. Tyto testovací vzorky se také využily pro PCR pro detekci CMS a lokusu Ms za použití několika různých markerů, které se mezi sebou porovnávaly. Nejvhodnější markery se následně využily v PCR pro hlavní vzorky. Izolace DNA metodou CTAB-PVP se využila i pro další izolaci DNA z hlavních vzorků cibule kuchyňské, jimiž byly dvě sterilní linie a čtyři fertilní linie. Extrahovaná DNA z těchto vzorků se nejprve využila pro detekci lokusu Ms. Detekce se provedla pomocí markeru AcSKP1. Vzorky byly odebírány v průběhu několika týdnů. Lokus Ms byl detekován u všech vzorků (C1C6), bez ohledu na stáří rostliny. Nicméně u vzorků z linií označených jako C2, C4 a C5 byl detekován lokus Ms v různých podobách zygotnosti. Dále byly vzorky DNA využity pro detekci CMS v rostlinách a určil se typ CMS. Pro tuto detekci se využili markery cob a orfA501. Pomocí těchto markerů se zjistilo, že linie, které byly deklarovány jako sterilní (linie označeny C1 a C4) jsou skutečně sterilní a mají typ sterility CMS-T. U linií C2, C3 a C6, které byly označovány jako fertilní se detekovaly i sterilní vzorky. To znamená, že tyto linie nejsou 100% fertilní. U linie označené jako C5 nebyla detekována žádná sterilita ani u jednoho ze vzorků.
|
|
|
Vývoj metodiky pro identifikaci hmyzu určeného pro lidskou spotřebu na základě molekulárních metod
MÜLLEROVÁ, Veronika
Hmyz bývá často označován jako potravina budoucnosti. Důležitým předpokladem pro využití hmyzu jako potraviny je konstrukce přesné a spolehlivé metody detekce hmyzu. Cílem bakalářské práce bylo vyvinout molekulární metodu, podle které by se v potravinách dala ověřit přítomnost potemníka moučného (Tenebrio molitor), jenž je od roku 2021 v EU schválen ke konzumaci. Experimentální část zahrnovala optimalizaci izolace DNA potemníka moučného. Pro ověření specificity metody bylo pracováno i s potemníkem brazilským (Zophobas morio), který ke konzumaci schválen není. DNA byla izolována ze sušených larev brouků, z běžného pečiva, perníku, čokolády a rýžové kaše. Pro izolaci DNA byly provedeny 3 různé postupy. Jako vhodná metoda s nejvyšší výtěžností a čistotou DNA byla stanovena metoda izolace DNA pomocí CTAB-PVP. Následně byla provedena optimalizace složení reakční směsi a reakčního cyklu PCR včetně optimalizace annealingu primerů. Výsledky byly vizualizovány pomocí gelové elektroforézy. Výsledná metoda je přesná, specifická a vhodná pro rutinní detekci potemníka moučného v potravinách.
|
|
|
Klasický vs. bulharský jogurt – senzorická kvalita vs. chemické a mikrobiologické složení
Podloučková, Michaela ; Němcová, Andrea (oponent) ; Vítová, Eva (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá porovnáním klasického a bulharského jogurtu z hlediska obsahu těkavých látek, senzorické kvality a mikrobiálního profilu. Těkavé látky byly identifikovány a semikvantifikovány pomocí plynové chromatografie s hmotnostní detekcí ve spojení s mikroextrakcí pevnou fází, pro stanovení mikrobiálního profilu byla použita klasická kultivace a následně polymerázová řetězová reakce (PCR) v reálném čase. Senzorická analýza se skládala z hodnocení pomocí grafických stupnic, profilového a pořadového testu. V experimentální části byly vyrobeny 3 vzorky, „klasický“ bílý a bulharský jogurt vyrobené z komerčních jogurtových kultur, a tradiční bulharský jogurt dovezený přímo z Bulharska. Na základě provedené PCR analýzy byla u všech jogurtů potvrzena bakteriální DNA, pouze u jogurtu bulharského tradičního se vyskytovala také DNA kvasinek. Bulharský tradiční jogurt se tak odlišoval detekovatelnou kvasinkovou chutí, ale především kvalitativním i kvantitativním složením těkavých látek. Z celkem identifikovaných 29 sloučenin se jich v tomto jogurtu nacházelo 20; hlavní skupinu tvořily estery, zatímco u ostatních jogurtů převažovaly ketony. Ze senzorického hlediska byl nejlépe hodnocen jogurt bulharský vyrobený z komerční kultury, který měl příjemný vzhled, vůni a příjemně kyselou chuť a celkově výbornou senzorickou kvalitu.
|
|
|
Molecular identification of probiotic bacteria in milk products form commercial yoghurt cultures
Horňan, Samuel ; Fialová, Lenka (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Lactic acid bacteria are considered as an important group of bacteria with probiotic effects, which are being widely used in the food industry or pharmacology. Identification and characterization of important probiotic strains play an essential role in the validation of probiotic products for commercial purposes. Their identification using molecular-biology techniques (most commonly PCR method) is one of the standard tools in commercial operations and services. The aim of this bachelor thesis is a literature review of probiotics and probiotic strains as well as a summary of current knowledge about the use of molecular biology techniques for identification of these bacteria with probiotic properties in dairy products. The experimental part of this work verifies the presence of probiotic bacteria declared on selected commercial dairy products using the polymerase chain reaction (PCR) method.
|
|
|
Využití molekulárních technik k charakterizaci kvasinek rodu Metschnikowia
Schneiderwindová, Nicole ; Brázda, Václav (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá možnostmi provedení a využití molekulárních metod k charakterizaci kvasinek rodu Metschnikowia a také aplikací metod v biotechnologiích případně v potravinářském průmyslu. V teoretické části je zaměřená na stručný popis kvasinek, zejména vybraných druhů, které se používaly během praktické části, možnosti jejich využití, a především na detailní popis všech použitých molekulárních technik. V praktické části se zaměřuje na optimalizaci použitých molekulárních metod, konkrétně metody pulzní gelové elektroforézy (PFGE) a metody denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE). Na začátku byla provedena kultivace kvasinek za optimálních podmínek, které jsou pro tento rod specifické. Dále byla pomocí izolačních technik izolována jejich DNA, která byla následně podrobena zpracování pomocí metod PFGE a PCR–DGGE. Nejvíce bylo třeba optimalizovat postup izolace DNA. Bylo provedeno několik optimalizací koncentrace lyzačních enzymů, zejména pak enzymu lytikázy. Také bylo potřeba stanovit správný poměr low-melting agarosy a izolované DNA, což bylo zásadní pro správnou konzistenci izolovaných DNA bločků a pro jejich další uplatnění při PFGE analýze. Nakonec byla provedena optimalizace metody PFGE, která přinesla správné rozdělení chromozomů, díky čemuž bylo možné jednotlivé chromozomy popsat dle jejich velikosti podle použitého standardu CHEF kvasinky Hansenula wingei. Pro správnou optimalizaci samotného procesu DGGE analýzy bylo třeba nejdříve izolovat kvasinkovou DNA pomocí kitu, tato DNA byla následně použita jako templát pro PCR reakci. Byla optimalizována také teplota annealingu pro jednotlivé skupiny použitých primerů. Amplikony, které byly získány pomocí této reakce byly separovány pomocí metody DGGE. U této techniky bylo zapotřebí především optimalizace základních parametrů jako je rozsah denaturačního gradientu či celkový čas separace. Dle výsledků měření lze určit, že postup izolace DNA kvasinek a jejich následná analýza pomocí molekulárních metod pulzní gelové elektroforézy a denaturační gradientové gelové elektroforézy byla úspěšná. Podařilo se nám alespoň částečně popsat genom a určit počet chromozomů u všech použitých druhů kvasinek rodu Metschnikowia.
|
|
|
Využití magnetických nano- a mikro částic při izolaci DNA z vybraných druhů potravin
Ráčková, Lucie ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
V práci byla ověřována mikrometoda izolace rostlinné DNA z vybraných druhů zeleniny (cibule, brokolice) a potravinových výrobků v kvalitě vhodné pro konvenční polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Mikrometoda umožňuje izolaci DNA pomocí magnetických nosičů z hrubých lyzátů buněk, získaných přímou homogenizací rostlinných tkání. Byly porovnávány různé způsoby zpracování homogenátů. Homogenizace probíhala v lyzačním pufru s obsahem cetyltrimetylamoniumbromidu (CTAB). Byl testován vliv organických extrakčních činidel chloroform-oktanolu a isopropanolu. Z homogenátů byla DNA purifikována reverzibilní adsorpcí na magnetické částice. Byly testovány celkem čtyři různé typy magnetických částic. U izolovaných DNA bylo provedeno spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty. Amplifikovatelnost DNA byla ověřena pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). Byly použity dvě sady specifických primerů pro rostlinnou ribosomální DNA (rDNA). Produkty PCR dlouhé 700 a 220 bp byly detegovány agarózovou gelovou elektroforézou. Byly prokázány rozdíly ve výtěžku a kvalitě DNA v závislosti na způsobu zpracování homogenátů a použitých magnetických nosičích. Navržený postup s dvěma nosiči byl testován pro izolaci DNA z potravinových výrobků obsahujících rostlinný materiál (rostlinné pomazánky). DNA se amplifikovala v PCR. Mikrometoda je vhodná pro DNA analýzu potravin.
|
|
|
Authenticity of natural plant component in cosmetics products
Kubalová, Michaela ; Fialová, Lenka (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
The purpose of this thesis was to study the authenticity of selected natural ingredients in cosmetic products. These were specifically cosmetic products that contained citruses, mint or lavender. Commercially available isolation kits were used for DNA isolation. The presence of plant origin DNA was verified by PCR method using primers specific for the ITS2 region of plants. The presence of limonene, a significant allergen contained in said plants, was determined in the samples by PCR method using primers for limonene synthase. At the same time, its presence was verified by HPLC method. In addition, two primers were tested for lavender and monitored for their efficacy, with no significant difference in the usage.
|
|
|
Studium řízení metabolismu karotenogenních kvasinek na molekulární úrovni
Pokrývková, Zuzana ; Kočí, Radka (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Predložená diplomová práca sa zaoberala molekulárnou charakterizáciou karotenogénnych kvasiniek. Použitými technikami pre analýzu konzervovaných úsekov rDNA D1/D2 oblasti veľkej ribozomálnej podjednotky 26S oblasti a ITS1 a 5,8-ITS2 oblastí boli „nested PCR“ a denaturačná gradientová elektroforéza DGGE. Z výsledkov DGGE vyplýva, že všetky analyzované kmene karotenogénnych kvasinek majú veľmi podobnú sekvenciu týchto oblastí, kvasinka Rhodotorula mucilaginosa so zbierkovým číslom CCY 20-7-28 preukazovala odlišnosti od ostatných kmeňov karotenogénnych kvasiniek. Pre doplnenie molekulárnej charakterizácie pomocou sekvencie ribozomálnych génov bola prevedená taktiež fenotypová charakterizácia celkom ôsmich kmeňov karotenogénnych kvasinek. K tomuto účelu boli prevedené utilizačné testy na rôznych substrátoch a ďalej rastové a produkčné charakteristky jednotlivých kmňov. Cieľom práce bolo taktiež pripraviť taký kmeň karotenogénnej kvasinky, ktorý sa vyznačuje nadprodukciou metabolitov, najmä karotenoidov a lipidov, a to pomocou náhodnej mutácie spôsobenej UV žiarením. Ako vhodný kandidát bol vybraný kmeň C. capitatum CCY 10-1-2 na základe predchádzajúcich štúdií, kde se preukázal ako dobrý producent TAG na odpadnom glycerole. Tento kmeň bol následne adaptovaný na odpadovú srvátku, glycerol a glukózu ako jednoduchý zdroj uhlíku.
|
|
|
Využití metody PCR pro identifikaci probiotických baktérií v mléčných potravinových výrobcích
Klaška, Dominik ; Brázda, Václav (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
V rámci práce byla izolována DNA z komerčně dostupného bílého jogurtu. Izolovaná DNA, která byla získána dvěma rozdílnými metodami, byla pomocí spektrofotometru podrobena analýze. Obě metody poskytly dostatečně koncentrovanou i kvalitní DNA pro další analýzu pomocí PCR. Přesně dané úseky izolované DNA byly využitím specifických primerů amplifikovány. Prostřednictvím gelové elektroforézy byla dokázána přítomnost domény Bacteria a při rodově specifické amplifikace také přítomnost bakterií rodu Lactobacillus.
|
host ::
RSS.