|
|
CUG kodon u patogenních kvasinek rodu Candida
Marečková, Lucie ; Heidingsfeld, Olga (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent)
1. Abstrakt Mnoho druhů kvasinek rodu Candida překládá standardní leucinový kodon CUG jako serin, ovšem ne v 100% případů. Ukázalo se, že dvojí specifita CUG kodonu se vyvíjela pomocí mechanismu zahrnujícího dvojznačné kódování zprostředkované unikátní tRNACAG, která je in vitro častěji aminoacylována serinem než leucinem. Tato dvojznačnost byla tolerována některými kandidami více jak 170 miliónů let. Prozatím nejlepším možným vysvětlením této tolerance je, že nestandardní překlad CUG způsobil vznik genové diverzity a umožnil produkci nového fenotypu odolnějšího vůči stresovým podmínkám. Důležitým krokem byla zároveň redukce negativního vlivu dvojznačné translace pomocí klíčových mutací ve struktuře ser-tRNACAG. Kandidy se staly cenným experimentálním modelem pro objasnění změn v genetickém kódu. Zatímco byly důsledky dvojího překladu CUG kodonu studovány hlavně u druhu Candida albicans, ve spojitosti s kvasinkou Candida parapsilosis nebylo toto téma prozatím diskutováno. Vyřešení struktury sekretované aspartátové proteázy Sapp1p z C. parapsilosis nám poskytlo nástroj ke studiu případů možného vlivu dvojznačného překladu CUG kodonu. Gen SAPP1 obsahuje jeden CUG kodon a na jeho místo dosazovaný serin se ve struktuře proteinu nachází ve smyčce v těsné blízkosti aktivního místa.
|
|
|
Detection of Sap2 in the secretome of Candida albicans cell wall and secretory mutants
Kollárová, Nikola ; Janďourek, Ondřej (vedoucí práce) ; Konečná, Klára (oponent)
Kandidát: Nikola Kollárová Názov diplomovej práce: Detekcia Sap2 proteínu v sekretóme kmeňov Candida albicans mutantných v bunkovej stene a sekrécii Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Katedra biologických a lékařských věd Complutense University of Madrid, Faculty of Pharmacy, Department of Microbiology II Študijný program: Farmácia Cieľ práce: Cieľom tejto diplomovej práce bolo hľadať proteíny C. albicans podieľajúce sa na sekrécii Sap2 enzýmu vyhodnotením schopnosti degradovať BSA ako zdroj dusíka u niektorých kmeňov C. albicans mutantných v bunkovej stene a sekrécii. Práca bola vykonaná na Department of Microbiology II, Faculty of Pharmacy, Complutense University of Madrid. Metódy: Vzorky supernatantov niekoľkých mutantov C. albicans boli testované SDS- PAGE elektroforézou a zafarbené. Na geli boli pozorované prúžky odpovedajúce BSA a porovnané s kontrolami. Druhá metóda bola vyhodnotená s 96-jamkovými doskami. Výsledky: Bola zistená korelácia medzi absorbanciou a degradáciou BSA. V pilotnom skríningu, kde bola testovaná schopnosť degradovať BSA pomocou metódy s 96-jamkovými doskami boli nájdení niektorí mutanti, ktorí nemali schopnosť degradovať BSA. Tento fakt bol potvrdený SDS-PAGE elektroforézou. Mutanti C. albicans s týmto defektom, čo bolo dokázané obomi metódami,...
|
|
|
Analýza proteinové nálože extracelulárních vesiklů izolovaných z kvasinky Candida albicans
Hlubučková, Lucie ; Konečná, Klára (vedoucí práce) ; Janďourek, Ondřej (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Studijní obor: Farmacie Kandidát: Lucie Hlubučková Konzultant: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. Název diplomové práce: Analýza proteinové nálože extracelulárních veziklů izolovaných z kvasinky Candida albicans Cíl práce: Cílem této diplomové práce bylo rozklíčovat proteinovou nálož nesenou v extracelulárních veziklech kvasinky Candida albicans (C. albicans), která patří mezi klinicky nejvýznamnější mykotická agens. Extracelulární vezikly (EVs) jsou využívané jakožto dopravní prostředky, za účelem transportu efektorových molekul do extracelulárního prostředí. Tyto molekuly a předně proteiny mohou sehrávat různé role v interakci mezi hostitelem a patogenem. Proteiny izolované z EVs a identifikované prostřednictvím proteomických přístupů byly tříděny do skupin dle jejich molekulární funkce a lokalizace za účelem zjištění, jaké proteiny jsou převážně distribuovány prostřednictvím extracelulárních veziklů do extracelulárního prostředí za působení nutričního stresu. Analýza proteinové nálože EVs se zaměřením na virulenční faktory by mohla rozšířit znalosti ohledně extracelulárních veziklů a jejich role v patogenezi. Metody: Zvolený kmen kvasinky C. albicans byl klinický izolát získaný od premenopauzální pacientky trpící rekurentní vulvovaginální...
|
|
|
Transport amonných iontů u kvasinek
Faltýnková, Kateřina ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Princová, Jarmila (oponent)
Bakalářská práce - Kateřina Faltýnková - Transport amonných iontů Amoniak a amonné ionty jsou pro kvasinkové buňky nesmírně důležité, a to ne pouze v metabolismu, například syntéze aminokyselin, ale také jako signální molekuly, které slouží ke komunikaci mezi koloniemi, popřípadě k regulaci pseudohyfálního růstu. Transport amoniaku a amonných iontů vyžaduje aktivní transport, který je zajišťován MEP permeázami dovnitř buňky a pravděpodobnými exportéry ATO proteiny ven z buňky. V této práci jsou popsány rodiny genů MEP a ATO, se zaměřením na jejich význam pro příjem a export amonných iontů kvasinkou a také regulace těchto dvou rodin genů u kvasinek Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, Cryptococcus neoformans a Yarrowia lipolytica.
|
|
| |
|
|
Analýza proteinové nálože extracelulárních vesiklů izolovaných z kvasinky Candida albicans
Hlubučková, Lucie ; Konečná, Klára (vedoucí práce) ; Janďourek, Ondřej (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Studijní obor: Farmacie Kandidát: Lucie Hlubučková Konzultant: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. Název diplomové práce: Analýza proteinové nálože extracelulárních veziklů izolovaných z kvasinky Candida albicans Cíl práce: Cílem této diplomové práce bylo rozklíčovat proteinovou nálož nesenou v extracelulárních veziklech kvasinky Candida albicans (C. albicans), která patří mezi klinicky nejvýznamnější mykotická agens. Extracelulární vezikly (EVs) jsou využívané jakožto dopravní prostředky, za účelem transportu efektorových molekul do extracelulárního prostředí. Tyto molekuly a předně proteiny mohou sehrávat různé role v interakci mezi hostitelem a patogenem. Proteiny izolované z EVs a identifikované prostřednictvím proteomických přístupů byly tříděny do skupin dle jejich molekulární funkce a lokalizace za účelem zjištění, jaké proteiny jsou převážně distribuovány prostřednictvím extracelulárních veziklů do extracelulárního prostředí za působení nutričního stresu. Analýza proteinové nálože EVs se zaměřením na virulenční faktory by mohla rozšířit znalosti ohledně extracelulárních veziklů a jejich role v patogenezi. Metody: Zvolený kmen kvasinky C. albicans byl klinický izolát získaný od premenopauzální pacientky trpící rekurentní vulvovaginální...
|
|
|
Detection of Sap2 in the secretome of Candida albicans cell wall and secretory mutants
Kollárová, Nikola ; Janďourek, Ondřej (vedoucí práce) ; Konečná, Klára (oponent)
Kandidát: Nikola Kollárová Názov diplomovej práce: Detekcia Sap2 proteínu v sekretóme kmeňov Candida albicans mutantných v bunkovej stene a sekrécii Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Katedra biologických a lékařských věd Complutense University of Madrid, Faculty of Pharmacy, Department of Microbiology II Študijný program: Farmácia Cieľ práce: Cieľom tejto diplomovej práce bolo hľadať proteíny C. albicans podieľajúce sa na sekrécii Sap2 enzýmu vyhodnotením schopnosti degradovať BSA ako zdroj dusíka u niektorých kmeňov C. albicans mutantných v bunkovej stene a sekrécii. Práca bola vykonaná na Department of Microbiology II, Faculty of Pharmacy, Complutense University of Madrid. Metódy: Vzorky supernatantov niekoľkých mutantov C. albicans boli testované SDS- PAGE elektroforézou a zafarbené. Na geli boli pozorované prúžky odpovedajúce BSA a porovnané s kontrolami. Druhá metóda bola vyhodnotená s 96-jamkovými doskami. Výsledky: Bola zistená korelácia medzi absorbanciou a degradáciou BSA. V pilotnom skríningu, kde bola testovaná schopnosť degradovať BSA pomocou metódy s 96-jamkovými doskami boli nájdení niektorí mutanti, ktorí nemali schopnosť degradovať BSA. Tento fakt bol potvrdený SDS-PAGE elektroforézou. Mutanti C. albicans s týmto defektom, čo bolo dokázané obomi metódami,...
|
|
|
Detection of Sap2 in the secretome of Candida albicans cell wall and secretory mutants
Kollárová, Nikola ; Janďourek, Ondřej (vedoucí práce) ; Konečná, Klára (oponent)
Kandidát: Nikola Kollárová Názov diplomovej práce: Detekcia Sap2 proteínu v sekretóme kmeňov Candida albicans mutantných v bunkovej stene a sekrécii Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Katedra biologických a lékařských věd Complutense University of Madrid, Faculty of Pharmacy, Department of Microbiology II Študijný program: Farmácia Cieľ práce: Cieľom tejto diplomovej práce bolo hľadať proteíny C. albicans podieľajúce sa na sekrécii Sap2 enzýmu vyhodnotením schopnosti degradovať BSA ako zdroj dusíka u niektorých kmeňov C. albicans mutantných v bunkovej stene a sekrécii. Práca bola vykonaná na Department of Microbiology II, Faculty of Pharmacy, Complutense University of Madrid. Metódy: Vzorky supernatantov niekoľkých mutantov C. albicans boli testované SDS- PAGE elektroforézou a zafarbené. Na geli boli pozorované prúžky odpovedajúce BSA a porovnané s kontrolami. Druhá metóda bola vyhodnotená s 96-jamkovými doskami. Výsledky: Bola zistená korelácia medzi absorbanciou a degradáciou BSA. V pilotnom skríningu, kde bola testovaná schopnosť degradovať BSA pomocou metódy s 96-jamkovými doskami boli nájdení niektorí mutanti, ktorí nemali schopnosť degradovať BSA. Tento fakt bol potvrdený SDS-PAGE elektroforézou. Mutanti C. albicans s týmto defektom, čo bolo dokázané obomi metódami,...
|
|
|
Vliv tyrosolu na minimální inhibiční koncentraci vybraných ATM u Candida albicans
Vaisová, Marcela ; Křivčíková, Lucie (vedoucí práce) ; Blažíčková, Kateřina (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Autor: Marcela Vaisová Školitel: Ing. Lucie Křivčíková Název diplomové práce: Vliv tyrosolu na minimální inhibiční koncentrace vybraných antimykotik V minulých studiích věnovaných quorum sensingu byly u Candida albicans objeveny dvě quorum sensing molekuly, farnesol a tyrosol. Tyrol byl již dříve potvrzen jako látka, která zkracuje lag fázi buněčného cyklu Candida albicans a podporuje její konverzi do vláknité formy, farnesol naopak podporuje biochemicky aktivní formu blastospory. Tato práce se věnuje účinku tyrosolu na Candida albicans v kombinaci s vybranými antimykotiky, fungistatickým flukonazolem a fungicidním amfotericinem B. Kmeny Candida albicans použité v experimentu byly získány většinou při odběrech biologického materiálu u pacientů s různě lokalizovanou infekcí Candida albicans. Dále byly využity čtyři standardní sbírkové kmeny. Pro experiment byla použita metoda mikrodilučního bujónového testu, sledující vzájemný účinek různých koncentrací zvoleného antimykotika a tyrosolu. U amfotericinu B byla u dvaceti osmi vzorků minimální inhibiční koncentrace (MIC) při použití tyrosolu stejná jako MIC kontrolního vzorku, u šesti vzorků byla MIC oproti kontrolní hodnotě mírně zvýšená, u tří...
|
|
|
Průkaz rezistence na echinokandinová antimykotika u Candida sp. pomocí molekulárně biologických metod
Vitáčková, Petra ; Chrenková, Vanda (vedoucí práce) ; Nyč, Otakar (oponent)
Invazivní infekce vyvolané rodem Candida, zvláště pak jeho nejvýznamnějším zástupcem C. albicans, patří mezi vážné komplikace, zejména u imunokompromitovaných pacientů. Případný výskyt rezistence k jednotlivým antimykotikům značně komplikuje terapii invazivních mykóz a zvyšuje morbiditu a mortalitu u těchto pacientů. Cílem této práce bylo zavedení rychlé metody detekce rezistence na kaspofungin prostřednictvím hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. Testování bylo prováděno na referenčním kmenu C. albicans CCM8261 a kmenu C. albicans M30 s prokázanou rezistencí na echinokandiny. K měření bylo použito dvou různých nastavení přístroje a pro následné vyhodnocení získaných spekter byla využita korelační a shluková analýza (dendrogram). V průběhu analýzy bylo zjištěno, že publikované nastavení měření nelze aplikovat, neboť pro každý hmotnostní spektrometr je vždy nutno pracovat s nastavením od výrobce. Pomocí shlukové analýzy se podařilo odlišit citlivý a rezistentní kmen. Kvalita získaných spekter byla relativně nízká, což mohlo být způsobeno použitím nevhodného kultivačního média. Shluková analýza prokázala možnost stanovení citlivosti pomocí hmotnostní spektrometrie, nicméně další pokusy zohledňující poznatky získané v této studii budou nutné pro případné zavedení metody do rutinní praxe. Powered by TCPDF...
|
host ::
RSS.